Ibercivis : Únete y colabora con el proyecto Bindsurf

[Pascal94]

coucou les p'tits loups 

y'a une news qui mériterait sûrement d'être traduite :

http://ibercivis.blogia.com/2013/051601-unete-y-colabora-con-el-proyecto-bindsurf.php

je vous la propose car je n'ai malheureusement pas le temps de m'y coller personnellement, désolé 

[JeromeC]

Rejoindre Ibercivis et aider avec le projet Bindsurf

En quoi cela consiste ?

Les méthodes de criblage virtuel (CV) peuvent aider grandement dans le processus de découverte de nouveaux médicaments et la recherche clinique, en prédisant comment les ligands interagissent avec des cibles thérapeutiques déterminées. La plupart des méthodes CV présupposent un seul site de liaison avec la protéine, qui est normalement déduite de l'interprétation des informations cristallographiques disponibles sur la protéine. Toutefois, il a été démontré que cette affirmation est inexacte et que, dans de nombreux cas différents ligands interagissent avec différentes parties de la protéine, et la plupart des méthodes existantes de CV, y compris commerciale, ne tiennent pas compte de cet effet.

Pour résoudre ce problème nous avons développé BINDSURF, une nouvelle méthodologie de CV qui analyse en détail la surface de la protéine pour trouver des zones d'interaction potentielles où les ligand pourraient interagir, et qui a été conçue et mise en œuvre pour du matériel massivement parallèle comme le GPU, ce qui permet de traiter rapidement et efficacement de grandes bibliothèques de ligands.

Les prédictions obtenues avec  BINDSURF permettent en plus de diriger leur application ultérieure à d'autres méthodes de CV sur des zones de la protéine déjà caractérisées par cette méthode, et donc son utilisation contribue à la découverte et la conception de médicaments, au repositionnement de molécules et à la recherche clinique.


Comment collaborer?

Il suffit de joindre Boinc sur notre site puis sélectionnez ce projet particulier.



Equipe de recherche

BINDSURF a été développé initialement dans le Groupe de Recherche d'Architecture de Calcul Parallèle de l'Université de Murcie (http://www.um.es/gacop) et est actuellement en cours d'élaboration par le Groupe de Bioinformatique et de Calcul Haute Performance de l'université Université Catholique de Murcie à San Antonio (http://bio-hpc.eu).



Pour en savoir plus

Des informations plus détaillées sur BINDSURF peuvent être trouvées : http://bio-hpc.eu/software/bindsurf/

Je m'occupe de la publication.


edit : j'ai des problèmes avec la publication, il met une police horrible qui ne sort de je ne sais où et n'apparaît pas à l'édition, avec des gros "" au début qui sortent de je ne sais où non plus ! Help ! Du coup j'ai laissé l'article en non plus dans la section "actualité biologie" si une bonne âme manipulant mieux le portail que moi peut m'expliquer et/ou corriger, merci !

edit 2 : réparé par Seb et publié !

[Infomat]

Dommage que ca ne foctionne que pour linux cuda...

[JeromeC]

Oui d'ailleurs je l'ai bien reprécisé sur l'article du portail, dites moi si c'est assez visible.

[Pascal94]

merci Jéjé