Veille prolongée ou pas, ça fonctionne bien chez moi, sur Windows comme sur Linux.
Une condition à respecter toutefois, en veille il ne faut surtout pas mettre la machine hors tension.
En veille prolongée on peut débrancher la machine sans souci.
A noter qu'il faut également impérativement cocher la case "laisser les applications en mémoire lorsqu'elles sont suspendues", sinon l'ut reviendra au dernier point de sauvegarde (ou à zéro s'il n'y en a pas) lorsque elle sera suspendue pour une raison X ou Y (changement de projet, test de puissance, saturation mémoire, conditions spécifiques définies dans les paramètres de Boinc etc...)