Auteur Sujet: FightMalaria@Home  (Lu 22463 fois)

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Jaehaerys Targaryen

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FightMalaria@Home
« le: 14 juillet 2012 à 18:02 »
le projet est terminé depuis novembre 2013, ils sont sur un nouveau projet contre la tuberculose apparemment


Le projet a été terminé en novembre dernier, du moins pour les contributeurs de cycles CPU.
Reportez-vous aux anciens messages du forum pour les résultats préliminaires obtenus à partir de ce projet, et comment ils ont été utilisés jusqu'à présent.
Le nouveau projet que nous attendons tous sera FiND@Home (lutte contre les maladies orphelines). Il se concentrera d'abord sur la recherche de protéines d'accueil pour la recherche de nouvelles solutions dans la lutte contre la tuberculose.
Et oui, nous sommes tous en attente de nouvelles sur ce sujet une fois que le semestre d'automne sera bien avancé (on l'espère)!

------


Citer

Recherches fondamentales de médicaments antipaludiques


Objectif :

Etudes de protéines cibles pour les médicaments antipaludiques.

Contexte :

Le paludisme tue un enfant toutes les 45 secondes. La maladie se répand plus intensivement dans les pays du Tiers-Monde, où elle infecte 216 millions de personnes et tue 650 000 d'entre eux chaque année, principalement des enfants africains de moins de 5 ans [source:OMS].
Le parasite Plasmodium falciparum continue de développer une résistance accrue aux médicaments disponibles. Il est donc devenu urgent de découvrir de nouveaux médicaments destinés à remplacer les anciens. Mais surtout, ces nouveaux médicaments doivent cibler de nouvelles protéines du parasite. Le projet FightMalaria@Home vise à trouver ces nouvelles cibles.

Ressources :

Le génome du Plasmodium falciparum  a été séquencé, on a cartographié le protéome (ensemble des protéines synthétisées par une cellule) et les facteurs de transcription de la protéine ont été confirmés à différents stades du cycle de vie de cet apicoplexan(parasite).
Les structures cristallines des protéines cibles sont également disponibles, et le reste a été modélisé à l'aide de modèles structurels disponibles.
Des laboratoires de recherche privés(GSK, Novartis) ont déjà testé des millions de composés et trouvé plus de 18 000 composés qui montrent une activité prometteuse contre le Plasmodium falciparum [MMV].
Mais ils ne savent pas quelle protéine cible est inhibée par ces composés.
Le développement et la découverte de médicaments seront considérablement facilités en connaissant la protéine cible sur laquelle agit tel ou tel composé.


Problème :

Nous prévoyons d'analyser chacun des 18 924 composés au sein de chacune des 5 363 protéines du parasite de la malaria. La puissance de calcul nécessaire est phénoménale.


Solution :

Nous visons à mettre à profit la puissance de calcul donnée des ordinateurs du monde. La plupart des ordinateurs utilisent seulement une fraction de leur puissance CPU disponible pour le calcul au jour le jour. Nous avons développé un serveur BOINC qui distribue les applications aux ordinateurs donnés « client », et qui ensuite font le travail en arrière-plan.
En connectant plusieurs milliers d'ordinateurs de cette façon, nous serons en mesure d'atteindre la puissance équivalente de gros supercalculateurs.


Merci à Ousermaastre et Modesti pour la traduction

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Message de dudumomo le 15/07/2012

Malariacontrol.net est bien different. Il s'occupe principalement de l'evolution de la malaria. Comment la maladie se propage, dans quel regions (En fonction des vents, des migrations, etc...) et aussi l'impact des solutions preventives actuelles (Moustiquaires, etc...)

Cependant, je me pose la meme question avec le projet WCG. Go fight malaria.

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Infos de Damien le 15/07/2012

Ce projet irlandais FightMalaria@Home a pour but de créer de nouveaux médicaments contre le paludisme, puisque ceux qui existent actuellement perdent progressivement toute efficacité. Car au fur et à mesure que le parasite les rencontre, il mute et devient plus résistant, particulièrement à Asie du Sud.

Tandis que l'autre, MalariaControl, est un projet suisse qui ne cherche pas du tout à créer de nouveaux vaccins ou médicaments, mais il aide à déterminer quand et dans quelles zones géographiques il faut employer les remèdes disponibles ainsi que d'autres moyens de prévention d'après l'établissement, grâce à BOINC, de modélisations informatiques d'extensions de cette maladie.

Pour mémoire, il a également existé l’éphémère projet UCT : Malariacontrol.net


Différence avec le projet de WCG
:

Le projet GoFightAgainstMalaria dirigé par Alex Perryman au Scripps a pour but de trouver de nouveaux petits inhibiteurs de molécule pour des cibles protéiques connues. L'astuce qu'ils utilisent est de ce concentrer sur les mutations qui ont déjà été trouvées au niveau des cibles utilisées par les médicaments contre la Malaria. En pratique c'est l'Homme contre le parasite - round 2, avec les Hommes adaptant le combat en prenant en compte les adaptations qu'ont réalisé les parasites de la Malaria pour résister au premier round.
Pour cela le projet GFAM a besoin de tester des millions de petites molécules avec quelques récepteurs de structures protéiques.

Nous faisons quelque chose de très différent. Nous utilisons les petits composés ayant déjà été utilisés contre le Malaria, et essayons de trouver avec quelle protéine ces composés se lient. Les grosses entreprises pharmaceutiques ont testé environ 3 millions de composés et en ont trouvé 19.000 qui sont actives contre la Malaria. Mais trouver où ces composés se lient avec le parasite et comment ils fonctionnent sera difficile. Nous espérons faire cela en testant chaque composé avec chaque structure protéique.

Le principale avantage que nous avons par rapport au projet GFAM est que nous savons que les composés que nous utilisons sont efficaces contre la Malaria. Si nous trouvons quelle protéine ils inhibent, alors cela ouvrira un tout nouveau domaine de recherche - que fait la protéine (biochimie)? à quoi ressemble t-elle (cristallographie aux rayons X)? peut on trouver de meilleurs inhibiteurs (chimie médicale)? 

Le désavantage principale est que nous ne serons jamais capable de couvrir l'ensemble du protéome. Certaines protéines sont naturellement déséquilibrées, et resteront opaque à la cristallographie et à la modélisation. Mais nous ferons de notre mieux. Nous avons déjà des structures (X-ray ou modélisations) pour 1426 des 5363 protéines (26%) et nous continuerons de faire de la modélisation pour les protéines les plus complexes. Si nous essayons cela avec seulement un composé, nous n'aurions qu'une chance sur 4. Mais nous l'essayons avec près de 19.000 fois, nous devrions avoir une assez grande chance de succès. 

Je serai enchanté même si rien qu'un seul réussisse à trouver une nouvelle cible contre la Malaria, ceci pouvant être le talon d’Achille que nous pourrons utiliser avec la toute puissance de la chimie médicale.

Les nouveaux médicaments développés à partir de ce projet seront contre des cibles nouvelles pour lesquelles le parasite n'a pas encore eu une chance de développer une résistance. Comme tous les médicaments, eux aussi finiront par ne plus marcher, mais au moins nous essayons de trouver de nouveaux médicaments plus rapidement que le développement de résistance par le parasite. Le combat continue...

Projet Irlandais basé ici : http://www.ucd.ie/casl/ (un laboratoire dans l'université de Dublin?)


** Noté que ce projet est ouvre officiellement depuis le 23 Juillet 2012 **


Citer
Il faut accepter les termes suivant avant de commencer le calcul sur le projet : http://boinc.ucd.ie/fmah/terms_of_use.txt

----------------------------------

Applications pour les 3 plateformes
: http://boinc.ucd.ie/fmah/apps.php

ATTENTION : Pas de point de contrôle...

Status du serveur : http://boinc.ucd.ie/fmah/server_status.php

L'AF
: http://boinc.ucd.ie/fmah/team_display.php?teamid=6

----------------------------------

Optimisation : http://optos.sesef.pl/fightmalaria-home

Au boût de 5 min de calculs ça donne ça :

Sans optis :


Avec optis 1.1 :


Il n'y a pas photo, 2.5 à 3X + rapide !  :)

Merci à Damien pour l'info...

----

Info du 18/06/2014

:hello:

Le projet pourrait revenir "sur les rails" aux alentours du mois d'Août 2014

Source : http://boincstats.com/fr/page/projectNews

----------
Info du 11/02/2014 :

Ils ont déménagé, ont dû installer de nouveaux serveurs (donnés par la communauté boinc), beaucoup de travail qui n'est pas encore finit, ils s'excusent de ne pas avoir données de nouvelles avant. Ils envisagent de renommer le projet en FND@Home (FightingNeglectedDiseases@Home) car il ne s'agit pas juste de la malaria, ils utilisent une technique en particulier "find novel targets for hit compounds using in silico screening" ("trouver de nouvelles cibles pour des composés de vie à l'aide de criblage in silico") applicable à diverses maladies.

A ce sujet le scientifique a participé à une conférence au Mexico (arrrribarrrribaaaaa !) sur la malaria où il a eu l'occasion de montrer une sélection de protéines cibles trouvées par le projet à une scientifique et cette dernière a immédiatement identifié une des protéines qu'elle avait trouvé via des techniques in vitro. Donc il était très content de voir que le projet "marche pour de vrai" :)
« Modifié: 07 octobre 2014 à 11:42 par Polynésia »


Twitter : devweborne // Chaine Youtube : https://www.youtube.com/channel/UCXcoCd-1UlHpYIYzNER0n1Q

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #1 le: 14 juillet 2012 à 18:12 »
Poly merci pour l'info.

 :jap:

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Jaehaerys Targaryen

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« Réponse #2 le: 14 juillet 2012 à 18:35 »
Pour les spécialistes : il y a une différence fondamentale avec l'autre projet sur la malaria ?

Malariacontrol.net


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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #3 le: 15 juillet 2012 à 05:06 »
Bonjour Poly,

Malariacontrol.net est bien different. Il s'occupe principalement de l'evolution de la malaria. Comment la maladie se propage, dans quel regions (En fonction des vents, des migrations, etc...) et aussi l'impact des solutions preventives actuelles (Moustiquaires, etc...)

Cependant, je me pose la meme question avec le projet WCG. Go fight malaria.
News & Tutorial on how to host your server: http://freedif.org

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #4 le: 15 juillet 2012 à 09:52 »
 :hello:

Chez moi les UT avec Ubuntu sont plus rapide qu'avec Windo  :)

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #5 le: 15 juillet 2012 à 10:40 »
 :hello:

Est-ce possible de traduire les "conditions d'utilisation" pour pouvoir participer au projet ? 
http://boinc.ucd.ie/fmah/terms_of_use.txt

Avec gTranslator ce n'est pas bien compréhensible.  :/

Merci.

 :jap:

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Jaehaerys Targaryen

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #6 le: 15 juillet 2012 à 11:09 »
J'ai fait la même demande en section demande traduction..


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Re : Re : FightMalaria@Home
« Réponse #7 le: 15 juillet 2012 à 11:56 »
J'ai fait la même demande en section demande traduction..
Ou, trouve pas  :??:

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Jaehaerys Targaryen

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #8 le: 15 juillet 2012 à 12:22 »
Ouser à du l'effacer en remaniant lasection hier...


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ousermaatre

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #9 le: 15 juillet 2012 à 13:13 »
Il s'agit du contrat de licence et d'utilisation, similaire à pratiquemment tous les projets Boinc, la charte éthique.

Seul point important, et c'est tant mieux, les données(résultats, calculs) ne devront et ne pourront être utilisées pour faire du profit.
Donc, bye, bye, Novartis, Roche et tous ces profiteurs
  :blbl: 

Sinon, des exemples : Le projet se donne le droit de redonner une unité mal calculée par votre ordinateur à un autre utilisateur, sans vous demander la permission

Le projet est régi par les lois irlandaises

Que vous acceptez de recevoir des mails informatifs sur le projet.

Que vous n'utiliserez pas les données pour votre propre profit

etc....
« Modifié: 15 juillet 2012 à 13:16 par ousermaatre »

fzs600

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #10 le: 15 juillet 2012 à 13:19 »
Merci ouser.  :jap:

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toTOW

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #11 le: 15 juillet 2012 à 14:14 »
Au final, avec malariacontrol, le projet sur WCG et celui là, ca fait trois projets sur la malaria ... on est sur qu'on fait pas des calculs inutiles en double entre ces trois projets ?
FAH-Addict, première source d'information francophone sur le projet Folding@Home.

ousermaatre

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Re : Re : FightMalaria@Home
« Réponse #12 le: 15 juillet 2012 à 14:56 »
Malariacontrol.net est bien different. Il s'occupe principalement de l'evolution de la malaria. Comment la maladie se propage, dans quel regions (En fonction des vents, des migrations, etc...) et aussi l'impact des solutions preventives actuelles (Moustiquaires, etc...)

Cependant, je me pose la meme question avec le projet WCG. Go fight malaria.
je cite Dudumomo, qui a donné une bonne expliquation.

Et en effet à part le nom de l'université, il me semble que WCG "Go fight against malaria" et ce projet sont totalement portés sur la même étude des données.  :/
« Modifié: 15 juillet 2012 à 15:11 par ousermaatre »

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #13 le: 16 juillet 2012 à 10:56 »
Et hop !!!! on est premier  :hyperbon:

http://boinc.ucd.ie/fmah/top_teams.php

fzs600

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #14 le: 16 juillet 2012 à 21:44 »
 :hello:

Toute les Uts en cours ont ete annuler par le projet.

Et le forum est disponible.
http://boinc.ucd.ie/fmah/forum_index.php

 :jap:

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Re : Re : FightMalaria@Home
« Réponse #15 le: 19 juillet 2012 à 06:57 »
Cependant, je me pose la meme question avec le projet WCG. Go fight malaria.
La question viens d'etre poser sur le forum du projet.   :kookoo:
http://boinc.ucd.ie/fmah/forum_thread.php?id=4#11

Et il y a du   :hyperbon: :hyperbon: :hyperbon:

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #16 le: 19 juillet 2012 à 14:58 »
 :hello:

quelle est la différence de ce projet et l'autre sur World Community Grid ?
http://boinc.ucd.ie/fmah/forum_thread.php?id=4#14

Un volontaire pour une traduction ?

Citer
Hi,

The GoFightAgainstMalaria project led by Alex Perryman at Scripps aims to find new small molecule inhibitors of known protein targets. Their clever trick is to focus on mutations that have already been found in the established targets for antimalarial drugs. In effect it's humans against parasites - round 2, with humans adapting the fight to take into account the adaptations that the malarial parasite has evolved to resist the first salvo.
For this the GFAM project needs to dock millions of small molecules into a few receptor protein structures.

We're doing something very different. We're taking the small compound hits that have already been found to kill malaria, and trying to find which protein these compounds bind to. Big pharma have screened about 3 million compounds and found 19,000 that are active against malaria. But figuring out where these compounds bind in the parasite or how they work will be tricky. We hope to do this by docking each compound against each protein structure.

The main advantage we have over the GFAM project is that we KNOW that the compounds we're using already work against malaria. If we figure out which protein they inhibit, then that will open up whole fields of research - what does the protein do (biochemistry)? what does it look like (X-ray crystallography)? can we find better inhibitors (medicinal chemistry)? or is the one lead compound enough to rush through the clinic (clinical pharmacology)?

The main disadvantage is that we will never be able to cover the whole proteome. Some proteins are naturally disordered, and will remain opaque to crystallography or modelling. But we'll give it our best shot. We've already got structures (X-ray or models) for 1426 of the 5,363 proteins (26%), and we'll continue to do modelling of the more difficult proteins. If we were trying this with only one compound, we'd have a 1:4 chance of success. But as we're trying this nearly 19,000 times, we should have a fairly good chance of success.

I'd be delighted if we even only manage to get ONE new target in malaria, as this could be the Achilles heal that we'll be able to go for with the full might of medicinal chemistry.

New drugs developed from this open-science project will be against novel targets that the parasite has not had a chance to evolve resistance against. Like all drugs, they too will eventually fail, but at least we're trying to find new drugs faster than the parasite can evolve resistance. The fight continues...

I hope this answers your question.

ciao,
Ant

Merci.

 :jap:

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cedricdd

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #17 le: 19 juillet 2012 à 18:05 »
Le projet GoFightAgainstMalaria dirigé par Alex Perryman au Scripps a pour but de trouver de nouveaux petits inhibiteurs de molécule pour des cibles protéiques connues. L'astuce qu'ils utilisent est de ce concentrer sur les mutations qui ont déjà été trouvées au niveau des cibles utilisées par les médicaments contre la Malaria. En pratique c'est l'Homme contre le parasite - round 2, avec les Hommes adaptant le combat en prenant en compte les adaptations qu'ont réalisé les parasites de la Malaria pour résister au premier round.
Pour cela le projet GFAM a besoin de tester des millions de petites molécules avec quelques récepteurs de structures protéiques.

Nous faisons quelque chose de très différent. Nous utilisons les petits composés ayant déjà été utilisés contre le Malaria, et essayons de trouver avec quelle protéine ces composés se lient. Les grosses entreprises pharmaceutiques ont testé environ 3 millions de composés et en ont trouvé 19.000 qui sont actives contre la Malaria. Mais trouver où ces composés se lient avec le parasite et comment ils fonctionnent sera difficile. Nous espérons faire cela en testant chaque composé avec chaque structure protéique.

Le principale avantage que nous avons par rapport au projet GFAM est que nous savons que les composés que nous utilisons sont efficaces contre la Malaria. Si nous trouvons quelle protéine ils inhibent, alors cela ouvrira un tout nouveau domaine de recherche - que fait la protéine (biochimie)? à quoi ressemble t-elle (cristallographie aux rayons X)? peut on trouver de meilleurs inhibiteurs (chimie médicale)? 

Le désavantage principale est que nous ne serons jamais capable de couvrir l'ensemble du protéome. Certaines protéines sont naturellement déséquilibrées, et resteront opaque à la cristallographie et à la modélisation. Mais nous ferons de notre mieux. Nous avons déjà des structures (X-ray ou modélisations) pour 1426 des 5363 protéines (26%) et nous continuerons de faire de la modélisation pour les protéines les plus complexes. Si nous essayons cela avec seulement un composé, nous n'aurions qu'une chance sur 4. Mais nous l'essayons avec près de 19.000 fois, nous devrions avoir une assez grande chance de succès. 

Je serai enchanté même si rien qu'un seul réussisse à trouver une nouvelle cible contre la Malaria, ceci pouvant être le talon d’Achille que nous pourrons utiliser avec la toute puissance de la chimie médicale.

Les nouveaux médicaments développés à partir de ce projet seront contre des cibles nouvelles pour lesquelles le parasite n'a pas encore eu une chance de développer une résistance. Comme tous les médicaments, eux aussi finiront par ne plus marcher, mais au moins nous essayons de trouver de nouveaux médicaments plus rapidement que le développement de résistance par le parasite. Le combat continue...

J'espère que cela répond à votre question.   
« Modifié: 19 juillet 2012 à 19:30 par cedricdd »
Kill all my demons, and my angels might die too.

Jaehaerys Targaryen

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #18 le: 19 juillet 2012 à 18:53 »
dés que finie je le mets dans le premier post et sur le portail...merci


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cedricdd

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #19 le: 19 juillet 2012 à 18:57 »
Faut relire sûrement
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ousermaatre

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #20 le: 19 juillet 2012 à 19:11 »
effectivement  :D

cedricdd

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #21 le: 19 juillet 2012 à 19:18 »
A ce point?  :D
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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #22 le: 19 juillet 2012 à 19:22 »
Merci cedricdd pour pour la traduction.   :jap:

Donc ce projet fait la meme chose que WCG ou pas ?


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cedricdd

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Re : FightMalaria@Home
« Réponse #23 le: 19 juillet 2012 à 19:25 »
Non WCG teste de nouveaux composés, ce projet utilise les composé ayant une action connu et tente de mettre au point de nouveaux médicaments en comprenant mieux leur fonctionnement.
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fzs600

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Re : Re : FightMalaria@Home
« Réponse #24 le: 19 juillet 2012 à 19:35 »
Non WCG teste de nouveaux composés, ce projet utilise les composé ayant une action connu et tente de mettre au point de nouveaux médicaments en comprenant mieux leur fonctionnement.
OK d'accord.Je fini ce que je fait actuellement   :cavachier: :cavachier:  et je m'y colle.  :ange:

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