[WCG]Drug Search for Leishmaniasis

[ousermaatre]

Statut et résultats du projet :

Des informations concernant ce projet sont fournies sur les pages qui suivent ainsi que sur le site Internet Drug Search for Leishmaniasis. Si vous avez une question ou un commentaire concernant le projet veuillez-vous rendre sur le forum.

Mission :

La mission du projet  de Drug Search for Leishmaniasis consiste à identifier des molécules qui pourraient potentiellement servir à la mise au point d'un traitement contre la Leishmaniose. L'importante capacité de calcul de WCG va être utilisée pour effectuer des simulations sur l'interaction entre des millions de composés chimiques et certaines protéines cibles. Ceci permettra de trouver le composé le plus prometteur qui conduira peut être à un traitement efficace.

Importance :

La Leishmaniose est l'une des maladies tropicales les plus négligées au monde. Chaque année cette maladie infecte plus de 2 millions de personnes dans 97 pays. A l'heure actuelle il n'existe pas de vaccin disponible pour empêcher cette maladie, malgré de nombreux efforts de recherches. La Leishmaniose est causée par un parasite protozoaire (genus Leishmania) transmis entre l'Homme et les animaux hôtes par les femelles mouches des sables. Une forme de la maladie, la forme « viscérale » causée par le Leishmania infantum aux Amériques, affecte principalement les enfants, qui peuvent mourir si un traitement adéquat n'est pas administré rapidement. Les mesures de contrôles existantes se basent sur une thérapie médicamenteuse, le contrôle des insectes et l'éducation dans les zones touchées. Cependant, le nombre de cas humains continuent de s'accroitre dans les  régions tropicales telles que le Bengladesh, L'inde, le Soudan, l'Ethiopie, le Brésil, la Colombie, le Pérou et beaucoup d'autres.
Le traitement classique pour toutes les formes de la Leishmaniose peut provoquer de sérieux effets secondaires, jusqu'à la mort. De plus, des parasites résistants causent des problèmes majeurs dans beaucoup de pays sous endémie. Pour ces raisons, il existe un besoin urgent pour de nouveaux composants médicamenteux, sûrs et peu coûteux, contre la Leishmaniose.

Approche :

Un programme informatique appelé VINA de The Scripps Research Institute à La Jolla, en Californie, sera utilisé pour les expériences chimiques virtuelles. Ces expériences virtuelles tenteront de trouver lesquels des millions de composés actifs pourraient être à même de désactiver des protéines essentielles à la survie du parasite. Cette recherche est une première étape dans le développement d'un traitement efficace de cette maladie. Avec suffisamment de puissance de calcul, cette recherche pourra se faire bien plus rapidement qu'en usant de la puissance conventionnelle par des expériences en laboratoire. Avec la puissance actuelle, cette recherche prendrait approximativement 120 ans pour être menée à bien. Cependant, il est estimé que la puissance de WCG peut réduire cette durée à un an, peut-être moins. Des détails sur les composés potentiels seront publiés par les scientifiques, et ces informations seront accessibles au public afin que d'autres scientifiques puissent les intégrer à leurs recherches. Les futurs travaux en laboratoire utilisant les candidats mis en évidence par ce projet conduiront peut-être au développement de meilleurs médicaments pour combattre la Leishmaniose.

traduction cedricdd

[Jaehaerys Targaryen]

Beta test for Drug Search for Leishmaniasis (May 31, 2012) 

This is another test for Zero redundancy similar to the Say No to Schitosoma(SN2S) test that happened last week.  This will test a windows restart fix, which worked well for SN2S should have similar results for DSFL.

This test will have 6004 work units sent out with Zero Redundancy, but since it's a new app version there will be multiple copies sent out to machines initially.

Thanks,
-Uplinger

Un  test a eu lieu la semaine dernière sur l'application "Say No To Schitosoma", afin de réduire à zéro la redondance des calculs.
Celà a permis de modifier des données au redémarrage sous windows et devrait permettre d'utiliser la même correction pour le projet DSFL.
Ce test contiendra 6004 unités de travail à calculer, avec une redondance nulle, mais puisque c'est une nouvelle version d'application, plusieurs copies seront envoyées aux machines au départ.
Merci,
- Uplinger

[[AF>Libristes] cottesloe]

Echec de téléchargement d'UT DSFL sur deux PC différents aujourd'hui.
Je suis le seul ou bien???

[ousermaatre]

ou bien ! 

[[AF>Libristes] cottesloe]

C'est revenu bon... 

Hop, direction le badge d'or... 

[Jaehaerys Targaryen]

Des news en anglais...

Gracias a la colaboración de muchas personas, el proyecto "Busqueda de Medicamentos para la Leishmaniasis" ha recibido casi 19 millones de resultados. 

Del billón de resultados procesados por el supercomputador del World Community Grid de IBM, casi 19 millones corresponden al proyecto "Busqueda de Medicamentos para Leishmaniasis" y que se esta realizando en la Universidad de Antioquia en Medellin-Colombia. Esto ha sido posible por la colaboracion altruista de muchas personas que entienden el valor de donar el tiempo de ocio de sus computadores para apoyar una causa que puedan beneficiar mas adelante a comunidades afectadas, en nuestro caso, por Leishmaniasis. Muchas Gracias a todos por apoyar esta   iniciativa.

Drug Search for Leishmaniasis Update

Rodrigo Ochoa and Carlos Muskus

The project "Drug Search for Leishmaniasis" has been running during 10 months, and the following is a brief description of our progress and what have been validated until now:

The original project included the evaluation of 53 crystallized Leishmania proteins obtained from the PDB database along with 5,300 modelled structures, (100 modelled structures for each protein downloaded from PDB) (figure 1). The modelling was carried out through Molecular Dynamics using the NAMD program, representing an indirect way to provide flexibility for each one of the potential targets.

However, based on the statistic of the project after 6 months of activity, to run the 5.353 protein structures against the 600.000 compounds will spend around 20-25 years to complete. These made us to reconsider the project just prioritizing 10 structures for each of the 53 proteins for a total of 530 structures (Phase 2). Originally the idea was to build a molecular trajectory using snapshots of a protein during a computational  simulation, trying to mimic the biological environment of the protein  inside the organism. The trajectories contain 100 snapshots.  Nevertheless, to prioritize the data, 10 snapshots per trajectory (i.e  from the 100 structures per protein, the snapshots 10, 20, 30, 40, 50,  60, 70, 80 90 and 100 were selected) (see figure 2). That rational  selection pretends to cover substantial changes in the conformation of  the binding site of the protein.

Currently, WCG have processed approx. 76.200.000 docking simulations (127 structures against 600.000 compounds in phase I). From the second phase, it has processed approx. 37.800.000 docking simulations (63 priority structures against the same 600.000 compounds). Due to the huge amount of data, only the top 20 compounds per structure (compounds with the best score hits) and based on the score function proposed by the AutoDock VINA software, have been extracted. As an example, we provided the top 20 compound which lists from the protein 1-10, 1-20 and 1-30* (See tables 1, 2 and 3)

*The notation 1-10 means the modelled structure 10, from the protein target  1  of the 53 original proteins downloaded from PDB database.

A future analysis with the high relevant results will be published in the next update of the project.

We want also to thank all the WCG members supporting this project all over  the world, for the almost 19.000.000 results processed, out of the 1  billion data returned to the World Community Grid from IBM.

[/c]

http://pecet-colombia.org/worldcommunitygrid/drugsearch/index.php?option=com_content&view=section&layout=blog&id=1&Itemid=6%E2%8C%A9=en

[Lic]

Le projet est complété à 65%, il reste donc pour l'instant 35% à calculer

[[AF>Libristes] cottesloe]

Selon ce tableau il reste, à ce jour, 209 jours de calcul sur DSFL.
   

[foo_fight]

Bonsoir

Une question pour ceux qui calculent sur ce projet : les données d'avancement sont fiables? -> http://i137.photobucket.com/albums/q210/Sekerob/WCGYearsPi1Project.png
Si c'est le cas il reste seulement 2 mois de travail.

Mais je doute qu'avec une appli CPU only le projet ait une avancement de 0,28 % par jour.

[mamouth]

Actuellement il n'y a plus que 3 projets actifs sur WCG
donc ces projets avancent beaucoup plus vite qu'initialement prévu quand il y avait 8-9 projets actifs

Il se pourrait même que ce soit mois de 2 mois
Donc Attention pour les badges et les étoiles wuprop

[foo_fight]

donc ces projets avancent beaucoup plus vite qu'initialement prévu quand il y avait 8-9 projets actifs

C'est pas faux en effet.

Etrangement les deux autres projets actifs ne semblent pas bénéficier du même report.

[Lic]

Si tu regardes les stats du projet FAAH, il récupère une bonne partie de la puissance de calcul suite à la fin des projets. Pour CEP2 c'est moins évident du fait du paramétrage spécifique à ce projet.

Pour DSFL je pense même que la fin sera dans moins d'un mois. Pour rappel les responsables du projet avait estimé la fin en août mais il y avait plus de projets en cours à l'époque.
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,34988

[[AF>Libristes] cottesloe]

En effet.
Perso, je viens juste d'avoir le badge d'émeraude (un an) et je serre les fesses pour accrocher le badge de saphir avant la fin. J'ai mis tout ce que je pouvais dessus... 

[Lic]

Je vais avoir le badge rubis, j'ai réussi mon objectif
Pour t'aider dans ta mission de badge saphir, tu peux te repérer au nom des UT. Les dernières commenceront par DSFL_00100-53...

[[AF>Libristes] cottesloe]

Bien vu... 

J'ai aussi l'espoir qu'un nouveau projet soit lancé d'ici peu, comme annoncé récemment (je n'ai plus le lien...  ). Tout le monde va sauter dessus et lâcher du lest sur DSFL...
Là, je tourne à 8 jours de calcul par jour. Comme il reste environ 50 jours de calcul et qu'il me faut faire 350 jours pour le badge. C'est jouable, à condition de na pas mollir, ou de pas avoir un PC qui me lâche...   

[[AF>Libristes] cottesloe]

Les dernières UTs touchées ce matin sont des  DSFL_00100-49.
Ça va être chaud pour le badge de saphir... 

[mamouth]

https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35307

De nouvelles UT annoncées, un répit pour les chasseurs de badges
Le graph indique 42 jours avant la fin du projet mais je ne sais pas si il tient  compte de ces nouveaux batch

[[AF>Libristes] cottesloe]

Bonne nouvelle, ça... 

     

[[AF>Libristes>Jip] Elgrande71]

Bravo cottesloe 

[[AF>Libristes] cottesloe]

Attends, ce n'est pas encore fait. Il me reste environ 280 jours de calculs pour l'avoir.
Mais au train ou je vais (entre 8 et 12 jours de calcul par jour), il est faisable avant la fin du projet.
C'est pour ça que je verrai d'un bon œil une prolongation du projet. Ça me laisserait du mou pour finir.   

[JeromeC]

Tu verrais d'un bon œil d'avoir un bel œil, logique

[[AF>Libristes] cottesloe]

Après les UTs  DSFL_00100-53, j'ai touché des DSFL_X03_000... ce matin.
Pourvu que ça dure... 

[Lic]

Ça va jusqu'à X19_0000057 en fonction de ce qu'il te manque fais du stock en montant le cache de tes BM

[[AF>Libristes] cottesloe]

Ça va être chaud... Je calcule déjà des X07... 
A mon rythme actuel, il me faut encore 20 à 25 jours pour arriver au badge... 

[[AF>Libristes] cottesloe]

Tout est "down" ce matin sur WCG.
Pas moyen de renvoyer ou charger des UTs.
Même le site Internet est inaccessible...