Auteur Sujet: [WCG]Go Fight Against Malaria  (Lu 2159 fois)

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ousermaatre

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[WCG]Go Fight Against Malaria
« le: 02 mai 2012 à 01:51 »


Statut et résultats du projet :

Des informations concernant ce projet sont fournis sur les pages qui suivent ainsi que sur le site Internet de GO Fight Against Malaria. Si vous avez une question ou un commentaire concernant le projet veuillez-vous rendre sur le forum.

Mission :

La mission du projet GO Fight Against Malaria est d’identifier des agents actifs qui pourraient potentiellement servir à la mise au point de nouveaux médicaments pour les formes résistantes de malaria. L’importante capacité de calcul de WCG va être utilisée pour effectuer des simulations sur l’interaction entre des millions de composés chimiques et certaines protéines cibles afin de prédire leurs capacités à éliminer la malaria. Le meilleur candidat sera testé et des développements ultérieurs permettront peut-être de trouver un traitement pour cette maladie. 

Importance :

La Malaria est l’une des trois maladies infectieuses les plus mortelles présentes sur Terre et est causée par des parasites qui infectent aussi bien l’Homme que l’animal. Les femelles moustiques repandent cette maladie en mordant des hôtes infectés pour ensuite la transmettre à des hôtes sains via une morsure. Quand ces parasites se répliquent dans les globules rouges (que les parasites utilisent comment nourriture), les symptômes de la Malaria apparaissent. Initialement, la Malaria cause de la fièvre ainsi que des maux de tête, et dans des cas extrêmes le coma et même la mort. Plasmodium falciparum, le parasite causant le cas de Malaria le plus mortel, tue plus de personnes qu’aucun autre parasite. Plus de 3 milliards de personnes courent le risque d’être infectés par la Malaria.
Bien qu’il existe de nombreux médicaments approuvés qui sont capables de soigner la Malaria, il existe des souches mutantes, multi-résistantes, qui ne sont pas éliminées par les médicaments actuels. Parce que ces nouvelles souches mutantes continuent d’évoluer et de se répandre à travers le monde, découvrir et développer de nouveaux types de médicaments pouvant soigner les infections issues de ces souches de Malaria est une priorité majeure de santé globale.   

Approche :

Des scientifiques de The Scripps Research Institute à La Jolla, en Californie, utiliseront WCG afin d’évaluer des millions de composés candidats sur les différentes cibles moléculaires des médicaments contre la Malaria. Si ces molécules cibles peuvent être désactivées, alors les patients infectés avec la Malaria peuvent potentiellement être soignés. La simulation estimera la capacité du composé candidat à désactiver une des cibles moléculaires nécessaire au parasite de la Malaria pour survivre et se multiplier. Une priorité particulière sera donnée aux composés pouvant attaquer les souches mutantes, multi-résistantes. La puissance de WCG peut réduire à une année ce qui prendrait au moins 100 ans en utilisant les ressources habituellement accessibles aux chercheurs de The Scripps Research Institute. Les résultats calculés via WCG seront disponibles au public afin que tous les scientifiques puissent les intégrer à leurs recherches pour développer des médicaments contre la Malaria.

Applications courantes et futures de GO Fight Against Malaria


En général, la plupart des scientifiques faisant de la recherche gardent précieusement les détails concernant leurs expériences en cours et futures, par peur d’être doublés par d’autres chercheurs. Mais nous allons ignorer cette règle, faire progresser la recherche contre les souches mutantes multi-résistantes de la Malaria est bien trop important. En plus, avec cette action, nous espérons motiver d’autres chercheurs travaillant sur la Malaria à organiser leurs recherches de façon complémentaire à ce qui est fait sur World Community Grid, plutôt  que d’être en concurrence.



Cible #1 = DHFR  (Toutes les expériences sont terminées)

Dihydrofolate reductase, ou "DHFR", est une cible validée des médicaments contre la Malaria. Les inhibiteurs DHFR ont été utilisés pour soigner la Malaria pendant des dizaines d’années, mais les souches mutantes multi-résistantes qui ne sont pas tuées par ces inhibiteurs continuent d’émerger et de répandre à travers le monde.



Cible #2 = ENR  (Toutes les expériences sont terminées)

Enoyl-acyl-carrier-protein reductase (ou "ENR," également appelé Fab I), fait partie d’une configuration métabolique unique chez l’apicoplast( c’est une enzyme qui n’est pas présente chez l’homme).  Pf ENR est une cible valide pour le développement d’un traitement contre la Malaria, le triclosan a montré son efficacité pour tuer le parasite de la Malaria via son inhibition de Pf ENR. Cependant le triclosan n’est pas admissible par voie orale, ses propriétés chimiques font qu’il ne peut pas être converti  en pilule, c’est pourquoi nous devons trouver de nouveaux, meilleurs inhibiteurs pour cette cible, qui puissent être converti en pilule.



Cible #3 =  HGPRTase (Toutes les expériences sont terminées)

Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (ou "HGPRTase" ou "HGXPRTase"), est une cible potentielle pour le traitement des infections de la Malaria. Le parasite Plasmodium, contrairement à l’Homme, n’est pas capable de produire de nucléotide de type purine (adenine A et guanine G), pour les obtenir afin de survivre et de se répliquer, il utilise HGPRTase pour récupérer ces nucléotides dans sa nourriture. Bien que l’Homme soit capable de fabriquer ces nucléotides, les personnes montrant une activité HGPRTase  nulle attrapent le syndrome de Lesch-Nyhan qui cause de l’hyperuricémie et des troubles neuronaux. Comme le manque d’activité HGPRTase chez l’Homme cause des problèmes de santé, nous cherchons un candidat inhibant l’enzyme chez le parasite sans impact majeur sur la version humaine de l’enzyme.



Cible #4 =  PMT  (Expériences en cours)

Phosphoethanolamine methyltransferase est une cible potentielle qui fut suggéré par un membre sur le forum de World Community Grid. PMT est une enzyme clef dont le parasite a besoin pour construire ses membranes. Le mécanisme utilisé par le parasite est similaire à celui des plantes, mais il ne se retrouve pas chez les mammifères.  Comme on ne le trouve pas chez l’Homme, des inhibiteurs de cette enzyme entraineraient potentiellement moins d’effets secondaires toxiques que des inhibiteurs agissant sur d’autres protéines contribuant à l’infection. La perte de l’activité PMT entraine de sérieux problèmes de croissance, reproduction et de viabilité des parasites de la Malaria, c’est pourquoi nous essayons de découvrir des inhibiteurs nouveaux et plus efficaces pour cette cible. 



Cible #5 =  PNP (Expériences pas encore commencées)

Purine nucleotide phosphorylase est une cible valide pour lutter contre les infections de la Malaria. L’inhibiteur immucillin-H (ImmH) a montré pouvoir tuer les parasites de la Malaria en inhibant l’enzyme PNP. Un dérivé de ImmH fonctionne à des concentrations très faibles, une concentration qui inhibe l’enzyme PNP du parasite sans inhiber de manière significative celle de l’Homme.



Expériences prévues dans le futur.

Tester l’intégralité de la librairie NCI, de la librairie Enamine, de la librairie ChemBridge, de la librairie Asinex et de la librairie Vitas-M Labs avec les cibles suivantes :
  • M1 neutral aminopeptidase
  • falcipain (a cysteine protease)
  • glutathione reductase
  • glutathione S-transferase
  • dihydroorotate dehydrogenase
  • orotidine 5'-phosphate decarboxylase
  • merozoite surface protein-1
  • profilin
  • 3-oxoacyl acyl-carrier-protein reductase (also known as Fab G)
  • beta-hydroxyacyl-acyl-carrier-protein dehydrase (also known as Fab A/Z)
  • actin depolymerization factor 1
  • cyclophilin
  • apical membrane antigen 1


traduction cedricdd.   
« Modifié: 10 mai 2012 à 22:17 par Polynésia dit "Double-Face" »

bill1170

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Re : [WCG]Go Fight Against Malaria
« Réponse #1 le: 08 mai 2012 à 21:51 »
Très intéressant update sur le projet avec notamment la publication des détails des travaux en cours et un appel à la communauté scientifique à unir ses forces en complémentant leur recherche (en anglais).
http://gofightagainstmalaria.scripps.edu/index.php/how-we-will-discover-potential-malaria-drugs


Jaehaerys Targaryen

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Re : [WCG]Go Fight Against Malaria
« Réponse #2 le: 01 juin 2012 à 17:00 »
Citer
Beta test for GO Fight Against Malaria (May 31, 2012) 

This is another test for Zero redundancy similar to the Say No to Schitosoma(SN2S) test that happened last week.  This will test a windows restart fix, which worked well for SN2S should have similar results for GFAM.

This test will have 5346 work units sent out with Zero Redundancy, but since it's a new app version there will be multiple copies sent out to machines initially.

Thanks,
-Uplinger

Un  test a eu lieu la semaine dernière sur l'application "Say No To Schitosoma", afin de réduire à zéro la redondance des calculs.
Celà a permis de modifier des données au redémarrage sous windows et devrait permettre d'utiliser la même correction pour le projet GFAM.
Ce test contiendra 5346 unités de travail à calculer, avec une redondance nulle, mais puisque c'est une nouvelle version d'application, plusieurs copies seront envoyées aux machines au départ.
Merci,
- Uplinger
« Modifié: 01 juin 2012 à 17:14 par ousermaatre »


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titidestroy

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Re : [WCG]Go Fight Against Malaria
« Réponse #3 le: 24 avril 2013 à 14:42 »
Salut à tous,
Bon j'ai un petit problème j'ai un résultat non-concluant. Est-ce que le temps de calcul est quand même comptabilisé quand même ?


cedricdd

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Re : [WCG]Go Fight Against Malaria
« Réponse #4 le: 24 avril 2013 à 15:57 »
Résultat non concluant veut dire que toi et l'autre personne qui a calculé la même tâche vous n'avez pas le même résultat, donc elle va être renvoyé à une troisième personne, si celle-ci renvoie la même chose que toi ( et que c'est donc l'autre qui à eu un problème ) alors oui tu auras des crédits, autrement non.
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titidestroy

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Re : [WCG]Go Fight Against Malaria
« Réponse #5 le: 24 avril 2013 à 16:15 »
Ok merci pour cette précision.

Ca ne m'était jamais arrivé sur WCG.


[AF>Libristes] cottesloe

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Re : [WCG]Go Fight Against Malaria
« Réponse #6 le: 24 avril 2013 à 16:42 »
 :kookoo:
J'ai moi aussi 3 UTs GFAM "peu concluant" renvoyées hier et aujourd'hui, sur deux PCs différents.

GFAM_x3SRJ_loopChrm2_PfAMA1_0096203_0232
GFAM_x3SRI_B_loopChrm2_PfAMA1_0096129_0013
GFAM_x3SRI_B_loopChrm2_PfAMA1_0096129_0033


Mais si je regarde le détail, il y a pour chacune, une réplication de 2 avec un quorum mimi de 1.
Une seconde réplication a été lancée juste après mon retour de résultat "peu concluant".
Normalement, pour GFAM, il y a une seule réplication. Ils en envoient une seconde qu'en cas de résultat "peu concluant".
Je pense que si les deux résultats concordent, ils valident tout, points et temps de calcul, sinon...  :??:

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Re : [WCG]Go Fight Against Malaria
« Réponse #7 le: 25 avril 2013 à 12:01 »
D'ailleurs le projet va se terminer dans les mois à venir après le calcul de la Target 22 (nous sommes actuellement sur la Target 19 Experiment 119)
Tout dépendra du nombre de crunchers  :hyperbon: :hyperbon:

source http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35038_offset,0#419386
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Re : [WCG]Go Fight Against Malaria
« Réponse #8 le: 23 mai 2013 à 09:13 »
Plus que 14j.
C'est parti pour la chasse au badge rubis (j'espère ne pas échouer comme pour C4CW)

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35145
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[AF>Libristes] cottesloe

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Re : [WCG]Go Fight Against Malaria
« Réponse #9 le: 23 mai 2013 à 22:28 »
C'est bizarre, j'ai l'impression qu'il y a peu, il restait encore 90 jours. Je me trompe peut-être...  :??:
Je vais essayer d'accrocher le badge émeraude, mais il va falloir envoyer du bois...  :hyperbon:  :hyperbon:  :hyperbon:
 :kookoo:

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Re : [WCG]Go Fight Against Malaria
« Réponse #10 le: 13 juin 2013 à 14:15 »
Grosse mise à jour à l'occasion de la fin du projet

https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35239

c'est un énorme pavé indigeste en anglais mais c'est positif