Auteur Sujet: [WCG]FightAIDS@Home  (Lu 17427 fois)

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ousermaatre

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[WCG]FightAIDS@Home
« le: 02 mai 2012 à 01:44 »
FightAIDS@Home



Statut et résultats du projet :   Vous trouverez des informations sur ce projet dans les pages Web ci-dessous et sur le site Web FightAIDS@Home auquel ont contribué les chercheurs de ce projet. Pour obtenir le rapport d'état le plus récent, consultez le rapport d'état du projet FightAIDS@Home (PDF). Pour envoyer des commentaires ou des questions sur ce projet, veuillez publier votre message dans le Forum FightAIDS@Home.

Qu'est-ce que le SIDA ?
ONUSIDA, le Programme commun des Nations Unies sur le VIH/SIDA, a estimé qu'en 2004, plus de 40 millions de personnes dans le monde étaient porteuses du VIH, le virus de l'immunodéficience humaine. Ce virus affecte la vie d'hommes, de femmes et d'enfants sur la planète entière. Actuellement, il n'existe pas de remède en vue, seulement un traitement avec plusieurs types de médicaments.

Le laboratoire du professeur Arthur J. Olson auThe Scripps Research Institute (TSRI) étudie les moyens informatiques de concevoir de nouveaux médicaments anti-HIV à partir de la structure moléculaire. Il a été démontré à plusieurs reprises que la fonction d'une molécule (une substance composée de nombreux atomes) était liée à sa forme tri-dimensionnelle. La cible d'Olson est la protéase du VIH, une machine moléculaire clé du virus qui, lorsqu'elle est bloquée, empêche le virus d'arriver à maturation. Ces bloquants, appelés "inhibiteurs de protéase", constituent un moyen d'empêcher le SIDA de se déclarer, ainsi que de prolonger la vie. Le laboratoire Olson utilise des méthodes informatiques pour identifier de nouveaux médicaments candidats ayant la forme et les caractéristiques chimiques appropriées pour bloquer la protéase du VIH. Cette approche générale est appelée "Structure-Based Drug Design" (conception de médicaments assistée par le criblage virtuel sur les structures), et selon le National Institute of General Medical Sciences, elle a déjà eu d'énormes répercussions sur la vie des personnes atteintes du SIDA.

Défi supplémentaire, le VIH est un "mauvais copieur", si bien qu'il évolue constamment en de nouvelles variantes, dont certaines sont résistantes aux médicaments actuellement disponibles. C'est pourquoi il est vital que les scientifiques poursuivent leurs recherches de nouveaux traitements plus efficaces pour combattre cette cible mouvante.

Les scientifiques sont capables de déterminer expérimentalement les formes d'une protéine et d'une drogue séparément, mais pas toujours celles des deux ensemble. Si les scientifiques savaient comment la molécule du médicament s'emboîte dans le site actif de sa protéine cible, les chimistes pourraient voir comment concevoir de meilleurs médicaments, plus puissants que les médicaments existants.

Pour atteindre ces objectifs, le projet FightAIDS@Home du World Community Grid exécute un programme logiciel appelé AutoDock, développé dans le laboratoire du Professeur Olson. AutoDock est une suite d'outils capable de prédire la façon dont de petites molécules, telles que des médicaments candidats, pourraient se lier ou "s'amarrer" à un récepteur de structure 3D connue. La toute première version de AutoDock a été écrite chez Olson Laboratory en 1990 par le docteur David S. Goodsell ; depuis, des versions plus récentes, développées par le docteur Garrett M. Morris, ont été publiées. Elles ajoutent un degré de compréhension et des stratégies scientifiques supplémentaires à AutoDock, le rendant plus robuste du point de vue du calcul, plus rapide et plus simple d'utilisation. Depuis le début de ce projet, le World Community Grid a exécuté une version de pré-lancement de AutoDock4. En août 2007, le World Community Grid a commencé à exécuter la nouvelle version 4 publique de AutoDock, qui est plus rapide, précise et capable de gérer des molécules cibles flexibles, ce qui lui permet également d'être utilisé pour l'analyse des interactions protéine-protéine. AutoDock est utilisé dans le projet FightAIDS@Home sur le World Community Grid pour emboîter un grand nombre de petites molécules différentes dans la protéase VIH. Une fois les meilleures molécules identifiées par le calcul, elles seront sélectionnées et testées en laboratoire pour leur efficacité contre le virus VIH. En joignant leurs forces, l'institut The Scripps Research Institute, le World Community Grid et son nombre croissant de bénévoles vont pouvoir trouver de meilleurs traitements plus rapidement que jamais.

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Dernières infos, octobre 2015

traduction par Maugou.

Par: Dr Arthur Olson
Professeur, Institut de recherche Scripps
9 octobre 2015   

Résumé
Nous avons récemment été invités à écrire un chapitre pour un livre à paraître: L'avenir de thérapies du VIH-1. Notre chapitre se concentre sur la conception de médicaments basée sur la structure, et discute les avantages de la modélisation "in silico" pour élargir considérablement la portée et l'efficacité de la recherche basée sur la structure. Nous portons une attention particulière aux avantages du réseau de calcul à grande échelle que nous avons trouvé dans le World Community Grid.


Récemment, nous avons été invités à écrire un chapitre pour un livre sur les progrès de la thérapie anti-VIH, intitulé: L'avenir des thérapies du VIH-1: La résistance est-elle futile? Notre chapitre, intitulé «Défis de calcul des approches basées sur la structure appliquées au VIH» fournit une perspective sur l'application de méthodes de calcul pour la conception de nouveaux médicaments, et explique comment le World Community Grid est essentiel à nos efforts de recherche.

Résumé profane (ndt: :) )

La conception de médicaments, basée sur la structure, repose sur la disponibilité de structures cristallographiques des protéines cibles, qui sont utilisées pour tester de grandes banques de composés (souvent plusieurs millions) «in silico» pour identifier de nouveaux médicaments potentiels. En fait, la conception d'inhibiteurs de protéase du VIH, dans le milieu des années 1990, est souvent présentée comme le premier exemple réussi des avantages du calcul dans la conception de médicaments basée sur la structure.

Amarrer  un si grand nombre de composés virtuels est un défi en soi. En outre, la plupart des cibles présentent divers degrés de flexibilité. Modéliser cet aspect ajoute un autre niveau de complexité, ce qui peut augmenter considérablement le nombre de calculs. Cependant, lorsqu'ils traitent avec des virus, tels le VIH-1, qui mutent à un taux très élevé, la situation est encore plus problématique. En fait, de nombreuses protéines produites par le virus lors de l'infection peuvent présenter des mutations qui rendent inefficaces des médicaments puissants connus.

Dans une section spécifique du chapitre («Modélisation à grande échelle»), nous décrivons en détail comment IBM et World Community Grid ont permis de gérer une telle quantité incroyable de calcul dans FightAids@Home (FAAH). Le temps d'ordinateur offert par les bénévoles (plus de 300 000 années de calcul et ça continue!), et mis à disposition par le World Community Grid, nous a permis de concevoir et de réaliser des expériences qui aurait été prohibitives avec des ressources informatiques classiques.

Nous fermons le chapitre en discutant de nouveaux objectifs disponibles, et les nouvelles techniques de modélisation qui construisent des modèles plus grands et plus détaillées du virus entier. Cela présentera de nouvelles opportunités et encore plus de défis pour la conception de médicaments du VIH-1. Avec l'aide de World Community Grid et tous les bénévoles de FAAH, nous prévoyons de faire face à ces défis et d'étendre les limites de la recherche.

Résumé technique:

Nous passons en revue quelques-unes des possibilités et des défis auxquels nous sommes confrontés dans la modélisation computationnelle de cibles thérapeutiques contre le VIH et la biologie structurale, à la fois en termes de développement de la méthodologie et de la conception de médicaments basées sur la structure (SBDD). Les méthodes computationnelles ont apporté un soutien à la recherche fondamentale VIH depuis les études structurales initiales, contribuant à démêler les détails de la biologie du VIH. Les modèles informatiques se sont révélés être un outil puissant pour analyser et comprendre l'impact des mutations et à surmonter leur influence structurelle et fonctionnelle dans la résistance aux médicaments. La disponibilité des données structurelles, dans des expériences in silico, ont joué un rôle dans l'exploitation et l'amélioration des interactions entre les médicaments et les cibles virales, telles que la protéase du VIH, la transcriptase inverse et l'intégrase. Des questions telles que la dynamique virale cibles et de la variabilité mutationnelle, ainsi que le rôle de l'eau et les estimations de l'énergie de liaison libre dans la caractérisation des interactions des liaisons, sont les domaines de recherche de calcul actifs. Des ressources de calcul toujours croissantes et des avancées théoriques et algorithmiques ont joué un rôle important dans les progrès à ce jour, et nous envisageons un rôle en constante expansion pour les méthodes de calcul dans notre compréhension de la biologie et SBDD VIH à l'avenir.

 

mise à jour octobre 2015
« Modifié: 14 octobre 2015 à 13:49 par ousermaatre »

[AF>Libristes] cottesloe

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #1 le: 13 février 2013 à 23:28 »
Pour info, j'ai touché deux UTs Béta test FAAH 7.11 ce soir.  :gniak:
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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #2 le: 14 février 2013 à 12:38 »
Je viens de m'apercevoir que j'en ai récupéré une aussi
Par contre vu le nombre de WU il doit rester plus rien  :cry:
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,34735
C'est pas avec ça que le badge Béta va se rapprocher lol
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[AF>Libristes] cottesloe

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #3 le: 15 février 2013 à 07:29 »
J'en ai touché deux autres hier soir.  :miam:
Mais c'est sûr que pour décrocher un badge en Béta test, il faut être patient...
Perso, j'ai 3ans, 113 jours et 11 heures de calcul sur WCG et seulement 5 jours et 19 heures de Béta test...  :gno:

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[AF>Libristes] cottesloe

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #4 le: 20 février 2013 à 18:20 »
Deux autres Béta fah 7.15 arrivée cet après midi.  :love:

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #5 le: 10 juillet 2013 à 15:55 »
Il y a une phase de Beta (12000 WU) depuis hier soir mais rien reçu :(( peut être déjà trop tard.

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35342

Et aussi des tests sous Android, là c'est le matériel qui me fait défaut lol.
L'application sera aussi utilisée pour Say No to Schistasoma

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35344
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JeromeC

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #6 le: 11 juillet 2013 à 15:42 »
J'ai pu me rattacher au projet depuis mon SG2S, on va voir ce que ça donne - quand les asteroids de 40 heures seront terminés :D
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Lic

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #7 le: 11 juillet 2013 à 16:25 »
Apparemment 3h sur un Nexus 7 ça a pas l'air trop long  :D
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foo_fight

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Re : Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #8 le: 11 juillet 2013 à 18:52 »
Il y a une phase de Beta (12000 WU) depuis hier soir mais rien reçu :(( peut être déjà trop tard.
Merci pour l'info.  :)

J'ai du en choper car j'ai fait 1181 points hier et 143 aujourd'hui alors que je n'ai aucun des 2 projets encore actifs de coché.

JeromeC

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #9 le: 12 juillet 2013 à 14:23 »
J'en ai pas eu encore, toute à l'heure j'ai suspendu asteroid pour mettre à jour WCG mais y'avait rien. Et comme asteroid met près de 40 heures pour finir les UT sur mon petit bousin (dans ce cas y'a pas d'autre mot), il va pas essayer souvent si je retente pas la manip manuellement et régulièrement...
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foo_fight

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #10 le: 12 juillet 2013 à 15:47 »
Moi j'en chope sur des PC qui tournent environ 12H par jour.

J'en ai eu 3 entre minuit et 12H aujourd'hui.

Je finirai bien par l'avoir ce badge bronze en beta testing. 

modesti

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #11 le: 13 juillet 2013 à 11:13 »
Jéjé, en général WCG ne va pas demander de taf si tu fais une màj manuelle. Par contre, si tu peux, regarde dans les propriétés le facteur de correction de durée. S'il est différent de 1,0000 - et que tu n'as aucune UT en cours !!! - fais un reset du projet. Après, quand tu suspendras Asteroids, il devrait te demander du taf ;)

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #12 le: 13 juillet 2013 à 22:12 »
Tu parles sur le site WCG ? sinon c'est quoi ce paramètre ? moi je parlais de test sur mon androphone, y'a assez peu d'options sur la version (officielle) android de boinc (sur native boinc y'en a beaucoup plus)
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modesti

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #13 le: 14 juillet 2013 à 15:08 »
Je parlais des propriétés du projet dans le BoincManager. Mais peut-être qu'elles n'existent pas dans la version Android (comme sur les versions <6.6.x) :spamafote: Mais je pense que le bouton "Reset project" ou "Recommencer le projet" devrait être là. Donc: vérifie si t'as des UT, si non, tu peux faire un reset pour tout remettre d'aplomb et l'inciter à aller chercher du taf

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JeromeC

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #14 le: 15 juillet 2013 à 01:20 »
Je venais de m'y attacher quand j'ai dit ça, mais j'ai pas trop suivi depuis, je verrai si vraiment il refuse d'en choper.
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titidestroy

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #15 le: 26 juillet 2013 à 09:48 »
Nouvelles UTs Vina pour FightAIDS.


bernardP

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #16 le: 16 octobre 2013 à 05:56 »
 :kookoo:
J'ai essayé, résultat après 13 h et l'avancement à zéro : viré.  :o

bill1170

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #17 le: 16 octobre 2013 à 23:18 »
Bizarre. Environ 4h30 chez moi, et jamais une seule unité n'a planté.


bernardP

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #18 le: 18 octobre 2013 à 05:54 »
 :kookoo:
Je n'ai plus de problème de démarrage des unités.

Y-a-t-il une possibilité de choix entre les unités vina 7.15 et les AutoDock 7.06 ?

Philippe06121966

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Re : Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #19 le: 18 octobre 2013 à 06:58 »
:kookoo:
Je n'ai plus de problème de démarrage des unités.

Y-a-t-il une possibilité de choix entre les unités vina 7.15 et les AutoDock 7.06 ?

Salut, dans le tableau des choix d'applications je n'ai en tout cas jamais vu l'option ...
Bon Crunch

Lic

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #20 le: 18 octobre 2013 à 09:07 »
Effectivement c'est au petit bonheur la chance mais avec un cache important tu as souvent un mix des deux types d'appli
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bernardP

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #21 le: 18 octobre 2013 à 11:06 »
Là j'ai commencé à égaliser "manuellement" :gniak: le nombre d'unités Vina et AutoDock
Conclusion : il ne me donne plus de Vina du tout :cpopossib:

mamouth

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Re : Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #22 le: 18 octobre 2013 à 11:37 »
:kookoo:
Je n'ai plus de problème de démarrage des unités.

Y-a-t-il une possibilité de choix entre les unités vina 7.15 et les AutoDock 7.06 ?

Pour le moment NON mais c'est prévu dans un futur +- proche ( en temps boinc )

bernardP

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #23 le: 18 octobre 2013 à 12:12 »
 :jap:
Je vais donc attendre un temps +- long :siflotte:

FlikFlok

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Re : [WCG]FightAIDS@Home
« Réponse #24 le: 29 novembre 2013 à 11:37 »
Je viens de ré-installer Boinc sur mon Pc. J'ai choisi de ne taffer que pour fightaids@home.
J'ai des WU Autodock 7.15 et Vina 7.06. Y a t-il des WU GPU sous FAA@H (j'ai une 7750)? Si oui comment les reconnaitres?