Auteur Sujet: [WCG]Human Proteome Folding - Phase 2  (Lu 1714 fois)

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ousermaatre

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[WCG]Human Proteome Folding - Phase 2
« le: 02 mai 2012 à 01:41 »
Human Proteome Folding - Phase 2



Statut et résultats du projet :   Vous trouverez des informations sur ce projet dans les pages Web ci-dessous et sur le site Web Repliement du protéome humain – Phase 2 auquel ont contribué les chercheurs du projet. Pour obtenir le rapport d'état le plus récent, consultez le rapport d'état du projet Repliement du protéome humain – Phase 2. Pour envoyer des commentaires ou des questions sur ce projet, veuillez publier votre message dans le Forum Repliement du protéome humain – Phase 2.

 Le projet Repliement du protéome humain - Phase 2 (HPF2) reprend au point où s'était arrêtée la première phase. Les deux principaux objectifs de ce projet sont les suivants : 1) obtenir des structures de résolution supérieure pour certaines protéines humaines et certaines protéines pathogènes et 2) explorer plus en avant les limites de la prévision des structures protéiques en continuant à développer la prévision de structures avec le logiciel Rosetta. Le projet répondra ainsi à deux impératifs parallèles très importants, l'un biologique et l'autre biophysique.

Le projet, qui a été commencé à l'Institute for Systems Biology (ISB) et se poursuit désormais au département de biologie et de science informatique de l'université de New York, va perfectionner les structures obtenues lors de la première phase, à l'aide du logiciel Rosetta qui sera utilisé dans un mode permettant un degré de détail atomique plus poussé. L'objectif de la première phase était de comprendre la fonction des protéines. Celui de la seconde phase est d'augmenter la résolution des prévisions d'un certain sous-ensemble de protéines humaines. Une meilleure résolution est importante pour de nombreuses applications, y compris, mais de façon non restrictive, le filtrage virtuel des cibles médicamenteuses avec des procédures d'amarrage et la conception des protéines. En étudiant plusieurs protéines bien connues du World Community Grid (par exemples les protéines de la levure), la seconde phase permettra aussi de mieux comprendre la physique de la structure protéinique et de faire progresser la prévision des structures protéiniques. Cette nouvelle phase aidera également la communauté des développeurs Rosetta à continuer à perfectionner le logiciel et la fiabilité de ses prévisions.

HPF2 étudiera tout spécialement les protéines sécrétées par l'organisme humain (protéines du sang et des espaces inter-cellulaires). Ces protéines sont importantes pour la transmission de signaux entre les cellules et sont souvent des marqueurs essentiels utilisés pour le diagnostic. Ces protéines sont même utilisées comme médicaments sous forme synthétisée, pour le traitement de patients ayant des carences protéiniques. Les exemples de protéines sécrétées par l'organisme humain qui ont été transformées en traitements thérapeutiques sont l'insuline et l'hormone de croissance humaine. La compréhension du fonctionnement de ces protéines humaines aidera les scientifiques à découvrir le fonctionnement des protéines dont le rôle est encore inconnu dans le sang et dans les autres fluides interstitiels.

Le projet étudiera également les principales protéines pathogènes sécrétées. Bien que sa conception en soit encore à ses premiers balbutiements, le projet HPF2 étudiera probablement le plasmodium, l'agent pathogène responsable de la malaria. Les scientifiques espèrent que des prévisions structurelles de meilleure résolution des protéines sécrétées par la malaria fourniront une infrastructure bioinformatique à la communauté internationale des chercheurs qui travaille actuellement sur l'interaction complexe entre les hôtes humains et les parasites responsables de la malaria. Même s'il n'y a pas à ce jour de résultats concluants et même si la biologie est l'une des disciplines les plus complexes qui soient, les scientifiques pensent que ce travail aidera les biologistes à comprendre des éléments de cette interaction hôte-pathogène ou du moins ses composants. Les chercheurs communiqueront leurs résultats à la communauté scientifique et collaboreront avec celle-ci pour visualiser, utiliser et perfectionner les données obtenues. Les conclusions de leurs travaux pourront éventuellement servir de base à une intervention.

Enfin, ce projet se raccroche aux initiatives de la NYU et de l'ISB en faveur d'une médecine personnalisée prévisionnelle et préventive, sur la base de l'hypothèse que ces protéines sécrétées seront des éléments fondamentaux de cette médecine de demain. Il est encore trop tôt pour dire quelles sont les protéines qui deviendront des biomarqueurs (c'est-à-dire des substances parfois présentes en quantité accrue dans le sang, dans d'autres fluides corporels ou dans des tissus et qui indiquent la présence de certains types de cancers). Il est néanmoins clair que beaucoup d'entre elles seront des protéines sécrétées. Comme lors de la première phase du projet, la puissance du World Community Grid jouera un rôle crucial pour transmettre rapidement les résultats aux communautés biologiques et biomédicales.
« Modifié: 02 mai 2012 à 02:16 par ousermaatre »

Anabelle12

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Re : [WCG]Human Proteome Folding - Phase 2
« Réponse #1 le: 18 avril 2013 à 10:43 »

Je viens justement de découvrir une page facebook à ce sujet : https://www.facebook.com/pages/Human-Proteome-Folding-Project/126489014061782

Lic

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Re : [WCG]Human Proteome Folding - Phase 2
« Réponse #2 le: 17 mai 2013 à 18:44 »
La fin est proche :(

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35127

En lisant la news sur le site officiel du projet, vous verrez la raison de ce brusque arrêt. C'est dommage.
http://bonneaulab.bio.nyu.edu/wcg/thread_2013_05_16.html

Espérons juste que les données calculées serviront à d'autres chercheurs.
Pour les derniers volontaires d'après les responsables de WCG, il reste 24j de travail
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35130
Lic et son Quad Mac Pro ^_^

mamouth

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Re : [WCG]Human Proteome Folding - Phase 2
« Réponse #3 le: 18 mai 2013 à 12:00 »
ça doit être le 5ième projet qui se termine sur 1 an
et aucun nouveau projet démarré  :/ ça ne sent pas bon tout ça

Si on ajoute que GFAM devrait se terminer dans moins de 3 mois
et qu'il reste 1 TARGET (+-3 mois ) pour HFCC qui devrait bientôt redémarrer

c'est tendu je trouve

Jaehaerys Targaryen

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Re : [WCG]Human Proteome Folding - Phase 2
« Réponse #4 le: 18 mai 2013 à 12:31 »
Il y a des nouveaux projets en gestation...


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JeromeC

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Re : [WCG]Human Proteome Folding - Phase 2
« Réponse #5 le: 19 mai 2013 à 14:12 »
WCG est une structure suffisamment grande et respectable pour ne pas manquer de candidats projets, et à mon avis pour prendre le temps suffisant pour pas lancer de nouvelles applis insuffisamment testées au public (sans parler de bêta) pour aller plus vite... Faut pas trop s'inquiéter pour eux amha, c'est plutôt les petits projets qui s'arrêtent par manque de ressources / humains qui sont légions... (regardons le seul vrai projet 100% français qu'on ait jamais eu, proteins, et comment il est mort faute de gradés, et pas faute de nous les combattants)
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

foo_fight

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Re : [WCG]Human Proteome Folding - Phase 2
« Réponse #6 le: 20 mai 2013 à 22:06 »
C'est dommage mais je pense que ce n'est pas grave car pour l'étude des protéines il reste les projets Rosetta et surtout Folding@home.