Auteur Sujet: [WCG] Discovering Dengue Drugs phase 2  (Lu 1256 fois)

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ousermaatre

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[WCG] Discovering Dengue Drugs phase 2
« le: 02 mai 2012 à 01:28 »
Discovering Dengue Drugs - Together
- Phase 2



Statut et résultats du projet : 
Vous trouverez des informations sur ce projet dans les pages Web sur le site WCG et auprès des scientifiques impliqués sur le site Web Ensemble découvrons un médicament contre la dengue. Si vous avez des commentaires ou des questions sur ce projet, visitez le forum Ensemble découvrons un médicament contre la dengue - Phase 2.

Mission
La mission du projet Ensemble découvrons un médicament contre la dengue - Phase 2 est d'identifier des médicaments candidats prometteurs pour combattre les virus de la dengue, de l'hépatite C, du Nil occidental, de la fièvre jaune et d'autres virus liés. La puissance de calcul du World Community Grid sera mise en oeuvre pour effectuer les calculs de criblage virtuel sur les structures nécessaires à l'identification de ces médicaments candidats.

Importance
Ce projet découvrira des médicaments candidats prometteurs destinés à stopper la réplication des virus de la famille des Flaviviridae. Les virus de cette famille, comprenant les virus de la dengue, de l'hépatite C, du Nil occidental et de la fièvre jaune, constituent des risques sanitaires élevés aussi bien dans les pays développés que dans les pays en voie de développement. Plus de 40% de la population mondiale risque d'être infectée par le virus de la dengue. Chaque année, environ 1,5 million de personnes sont traitées contre la dengue et sa forme hémorragique. L'hépatite C infecte environ 2% de la population mondiale. Les virus de la fièvre jaune et du Nil occidental ont également un impact important dans le monde. Malheureusement, il n'existe pas de traitement curatif efficace de ces maladies. En conséquence, les soins palliatifs pour traiter ces infections et réduire la mortalité pèsent lourdement sur les systèmes de santé déjà fortement sollicités dans le monde entier. La découverte de médicaments antiviraux spécifiques et à large spectre permettra d'améliorer considérablement la santé des populations mondiales.

Approche
L'une des approches les plus prometteuses pour combattre ces virus et empêcher la maladie de se déclarer est d'élaborer des médicaments qui inhibent la protéase NS3 des virus. La protéase NS3 est une enzyme essentielle à la réplication du virus. Sa séquence d'acides aminés et sa structure atomique sont très similaires dans les différentes maladies dues aux flavivirus. Dans la mesure où la structure atomique de la protéase NS3 est connue, les chercheurs peuvent utiliser des méthodes avancées de conception de médicaments assistée par le criblage virtuel sur les structures pour identifier de petites molécules inhibitrices de la protéase.

Les chercheurs ont fait des progrès importants sur cette voie et ont découvert des composés qui inhibent les protéases et la réplication des virus de la dengue et du Nil occidental dans des cellules en culture. Cependant, de nouveaux médicaments candidats doivent être découverts afin d'améliorer la probabilité de conversion des pistes en médicaments homologués pour le traitement des infections par flavivirus et pour réduire la résistance virale. Pour que cet effort aboutisse, les chercheurs utilisent la puissance de calcul du World Community Grid pour achever un nouveau projet en deux phases dans la découverte de médicaments basée sur ordinateur.

La phase 1 (terminée en août 2009) du projet Ensemble, découvrons un médicament contre la dengue a utilisé le programme AutoDock (développé par le docteur A. Olson et son équipe du Scripps Research Institute) afin de cribler environ 3 millions de petites molécules "semblables à des médicaments" et d'identifier plusieurs milliers de molécules capables d'interagir efficacement avec la protéase NS3 du virus. Ces calculs ont prédit la structure possible de chaque petite molécule quand elle est liée à une protéase, et a fourni une mesure préliminaire pour faire la distinction entre les inhibiteurs possibles de protéases ("occurrences" de la phase 1) et les molécules non liantes.

Il est malheureusement fréquent qu'autour de 90-95% des occurrences de la phase 1 soient des faux positifs. Il est donc très inefficace de tester les occurrences de la phase 1 en laboratoire (même si les chercheurs à la faculté de médecine de l'université du Texas [UTMB] ont trouvé plusieurs composés de la phase 1 avec une bonne activité lors d'essais biochimiques et basés sur des cellules).

La phase 2 du projet est pensée pour réduire le nombre de prédictions de faux positifs (des impasses, donc) de la phase 1. La phase 2 utilisera le programme CHARMM (développé par Martin Karplus et son équipe d'Harvard) pour prendre plusieurs occurrences prometteuses de la phase 1 et exécuter chacune d'elles via des simulations de dynamiques moléculaires à base de calculs, afin de calculer avec précision l'énergie libre Gibbs de liaison. Ces calculs permettront de prédire l'étroitesse de la liaison entre les molécules médicamenteuses et les protéases des différents flavivirus. De nombreux faux positifs de la liste d'occurrences de la phase 1 seront ainsi éliminés. La phase 2 donnera donc une liste d'occurrences nettement plus riche en vrais positifs. Les tests d'occurrences de la phase 2 dans des laboratoires UTMB seront alors nettement plus productifs, efficaces et gratifiants que ceux d'occurrences de la phase 1.

Avis de disponibilité d'une unité de travail
La nature de la recherche et des calculs d'énergie libre de la phase 2 demande que chaque système protéase-ligand exécute trois programmes séquentiels, avec l'analyse manuelle et l'intervention nécessaires entre chaque programme. Par ailleurs, chaque programme possède des caractéristiques et des exigences d'environnement de calcul très différentes. Quand le projet change de programme, les unités de la phase 2 peuvent être temporairement indisponibles et l'exécution du projet se fait de façon intermittente. En comparaison, pour la plupart des projets du World Community Grid, les unités de travail sont disponibles en permanence jusqu'à la fin d'un projet. Il est suggéré que les membres du World Community Grid autorisent d'autres projets de grille à s'exécuter chaque fois que des unités de travail de la phase 2 ne sont pas disponibles.
« Modifié: 02 mai 2012 à 02:11 par ousermaatre »

Lic

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Re : [WCG] Discovering Dengue Drugs phase 2
« Réponse #1 le: 31 mai 2012 à 15:15 »
Il y a eu quelques d'unités hier mais personnellement je suis passé à coté. Pas eu le temps de vider mon cache.
J'espère que c'est un début pour un plus gros paquet de WU après je voudrais bien avoir ce petit badge lol
« Modifié: 31 mai 2012 à 15:17 par Lic »
Lic et son Quad Mac Pro ^_^

mamouth

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Re : [WCG] Discovering Dengue Drugs phase 2
« Réponse #2 le: 25 mars 2013 à 12:48 »
Ce projet est en train de passer du statut intermittent à terminé
Les dernières UT promises ne seront jamais distribuées

Pour plus d'infos
https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,34893


Jaehaerys Targaryen

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Re : [WCG] Discovering Dengue Drugs phase 2
« Réponse #3 le: 25 mars 2013 à 13:58 »
Ok dés confirmation je mets ce projet dans la section terminer....


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