GO Fight Against Malaria

[cedricdd]

Statut et résultats du projet :

Des informations concernant ce projet sont fournis sur les pages qui suivent ainsi que sur le site Internet de GO Fight Against Malaria. Si vous avez une question ou un commentaire concernant le projet veuillez-vous rendre sur le forum.

Mission :

La mission du projet GO Fight Against Malaria est d'identifier des agents actifs qui pourraient potentiellement servir à la mise au point de nouveaux médicaments pour les formes résistantes de malaria. L'importante capacité de calcul de WCG va être utilisée pour effectuer des simulations sur l'interaction entre des millions de composés chimiques et certaines protéines cibles afin de prédire leurs capacités à éliminer la malaria. Le meilleur candidat sera testé et des développements ultérieurs permettront peut-être de trouver un traitement pour cette maladie. 

Importance :

La Malaria est l'une des trois maladies infectieuses les plus mortelles présentes sur Terre et est causée par des parasites qui infectent aussi bien l'Homme que l'animal. Les femelles moustiques repandent cette maladie en mordant des hôtes infectés pour ensuite la transmettre à des hôtes sains via une morsure. Quand ces parasites se répliquent dans les globules rouges (que les parasites utilisent comment nourriture), les symptômes de la Malaria apparaissent. Initialement, la Malaria cause de la fièvre ainsi que des maux de tête, et dans des cas extrêmes le coma et même la mort. Plasmodium falciparum, le parasite causant le cas de Malaria le plus mortel, tue plus de personnes qu'aucun autre parasite. Plus de 3 milliards de personnes courent le risque d'être infectés par la Malaria.
Bien qu'il existe de nombreux médicaments approuvés qui sont capables de soigner la Malaria, il existe des souches mutantes, multi-résistantes, qui ne sont pas éliminées par les médicaments actuels. Parce que ces nouvelles souches mutantes continuent d'évoluer et de se répandre à travers le monde, découvrir et développer de nouveaux types de médicaments pouvant soigner les infections issues de ces souches de Malaria est une priorité majeure de santé globale.   

Approche :

Des scientifiques de The Scripps Research Institute à La Jolla, en Californie, utiliseront WCG afin d'évaluer des millions de composés candidats sur les différentes cibles moléculaires des médicaments contre la Malaria. Si ces molécules cibles peuvent être désactivées, alors les patients infectés avec la Malaria peuvent potentiellement être soignés. La simulation estimera la capacité du composé candidat à désactiver une des cibles moléculaires nécessaire au parasite de la Malaria pour survivre et se multiplier. Une priorité particulière sera donnée aux composés pouvant attaquer les souches mutantes, multi-résistantes. La puissance de WCG peut réduire à une année ce qui prendrait au moins 100 ans en utilisant les ressources habituellement accessibles aux chercheurs de The Scripps Research Institute. Les résultats calculés via WCG seront disponibles au public afin que tous les scientifiques puissent les intégrer à leurs recherches pour développer des médicaments contre la Malaria.   

[modesti]

§ Importance :

La Malaria est l'une des trois maladies infectieuses les plus mortelles présentes sur Terre et est causée par des parasites qui infectent aussi bien l'Homme que l'animal. Les femelles moustiques répandent cette maladie en mordant des hôtes infectés pour ensuite la transmettre à des hôtes sains via une morsure. Quand ces parasites se répliquent dans les globules rouges (que les parasites utilisent comment nourriture), les symptômes de la Malaria apparaissent. Initialement, la Malaria cause de la fièvre ainsi que des maux de tête, et dans des cas extrêmes le coma et même la mort. Plasmodium falciparum, le parasite causant le cas de Malaria le plus mortel, tue plus de personnes qu'aucun autre parasite. Plus de 3 milliards de personnes courent le risque d'être infectés par la Malaria.
Bien qu'il existe de nombreux médicaments approuvés qui sont capables de soigner la Malaria, il existe des souches mutantes, multi-résistantes, qui ne sont pas éliminées par les médicaments actuels. Parce que ces nouvelles souches mutantes continuent d'évoluer et de se répandre à travers le monde, découvrir et développer de nouveaux types de médicaments pouvant soigner les infections issues de ces souches de Malaria est une priorité majeure de santé globale.   

[cedricdd]

Merci, j'ai changé.

[Prof]

Tu as oublié les trois petites corrections de la fin du message de Modesti!!

médicaments, capables et majeure

[cedricdd]

Oui j'avais pas vu 

[cedricdd]

Afin de proposer la traduction française du projet Go Fight Against Malaria au site WCG j'ai traduit la partie "Détails du projet" qui manquait, si quelqu'un peu y jeter un coup d'oeil

Le Paludisme est une des trois maladies infectieuses les  plus meurtrières au Monde. Les deux autres sont le VIH et la Tuberculose.
Plasmodium falciparum, le parasite qui cause la forme la plus mortelle du Paludisme, tue plus de personnes que tout autre parasite sur notre planète.
La moitié de la population mondiale court le risque d'être infectée. En 2006, 247 millions de personnes ont été infecté par le Paludisme.
Parmi le presque million de décès causé par le Paludisme chaque année, 85% des personnes tuées sont des enfants.
En fait, c'est la principale cause de décès en Afrique pour ceux de moins de cinq ans: toutes les 30 secondes un autre enfant meurt du Paludisme.
Même si le Paludisme ne tue pas la personne infectée, elle provoque toujours des troubles d'apprentissage, des absences dans les écoles, la perte de travail et l'augmentation de la pauvreté - des effets qui peuvent durer toute la vie. Dans les lieux de fortes contaminations, il peut représenter 40% des coûts de santé publique. Ainsi, selon l'Organisation mondiale de la Santé, le Paludisme est à la fois une maladie de la pauvreté et une cause de pauvreté.

Même si le Paludisme infecte principalement des personnes en Afrique, en Asie du Sud-Est et en Amérique du Sud, en cette ère de mondialisation, il affecte presque toutes les sous-populations du monde, que ce soit physiquement, mentalement ou financièrement. Des millions de personnes en provenance des pays développés visitent des régions infestées par le Paludisme chaque année, et y sont donc exposées. Avec le changement climatique mondial, le nombre de régions dans lesquelles la maladie pourrait proliférer augmente, car un simple demi-degré Celsius d'augmentation de la température peut produire une augmentation de 30 à 100% de l'abondance des moustiques, qui est le vecteur  principal de transmission du Paludisme à l'Homme.


Le Paludisme est une maladie dont on peut guérir - pas seulement "traité". Bien qu'il existe de nombreux médicaments approuvés étant capables de guérir les infections paludéennes, des souches mutantes multi-résistantes aux médicaments se développent, des «super-bactéries»,  qui ne sont pas éliminées par les médicaments actuellement disponibles. Être «résistant» à un médicament signifie que la protéine cible, dont l'activité est bloquée par le médicament, a muté (changé), ce qui entraine une perte d'efficacité dans le traitement de l'infection. Mais dans le même temps, cette mutation n'empêche pas la survie ni la reproduction de la super-bactérie. Le rapport de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) datant de 2001 "Drug Resistance in Malaria"  indique que le parasite Plasmodium falciparum a déjà développé une résistance à presque tous les médicaments contre le Paludisme. Depuis 2004, la résistance aux médicaments a entrainé l'inutilité de tous les médicaments contre le Paludisme a, sauf pour les dérivés de l'artémisinine. Par conséquent, les dérivés de l'artémisinine sont devenus une composante essentielle des thérapies combinées recommandées. Malheureusement, des parasites du Paludisme résistants à l'artémisinine et à ses dérivés ont récemment commencé à apparaître à la frontière entre la Thaïlande et le Cambodge. Parce que les nouvelles super-bactéries mutantes ne cessent d'évoluer et de se répandre dans le monde, découvrir et développer de nouveaux types de médicaments qui peuvent éliminer ces souches mutantes multi-résistantes est une nécessité de santé globale.

Le projet GO Fight Against Malaria utilisera AutoDock 4.2 et le nouveau logiciel informatique AutoDock Vina pour évaluer dans quelle mesure chaque composé candidat (molécule) sera capable ou non de se fixer à une cible du Paludisme (habituellement une molécule protéique.) Des millions de composés seront testés avec  14  cibles spécifiques différentes aux médicaments contre le Paludisme dans le but de découvrir de nouveaux composés qui pourront bloquer (inhiber) l'activité de ces super-bactéries mutantes multi-résistantes. Ces candidats seront testés par des modèles d'association utilisant des représentations 3D  à l'échelle atomique des différentes protéines cibles des médicaments du parasite du Paludisme, afin de prédire (a) à quel point ces composés seraient en mesure de se fixer, (b) l'endroit préférentiel où les composés préfèrent se fixer à la cible moléculaire, et (c) quelles sont les interactions spécifiques entre le candidat et la cible du médicament. En d'autres termes, ces calculs seront utilisés pour prédire l'affinité / le potentiel du composé, l'emplacement où il se fixe à la molécule protéique, et la manière dont il pourra potentiellement désactiver la cible. Les composés qui peuvent se fixer étroitement aux bonnes régions des protéines spécifiques du parasite du Paludisme ont le potentiel de "bousiller" l'usine interne du parasite et, par conséquent, de contribuer à faire avancer la découverte de nouveaux types de médicaments pour guérir le Paludisme. Étant donné que ces prédictions ne sont pas tout à fait exactes, les composés candidats les mieux classés découverts, dans ces expériences virtuelles, seront ensuite testés dans des « essais biologiques »  effectués par des collaborateurs de recherche dans des éprouvettes et des boîtes de Pétri.

Une fois que les collaborateurs auront démontré que certains de ces composés candidats sont en mesure de contribuer à éliminer le parasite du Paludisme, alors Le Scripps Research Institute et d'autres chercheurs à travers le monde pourront essayer d'optimiser ces composés prometteurs afin d'augmenter leur puissance contre la cible, tout en diminuant leur capacité de se fixer à des protéines humaines (en sachant que la liaison à certaines protéines de l'homme provoque des effets secondaires toxiques). Une fois que l'on sait que le composé est un nouvel inhibiteur de l'une des cibles des médicaments, « les chimistes médicinaux » pourront alors modifier ces composés afin d'accélérer le développement de nouveaux médicaments contre le Paludisme.

Ce projet fera appel à deux types différents de programme d'association dans la  recherche de nouveaux composés qui peuvent se fixer et bloquer l'activité des protéines cibles des médicaments du parasite du Paludisme. Ces deux programmes ont été créés et développés par le laboratoire Olson de The Scripps Research Institute. La première phase du projet sera d'évaluer la pertinence de millions de composés à l'aide du nouveau logiciel AutoDock Vina. La deuxième phase du projet sera de réévaluer la pertinence de ces mêmes composés en utilisant le programme AutoDock4.2. Ces deux types de programmes d'association utilisent des algorithmes différents lors de la recherche de l'endroit où un composé se fixe, ainsi qu'ils prédisent différemment la manière détaillée qu'utilise le composé pour se fixer à cet endroit de la protéine cible, et, ils utilisent tous deux différentes « fonctions de notation »  pour évaluer la pertinence du mode de liaison qu'ils ont prédit. Comme aucun de ces outils de calcul n'est parfaitement exact, sélectionner des composés qui obtiennent de bons résultats avec différents types d'outils de calcul peut augmenter la probabilité de découvrir de nouvelles molécules prometteuses. Dans l'expérience du laboratoire Olson avec le projet FightAIDS@Home (voir Volume 10), l'évaluation des composés avec AutoDock et Vina a facilité la découverte de nouveaux inhibiteurs de la protéase du VIH (qui est une protéine notoirement difficile à cibler).


Aussi bien AutoDock Vina qu'AutoDock4.2 seront utilisés pour tester des millions de composés candidats avec 14 différentes "cibles pharmaceutiques validées" et "cibles potentielles de médicaments" du parasite du Paludisme. Fondamentalement, ces expériences vont tester toutes les protéines pertinentes du parasite du Paludisme qui ont une représentation structurelle 3D détaillée de disponible. GO Fight Against Malaria va tester des composés candidats avec les cibles protéiques suivantes : dihydrofolate reductase, enoyl-acyl-carrier-protein reductase (aussi connu sous le nom Fab I), purine phosphoribosyltransferase, purine nucleotide phosphorylase, M1 neutral aminopeptidase, falcipain (une cystéine-protéase), glutathione reductase, glutathione S-transferase, dihydroorotate dehydrogenase, orotidine 5'-phosphate decarboxylase, merozoite surface protein-1, profilin, 3-oxoacyl acyl-carrier-protein reductase (aussi connu sous le nom Fab G), et beta-hydroxyacyl-acyl-carrier-protein dehydrase (aussi connu sous le nom Fab A/Z).

Utiliser World Community Grid pour le projet GO Fight Against Malaria va grandement permettre d'accélérer ces expériences et  ces objectifs de recherche très ambitieux qui ne seraient pas réalisables sans lui. Tester des millions de composés avec  au moins 14 cibles différentes du Paludisme en utilisant deux programmes différents prendrait beaucoup plus de ressources et de temps que les chercheurs ont à y consacrer.  Ce qui peut être accompli avec une année de calcul sur World Community Grid pourrait prendre au moins cent ans afin d'être complété en utilisant les ressources normalement disponibles pour les chercheurs de The Scripps Research Institute. Sans les énormes ressources fournies par World Community Grid, les objectifs du projet devraient être considérablement réduits à seulement quelques milliers de tests de composés avec quelques-unes des cibles du Paludisme et en n'utilisant qu'un des programmes. World Community Grid pourra étendre cette recherche sur le Paludisme d'au moins trois ordres de grandeur, accélérant considérablement la vitesse à laquelle ces résultats pourront être obtenus.

Tous les résultats de Go Fight Against Malaria seront du domaine publique sous la forme des simulations virtuelles qui seront générées avec World Community Grid et seront disponible gratuitement à toute la communauté des chercheurs.  En conséquence, beaucoup d'autres laboratoires à travers le monde seront en mesure d'utiliser ces résultats afin de les aider à découvrir de nouveaux composés, qu'ils pourront ainsi, avec l'aide de The Scripps Research Institute, développer en de nouvelles classes de médicaments et traiter cette grave, mais pourtant négligée maladie qu'est le Paludisme.

[Spica]

cedric, ca me parait super mais tu peux pas aussi faire un petit resume de ta super-trad ? histoire qu'on est envie d'en retenir quelque chose de maniere rapide sans se taper 1 page...  et bravo

[ousermaatre]

  clp et cedricdd,

@clp, le texte traduit par cedricdd est destiné à la page WCG officielle. Donc un résumé du texte serait dommage.

@cedricdd, super travail, j'essaye de relire et nettoyer les quelques fautes avant ce soir.

[cedricdd]

cedric, ca me parait super mais tu peux pas aussi faire un petit resume de ta super-trad ? histoire qu'on est envie d'en retenir quelque chose de maniere rapide sans se taper 1 page...  et bravo

Le résumé était déjà traduit, il est là http://forum.boinc-af.org/index.php/topic,4700.0.html

[Spica]

merci et desole   

[ousermaatre]

  

[ousermaatre]

  cedricdd,

pas ou peu de fautes d'orthographes, la classe.

quelques erreurs d'accords, 4-5.

2-3 phases réecrites afin de mieux les comprendre.

J'ai terminé la vérif, tu peux envoyer le texte.

Merci pour tout ce travail. 

[cedricdd]

Merci ousermaatre

pas ou peu de fautes d'orthographes, la classe.

Les correcteurs automatiques font des progrès 

[ousermaatre]

oui, ils ont juste des problèmes de répétition et de conjugaisons