Sujet: SimOne@home

[Zarck]

Nouveau projet bio d'Italie

soutenu par BOINC ITALY ---> http://www.boincitaly.org/

L'objectif de ce projet est le développement d'une méthode de calcul permettant de déterminer si une molécule a un effet osmoprotecteur ou dénaturant, basée sur des données obtenues sur l'énergie libre dans le processus de dépliage de certains modèles polypeptides.

applications LINUX et Windows (en beta test)

Site fermé

url du projet : http://mmgboinc.unimi.it/

votre compte : http://mmgboinc.unimi.it/login_form.php?next_url=%2Fhome.php

AF : http://mmgboinc.unimi.it/team_display.php?teamid=7

statut du serveur : http://mmgboinc.unimi.it/server_status.php

Novembre 2012 :


Pascal94 pour la traduction

"Salut!

Tout d'abord, excusez-moi pour le manque de nouvelles.

Alors, quel est l'état du projet? Actuellement, dans nos laboratoires, il ya certains projets à venir qui ont besoin d'une étude préliminaire afin de comprendre comment et si ils fonctionnent et s'il est possible d'utiliser la puissance conférée par ce serveur boinc pour les exécuter rapidement. Il nous faut donc un certain temps et je ne peux pas vous garantir que vous aurez bientôt un peu de travail.

À propos des calculs osmoprotection que vous avez effectués, nous avons trouvé des résultats intéressants, et nous réalisons actuellement une seconde analyse des données. J'espère que je vous donnerais de bonnes nouvelles bientôt.

Merci beaucoup pour votre aide et votre intérêt."

[Maurice Goulois]

Traduction rapide de la description du projet Osmoprotecteurs:

Dans la nature, une variété de méthodes ont été développées pour permettre à de nombreux organismes de survivre dans des conditions extrêmes telles que, par exemple, des températures élevées, une forte pression ou la concentration élevée en sel. Une de ces méthodes est l'utilisation d’osmolytes, des petites molécules présentes même dans des concentrations très élevées dans le fluide cellulaire. Parmi ces cosolvants dans la nature, ils y a deux catégories: osmoprotecteur qui stabilise la structure native de la protéine et dénaturant qui, au contraire, déstabilise la structure.

Le mécanisme d'action de ces molécules reste assez controversé. En fait, des effets directs ont été observés dans lesquels le cosolvant agit directement en se liant à des sites spécifiques de la protéine, mais on a observé aussi des effets indirects dans lesquels le cosolvant agit sur le solvant en changeant  sa structure et ses propriétés, ce qui affecte à son tour la protéine en la stabilisant ou pas.

L'utilisation des osmoprotecteurs et de la dénaturation dans l'étude de la stabilité des protéines, à la fois expérimentalement et in silico, est très commun. En particulier, les dénaturants, comme l'urée, sont largement utilisés pour étudier la stabilité des protéines, l'effet des mutations sur la stabilité et les processus de dénaturation. Les études liées aux osmoprotecteurs sont axées sur la recherche de molécules qui se comportent comme osmoprotecteurs et qui ont des effets sur ces protéines. Particulièrement étudié, on retrouve le composé glycine bétaïne dans plusieurs espèces de bactéries capables de survivre dans des conditions extrêmes, qui sont largement utilisés dans les simulations pour l'étude des osmoprotecteurs. D'autres molécules connues comme osmoprotecteurs : quelques polyalcools tels que le tréhalose, certains acides aminés tels que la proline et les bétaïnes dont la glycine bétaïne précitée.

L'objectif de ce projet est le développement d'une méthode de calcul permettant de déterminer si une molécule a un effet osmoprotecteur ou dénaturant, basée sur des données obtenues sur l'énergie libre dans le processus de dépliage de certains modèles polypeptides.

Les résultats attendus de cette phase devraient être les suivants:
étant donnée une certaine quantité de variation d'énergie libre pour le dépliage du polypeptide dans l'eau seule, nous nous attendons à une valeur de la variation d'énergie libre plus grande dans les cas où le peptide a été testé en présence de l’osmoprotecteur et moins en présence du dénaturant. L’osmoprotecteur devrait en fait augmenter la stabilité, et ainsi diminuer l'énergie libre, de l'état plié ce qui correspondrait à cette augmentation de la variation d'énergie libre entre l'état plié et déplié, tandis qu'un dénaturant devrait diminuer la stabilité de l'état plié et donc diminuer la variation de l’énergie libre.

Il y a deux polypeptides étudiés : une épingle bêta et la protéine 1L2Y. Le bêta-épingle a été choisie comme dans l'exemple du bêta-feuille de la structure secondaire (longueur: 16 acides aminés). La protéine 1L2Y au contraire a été choisie comme exemple d'hélice alpha. Caractéristiques spéciales de cette protéine, appelée aussi «TPR-cage», est le fait que, bien que très petite (seulement 20 acides aminés), elle possède une structure tertiaire définie.

Quatre cosolvants sont utilisés : glycine bétaïne (GBE) et ectoine (ECT) comme osmoprotecteurs, urée (URE) et chlorure de guanidinium (GUA) comme dénaturants. Les quatre composés sont assez standards, largement utilisés pour des études dans ce domaine, tant informatiques qu’expérimentales.

Les techniques de calcul qui sont utilisées pour calculer l'énergie libre du dépliage sont, pour l'instant, l'échantillonnage et l'équation égide de Jarzynski.


La plupart des termes sont trouvables sur wikipedia

[samuel debergh]

en voiture simone

[ousermaatre]

merci Maugou pour la bonne et complète traduction du projet. 

mise à jour du premier post, avec toutes les infos.

merci à Zarck pour l'information sur l'existence de ce projet

[modesti]

Vu le sujet d'étude, ce projet aurait sûrement sa place dans la rubrique "Biologie", non ?

[ousermaatre]

tout à fait, d'ailleurs, le titre du premier post ne laisse aucun doute, mais je le laisse ici encore aujourd'hui, qu'il soit bien visible et demain, je le place en

section bio.   

[[AF>Libristes] cottesloe]

... et un candidat pour le prochain Charity Race.... 

applications LINUX ( seulement ) pour le moment

 

@ la MT Libristes
On va être obligés d'y aller!
Un projet bio Européen, ça ne se refuse pas... 

[[AF>Libristes] Dudumomo]

Je le rajoute aux stats BZH. 

[Maurice Goulois]

C'est la phase préchauffage, 18 ut déjà distribuées

[fzs600]

J'en ai choper 14,et sur le celeron 4H de calcul et 10% d'avancement.

[toTOW]

Bonne nouvelle, ils ont une appli SMP ! Mauvaise nouvelle, il n'y a des applis que pour Linux ...

[ousermaatre]

Il faut lire le premier post, toutes les infos sont déjà notées..... 

[fzs600]

il n'y a des applis que pour Linux ...

Et pour Gnu-linux il y a aussi des applis disponible ? 

Ouser   

[Antares]

attaché, pas de travail...

[[AF>Libristes] Dudumomo]

Et le projet de l'AF il est ou.....

[modesti]

T'es mauvaise langue Dudu ! Et WUprop c'est quoi ?

[[AF>Libristes] Dudumomo]

T'es mauvaise langue Dudu ! Et WUprop c'est quoi ?

Un super projet, tres utile pour nous, volontaire.
Mais apres...en projet scientifique...on a pas grand chose du cote francophone ! 

BOINC Italy ont mis en place ce projet pour faire des tests et pour pouvoir proposer leurs services aux universites, labo, etc... italiens ayant besoin d'une telle puissance.
C'est tout a leur honneur !

Snif....protein 

[gregoryd01]

Et evo@home ???? Mis en place par Steiner, mais malheureusement pas très suivi par les scientifiques ...

[[AF>Libristes] nico8313]

Y a aussi dans WCG
Help Cure Muscular Dystrophy - Phase 2

Mais c'est vrai que nous n'avons que très peu de projet 

[fzs600]

Une UT terminer sur I7

   27 Jan 2012 | 12:28:19 UTC    28 Jan 2012 | 19:04:23 UTC    Terminé et validé    11,881.02    112,586.50    620.84    Umbrella Sampling v1.02 (mt)

[Infomat]

Projet rattaché à boinc sur VM linux
En attente de wu...

[[AF>Libristes] cottesloe]

Pareil... 

Code: [Sélectionner]

dim. 29 janv. 2012 11:56:00 CET | SimOne@home | Requesting new tasks for CPU
dim. 29 janv. 2012 11:56:02 CET | SimOne@home | Scheduler request completed: got 0 new tasks
dim. 29 janv. 2012 11:56:02 CET | SimOne@home | Project has no tasks available

Wait and see... 

[[AF>Libristes] cottesloe]

Salut a tutti.

Il est marrant ce projet, il fait calculer tous mes CPUs en même temps sur la même UT.
Voir pièce jointe.

1ère fois que je vois ça.

[[AF>Libristes] nico8313]

Coucou Co 


Oui c'est une application multithread (mt)
Tu en a aussi sur Milkyway et d'autres projets je sais plus lesquels. A l'époque y avait aussi Aqua@home 

[Maurice Goulois]

Oui c'est une application multithread (mt)
Tu en a aussi sur Milkyway et d'autres projets je sais plus lesquels. A l'époque y avait aussi Aqua@home 

renderfarm.fi et burp notamment