Auteur Sujet: projet Cas@home  (Lu 2491 fois)

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Jaehaerys Targaryen

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projet Cas@home
« le: 27 novembre 2011 à 23:19 »
Merci de votre aides...

    Introduction
 
Understanding  proteins' structures and interactions is needed for understanding their  mechanisms and hence essential for a complete understanding of life processes  at the molecular level. Currently, over seven million protein cases achieve the  accuracy of medium-resolution NMR or sequences are deposited in the  UniProtKB/TrEMBL database but only 50000 of them have experiment-tally solved  structures. The high demand of the community for protein structures has placed  computer-based protein structure prediction, the only means to alleviate the  problem, at an unprecedentedly crucial position.
 
However,  protein structure prediction needs tremendous computing-time. For instance,  threading, the leading methods for protein structure prediction, is exceedingly  time-consuming because the query sequence should be aligned to all template in  the database. Volunteer computing is absolutely a great chance for protein  structure prediction.
 
This  application (SCThread) has implemented an effective threading method based on  short-cut phenomenon. Short-cut is frequently observed when two structurally  similar proteins are aligned to each other. For these pairs, existing threading  methods always fail to identify their structural similarity consequently cannot  obtain the optimal alignment. Our method designs a new scoring function which  takes short-cut into consideration. Meanwhile, dynamic programming algorithm  still can be employed to derive the optimal solution of the scoring function.  Comparing with other threading methods, our method can greatly improve the  alignment accuracy on short-cut pairs and also performs well on non-short-cut  examples.
 
A next  generation of SCThread called ThreeThread is also under development now, and it  is expected to be put online before December 1st 2011.
Progress Thanks all of you! We have obtained very good results on proteins released recently!

   Results on 5 Proteins released in CASP9 (2010.12.10)     
       
TemplateProteinTemplate LengthProtein LengthTotal ScoreTMscoreGDT-TS
2nv9aT0515371365-8187.30.72100.4863
1uddaT0516215229-7608.840.83060.6943
1ab8aT0520177189-4071.720.58000.4894
1y23aT0522139134-2502.790.57200.5149
1wa9aT0523317120-2092.760.59310.5521
     
     
     Thanks to the contribution of all volunteers who support CAS@home,   SCThread team has published a paper on BMC Structural Biology in 2011   based on the computing results.( Research Incorporating Ab Initio energy   into threading approaches for protein structure prediction : Mingfu   Shao, Sheng Wang, Chao Wang, Xiongying Yuan, Shuai Cheng Li, Weimou   Zheng, Dongbo Bu BMC Bioinformatics 2011, 12(Suppl 1):S54).
Superimpose of the native structure of T0515 and our model



« Modifié: 27 novembre 2011 à 23:22 par Polynésia »


Twitter : devweborne // Chaine Youtube : https://www.youtube.com/channel/UCXcoCd-1UlHpYIYzNER0n1Q

ousermaatre

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Re : projet Cas@home
« Réponse #1 le: 29 avril 2012 à 18:41 »
http://casathome.ihep.ac.cn/about_us.php


certainement, des données pour un article sur le portail....

Jaehaerys Targaryen

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Re : projet Cas@home
« Réponse #2 le: 29 avril 2012 à 23:43 »
Après une traduction, peut être...


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Re : projet Cas@home
« Réponse #3 le: 30 avril 2012 à 00:40 »
bein, on est dans quelle section ici ?  :??:

Jaehaerys Targaryen

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Re : projet Cas@home
« Réponse #4 le: 30 avril 2012 à 01:16 »
Oups, j'avais même pas vus...


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modesti

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Re : projet Cas@home
« Réponse #5 le: 03 mai 2012 à 18:29 »
http://casathome.ihep.ac.cn/about_us.php


certainement, des données pour un article sur le portail....

Et une fois la trad faite, on pourrait aussi leur proposer, parce qu'il y a plein de langues au choix, mais à part le menu, rien ne change :ange:

Mais comme déjà dit pour Edges, j'ai d'abord des trads pour SG sur le feu :desole:

Viendez chez nous, cause qu'on est les meilleur(e)s :D


In memoriam Jip

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Re : projet Cas@home
« Réponse #6 le: 03 mai 2012 à 18:43 »
 :rhaa: :rhaa: :rhaa: va travailler Modesti, t'es encore devant ton écran, entrain de lire les bêtises du forum AF !!!!  :cavachier: :cavachier:  :D :D

modesti

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Re : projet Cas@home
« Réponse #7 le: 03 mai 2012 à 21:12 »
patapay, pharaon :desole: c'était ma journée "off" aujourd'hui, parce que j'ai bossé le 30 avril :desole: (et là, je vais bosser pour livrer une trad demain, payante celle-là :D)

Viendez chez nous, cause qu'on est les meilleur(e)s :D


In memoriam Jip

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Re : projet Cas@home
« Réponse #8 le: 03 mai 2012 à 21:49 »
 :smak:

Spica

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Re : Re : projet Cas@home
« Réponse #9 le: 04 mai 2012 à 14:54 »
http://casathome.ihep.ac.cn/about_us.php


certainement, des données pour un article sur le portail....
voila la trad.... il faudra peut-être faire un résumé????
En gros c'est une plateforme qui propose plein d'applications pour les chercheurs chinois. C'est l'Institut de Physique des Hautes Energies de Pékin qui chapote le tout et qui a de gros moyens de stockage et un centre de calcul très compétent dans le domaine. L'utilisation est pour la physique des hautes énergies mais aussi des projets en biologie par exemple.


A propos de CAS@Home

CAS@home est hébergé par le centre de calcul de l’Institut de Physique des Hautes Energies ( Institute of High Energy Physics -IHEP) de l’académie des Sciences de Chine. CAS@home est une plateforme de calcul volontaire destinée aux scientifiques chinois, basée sur le logiciel de calcul volontaire BOINC. CAS@home centralise les contributions volontaires pour fournir gratuitement des ressources de calcul à des scientifiques de l’Académie des Sciences de Chine et d’autres institutions chinoises de recherche afin de les aider à réaliser des tâches de calcul importantes. Par conséquent, CAS@home  propose plusieurs applications. La première application lancée sur CAS@home a été développée par des scientifiques de l’Institut de Technologie Informatique (Institute of Computing Technology-ICT), de l’Académie des Sciences de Chine. C'était une application dédiée à la prédiction de structure de protéine (logiciel appelé SCThread). De plus, le centre pour la micro et la nanomécanique de l’Université de Tsinghua (University's Centre for Micro and Nano Mechanics-CNMM), un centre de recherche interdisciplinaire sur l’innovation, a préparé une application pour simuler l’écoulement de fluides où le mouvement de solides à l’échelle nanométrique. L’Institut de Génomique de Pékin (Beijing Institute of Genomics-BIG), de l’Académie des Sciences de Chine, prépare une application pour le séquençage des gènes en vue d’applications dans la recherche sur le cancer. Enfin, les physiciens de l’Institut de Physique des Hautes Energies ( Institute of High Energy Physics -IHEP) préparent une application pour simuler les collisions de particules au Colisionneur Electron-positron de Pékin ( Beijing Electron Positron Collider), basée sur le logiciel appelé BOSS.

Au sujet de la maintenance de CAS@home et de l’équipe de développement

CAS@home  a été développé par l’Institut de Physique des Hautes Energies ( Institute of High Energy Physics -IHEP) de l’Académie des Sciences de Chine. L’équipe de l’IHEP  est responsible de la maintenance et du développement, le personnel est dirigé actuellement par Wu Wenjing, sans oublier Wu Jie et Kan Wenxiao, sous la direction de Chen Gang, et avec l’aide de David Anderson (Space Science Laboratory, U.C. Berkeley), Francois Grey (Tsinghua University and Citizen Cyberscience Centre, CERN) et Lei Yang (Tsinghua University). L’équipe CAS@home  se consacre au déploiement et à la maintenance du logiciel BOINC, au développement et à la maintenance de la plateforme CAS@home pour des applications scientifiques chinoises, aux opérations de coordination et au développement de la plateforme de collecte des données. Nous souhaitons la bienvenue, du fond de notre cœur, aux volontaires pour aider notre équipe de maintenance et de développement et nous aider à construire une meilleure plateforme scientifique de calcul volontaire. Si vous avez des souhaits, merci de nous contacter.

A propos de l’Institut de Physique des Hautes Energies (IHEP)

L’Institut de Physique des Hautes Energies ( Institute of High Energy Physics -IHEP) de l’Académie des Sciences de Chine est spécialisé dans la recherche fondamentale en physique des particules. Elle est située à Yuquan Road, Shijingshan District, Pékin. Les équipements principaux de l’IHEP sont le Beijing Electron Positron Collider (BEPCII) et le Beijing Spectrometer (BES). La recherche à l’IHEP concerne la physique expérimentale, la physique théorique, l’astrophysique, les accélérateurs de particules synchrotron et le calcul complexe. Le Beijing Electron Positron Collider de l’IHEP est dans un espace souterrain qui ressemble à un immense court de badminton. Il inclut un anneau de stockage de 240 mètres de circonférence et un accélérateur linéaire à onde progressive de 202 mètres de long. Le Beijing Spectrometer est situé au bout de l’accélérateur. Il peut intercepter les particules produites par les collisions entre électrons et positrons dans l’anneau de stockage, et fournit une multitude d’informations sur de nouvelles particules fondamentales. Les physiciens extraient l’information à partir de calculs complexes, que ce soit la reconstruction physique et l’analyse physique des données que la simulation des collisions. Les physiciens utilisent les résultats pour explorer les entités de base composantes de la matière.
Les projets de recherche en physique des hautes énergies nécessitent de larges coopérations internationales, par conséquent, l’Institut de Physique des Hautes Énergies, et les pays mondiaux principaux ont établi des relations étroites de collaboration sur le sujet. Les institutions de recherche collaboratrices sont l’ European Organization for Nuclear Research (CERN), le Japan Institute of High Energy Physics (KEK), Fermilab près de Chicago, le Stanford Linear Accelerator Center (SLAC) en Californie, le centre de recherche français en physique des particules (IN2P3), l’Institut National Italien pour la physique nucléaire (INFN).

Le centre de calcul de l’IHEP

La physique des hautes énergies produit des quantités de données énormes et s’appuie sur une coopération internationale de calcul intensif. Ces aspects encouragent fortement le développement de technologies informatiques et réseaux. Dans le but de satisfaire les besoins en calcul et de stockage de la physique des hautes énergies, le centre de calcul de l’IHEP se situe, depuis de nombreuses années, à la frontière entre le calcul de haute performance, les systèmes de stockage de masse, les réseaux à haut débit et la recherche sur la sécurité des réseaux et l’application. En réalité, l’IHEP est un réel pionnier, car il a été la première institution en Chine avec un lien Internet, le premier à utiliser les emails, et le premier à créer son propre site web. En ce qui concerne le calcul intensif, le centre de calcul se consacre à utiliser toutes les possibilités offertes par les technologies avancées en calcul distribué ainsi que les plateformes de services de calcul pour la physique des hautes énergies : un environnement de calcul avec un ‘cluster’ de 5000 CPU de hautes performances, qui contribue à l’initiative internationale, LCG, de calcul sur grille en physique des hautes énergies, une plateforme de calcul de données intensive à haut débit. Le centre de calcul encourage également la tendance populaire au calcul volontaire avec des applications en physique des hautes énergies via CAS@home. Le stockage de masse au centre de calcul s’appuie sur une capacité de stockage de 5PB (PB = Petabyte = 1 million Gigaoctets) via le système de stockage massif hiérarchique CASTOR, le système Lustre avec un système de fichiers parallèles distribués avec une capacité de stockage de  1.5PB, un système de stockage massif DPM avec 300TB (TB = Terabyte = 1000 Gigaoctets) de capacité de stockage, des systèmes de stockage massifs dCache avec 300TB de capacité de stockage, qui s’ajoutent aux nombreux téraoctets du système de fichiers distribués NFS et AFS. Actuellement, l’équipe de recherche du centre de calcul explore également activement la technologie de stockage en nuages, destinée à proposer un stockage plus pratique pour les physiciens des hautes énergies.
« Modifié: 10 mai 2012 à 23:04 par cedricdd »
22717 SETI@home classic workunits; Redécouverte pulsar J1916+12 (le 07Nov2009) Einstein@Home.

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Re : projet Cas@home
« Réponse #10 le: 04 mai 2012 à 18:20 »
 :jap: merci clp  :kookoo:

cedricdd

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Re : projet Cas@home
« Réponse #11 le: 10 mai 2012 à 23:06 »
J'ai fait quelques changements, par contre je ne garantis pas qu'il ne reste pas de fautes  :siflotte:
« Modifié: 10 mai 2012 à 23:12 par cedricdd »
Kill all my demons, and my angels might die too.