Le Forum de l'Alliance Francophone

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Auteur Sujet: NRG (Najmanovich Research Group) [Projet actif]  (Lu 74011 fois)

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Hors ligne Jaehaerys Targaryen

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http://www.boincedls.org/forum/viewtopic.php?id=545

Bonjour,

Je m'appelle Francis Gaudreault, étudiant au doctorat au laboratoire du Dr. Najmanovich à l'Université de Sherbrooke, et je suis en charge de la plate-forme BOINC du groupe NRG (Najmanovich   Research Group).

J'aimerais vous aviser que le serveur est maintenant pleinement fonctionnel et qu'il est accessible à la nouvelle adresse suivante:
http://boinc.med.usherbrooke.ca/nrg

L'etat du serveur est enfin disponible
http://boinc.med.usherbrooke.ca/nrg/server_status


Les  tâches computationnelles peuvent être exécutées sous les plate-formes suivantes: Windows 32/64-bit, Linux 32/64 bit et MacOSX (10.4+). Les machines Mac ayant un processeur PowerPC ne sont pas supportées.

Pour plus d'infos sur le projet vous pouvez visiter le site web du projet à l'adresse suivante:
http://bcb.med.usherbrooke.ca/boinc.php

Merci à tous les participants au projet.

Sincèrement.

Francis Gaudreault.

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Une description plus approfondie des projets auxquels nous sommes intéressés est disponible à l'adresse suivante:
http://bcb.med.usherbrooke.ca/boinc.php?xlang=fr

Considérant que nous sommes un laboratoire tout jeune (seulement un peu plus de 2 ans), nous n'avons aucune publication pour le moment sur les sujets mentionnés à la page ci-haut.

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Nous sommes à la recherche de volontaires supplémentaires afin d’accélérer la recherche sur de nombreux projets ayant un impact direct sur la santé. En effet, les projets divers ont pour but la caractérisation de nouveaux inhibiteurs ciblant: 

La protéase Matriptase impliquée dans la progression du cancer de la peau 
La protéase Matriptase-2 jouant un rôle dans l’homéostatie du fer 
Les GPCRs impliqués dans le diabète 
Les kinases responsables du cancer du sein triple négatif 
La protéase à germination de Clostridium difficile

Thèmes de recherche

La majorité des processus biochimique et cellulaire impliquent des interactions entre protéines, acides nucléiques et petites molécules. Au plan moléculaire, ces interactions sont gouvernées par une balance délicate entre des effets entropiques et des forces moléculaires impliquant les groupements qui interagissent ensemble. Collectivement ces forces moléculaires et ces effets entropiques peuvent être rassemblés sous le terme de la reconnaissance moléculaire (Leckband and Israelachvili, 2001). Afin de décrire les interactions moléculaires spécifiques qui ont lieu à l’intérieur d’une cellule, nous devons tenir compte de la « promiscuité de liaison » découlant du fait que l’environnement cellulaire contient une myriade de molécules pouvant interférer avec les interactions spécifiques. À cet égard, nous avons étudié la relation entre la structure et la fonction de sites de liaisons de plusieurs familles de protéines. Dans cette étude, nous avons observé que des protéines non homologues qui ont évolué vers une spécificité pour un même ligand ont des sites de liaisons différents.
 
Nous croyons que cette divergence contribue à limiter la promiscuité de liaison et que l’étude de la promiscuité de liaison est essentielle à notre compréhension et à la prédiction de l’évolution de la fonction des protéines. De plus, la promiscuité de liaison joue un rôle critique en médecine. En effet, nous avons qu’à penser aux effets indésirables que peuvent causer des interactions non souhaitables entre les médicaments et des protéines autres que celles qui sont ciblées. Notre but est donc d’étudier les causes structurales, les mécanismes de contrôle et les conséquences de la promiscuité de liaison par l’intégration d’études structurales et de la biologie des systèmes. Nous serons alors en mesure de comprendre et de prédire la fonction des protéines et d’appliquer   cette connaissance au développement de méthodologie innovatrice pour détecter, empêcher et exploiter la promiscuité de liaison dans le « design » et le développement rationnels de nouveaux médicaments. Par exemple, dans l’etude des protéines de la famille des sulfotransférases humaines, impliquées dans la régulation des hormones et des neurotransmetteurs ainsi que dans le métabolisme des drogues et autres molécules xénobiotiques.
 
Nous sommes présentement à former notre groupe de recherche et à recruter des étudiantes et des étudiants de tous les niveaux pour   travailler sur une série de projets découlant des axes de recherche décrits plus haut. Les connaissances en bioinformatique ou en programmation ne sont pas nécessaires : elles pourront être acquises par le biais du projet. Les étudiantes et étudiants auront en outre l’occasion d’apprendre d’autres méthodes et techniques, dont l’utilisation des ressources de la de la chimio-informatique et de la bioinformatique pour obtenir des données moléculaires (dont les données sur la séquence, la structure et la composition chimique) et les outils quantitatifs à utiliser pour en faire l’analyse et l’interprétation d’un   point de vue biologique. Notre groupe dispose d’un laboratoire d’analyse computationnel tout neuf situé dans l’Institut de pharmacologie du Campus de la santé.

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24/05/2014 :


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Nouveaux lots
Vous nous aidez actuellement à distinguer entre les molécules qui peuvent lier une cible(un objectif) particulières aux molécules qui ne le peuvent pas. Ce type d'expérience est appelée le dépistage (la sélection) virtuel(le) et est une des demandes (applications) principales d'amarrage (de mise en dock) moléculaire. Il est d'intérêts particuliers pour les laboratoires pharmaceutiques car il peut vraiment accélérer le processus de découverte de médicament pour identifier rapidement des classeurs (liants) potentiels.


Les ID de lot utilisés pour représenter les différents objectifs:

856 - Protéine Heat-choc 90
1549 - la croissance des fibroblastes kinase du récepteur du facteur
11723 - antagonistes de récepteur d'œstrogène (ER)
11912 - P38 mitogen activated protein kinase
12978 - récepteur du facteur de croissance épidermique (EGFR)
16308 - récepteur aux androgènes (AR)
16890 - récepteur des glucocorticoïdes (GR)
17749 - agonistes de récepteur œstrogène (ER)
26580 - platlet récepteur du facteur de croissance dérivé kinase
31492 - kinase cycline-dépendante 2 (CDK2)
32589 - récepteur minéralocorticoïde (MR)
« Modifié: 30 November 2015 à 16:00 par ousermaatre »



Twitter : devweborne // Chaine Youtube : https://www.youtube.com/channel/UCXcoCd-1UlHpYIYzNER0n1Q


jip

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Réponse #1 le: 11 November 2011 à 12:26
on dirait bien que ça devrait plaire à la MT Québec ça : http://bcb.med.usherbrooke.ca/pages.php?name=about :siflotte:



Hors ligne Jaehaerys Targaryen

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Réponse #2 le: 11 November 2011 à 12:33
J'ai laisser un message sur leur site pour qu'ils viennent sur le forum...

http://bcb.med.usherbrooke.ca/contact.php



Twitter : devweborne // Chaine Youtube : https://www.youtube.com/channel/UCXcoCd-1UlHpYIYzNER0n1Q


Hors ligne samuel debergh

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Réponse #3 le: 11 November 2011 à 13:06
comment rejoindre le projet , j'ai créé un compte sur leur site mais pour boinc... c'est bon j'ai trouvé il faut mettre http://boinc.med.usherbrooke.ca/nrg



Hors ligne Prof

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Réponse #4 le: 11 November 2011 à 13:09
Ben tu fais un copier/coller de l'adresse du site (celle-ci : http://boinc.med.usherbrooke.ca/nrg/) dans la case en dessous de la liste des projets pré-enregistrés et la suite c'est comme d'hab!!!
Email et pass!!!

Pour l'équipe: 1 MacPro octo X5570 2.93GHz 24Go de RAM, AMD RX 570 Nitro+ + 1 MacPro dodéca X5650 2.66GHz 32Go de RAM, AMD RX 580X + 1 MacPro dodéca X5690 3,46GHz 96Go de RAM, AMD RX 480X Nitro.
Un petit proverbe qui va bien avec l'air du temps:Quand le dernier arbre sera abattu, La dernière rivière empoisonnée, Le dernier poisson pêché, Alors vous découvrirez que l'argent ne se mange pas. A méditer...;-)


Hors ligne samuel debergh

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Réponse #5 le: 11 November 2011 à 13:19
oui j'ai reussi , j'ai deja 12 points dessus^^



Hors ligne luger11

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Réponse #6 le: 11 November 2011 à 13:49
par contre la deadline est un peu courte :/



Hors ligne Maurice Goulois

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Réponse #7 le: 11 November 2011 à 14:01
Leur site est bien torché  :)



Hors ligne Prof

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Réponse #8 le: 11 November 2011 à 14:58
Faudrait peut-être leur signaler pour la dead line car du coup elles passent toutes en priorité haute!!!

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Hors ligne mcroger

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Réponse #9 le: 11 November 2011 à 19:11
Je m'inscris aussi, merci Poly :jap:



Hors ligne franc_gaudreault

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Réponse #10 le: 11 November 2011 à 20:46
Bonjour,

Je suis Francis Gaudreault,étudiant au doctorat du laboratoire du Dr. Najmanovich et gestionnaire de la plate-forme BOINC du labo.

Je tiens à vous aviser que nous avons rectifié le deadline, il est maintenant fixé à 6h. Le deadline demeure relativement bas considérant qu'une tâche prend au plus 30 minutes à s'exécuter. En moyenne, les simulations sont d'une durée de 10 minutes, ce qui est très court comme travail. J'aimerais avoir vos commentaires concernant le deadline de 6h. Est-ce considéré encore une fois comme trop court?

Si vous éprouvez des difficultés avec la plate-forme ou si vous avez des commentaires n'hésitez pas à contacter avec nous.

Merci beaucoup pour votre aide.

Francis.



Hors ligne kasur

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Réponse #11 le: 11 November 2011 à 20:55
Je ne crunch pas (encore) sur votre projet et n'est donc pas d'avis. Mais je salue votre communication  :jap:


et 194 SETI@home classic workunits (4 764 hours) :p


Hors ligne Prof

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Réponse #12 le: 11 November 2011 à 21:16
Le problème d'une "deadline" courte n'en est pas un en soit (je suis clair là??? :pt1cable:)
C'est un problème vis à vis des autres projets qui tournent en simultané et qui ont des "deadlines" beaucoup plus longues. Du coup, celle de NRG devant être rendues "rapidement" pour le Boinc Manager, elles sont d'office calculée en priorité haute au détriment des autres unités de calcul qui sont en attente!!
Ces dernières ne seront calculées que lorsqu' elles arriveront près de leur propre deadline!
Je n'ai pas encore testé avec la nouvelle deadline...

Edit 21h21: Je viens de télécharger des WUs et elle ne sont pas passées en priorité haute. A suivre...
« Modifié: 11 November 2011 à 21:22 par Prof »

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Hors ligne franc_gaudreault

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Réponse #13 le: 11 November 2011 à 21:48
Le problème d'une "deadline" courte n'en est pas un en soit (je suis clair là??? :pt1cable:)
C'est un problème vis à vis des autres projets qui tournent en simultané et qui ont des "deadlines" beaucoup plus longues. Du coup, celle de NRG devant être rendues "rapidement" pour le Boinc Manager, elles sont d'office calculée en priorité haute au détriment des autres unités de calcul qui sont en attente!!
Ces dernières ne seront calculées que lorsqu' elles arriveront près de leur propre deadline!
Je n'ai pas encore testé avec la nouvelle deadline...

Edit 21h21: Je viens de télécharger des WUs et elle ne sont pas passées en priorité haute. A suivre...

Merci pour les infos.



Hors ligne [AF>Libristes] Pascal

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Réponse #14 le: 11 November 2011 à 22:13
Réduisez votre cache et il n'y aura plus ce problème...


PC ; GNU/Linux ubuntu-mate 20.04 LTS (focal) - AMD FX8350 x8 - 32Go DDR3 - GTX 1060 et GTX 1080 Ti
Raspberry Pi : RaspBian (dérivé de Debian Wheezy) - ARMv6 - carte flash SD 8Go


Hors ligne [AF>Libristes] Dudumomo

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Réponse #15 le: 12 November 2011 à 04:51
Ah ba la, si l'admin passe sur notre forum !  :sun:

Bon, je sens que ca va etre un projet interessant !
Francophone, bon sujet et un tres bon debut de com.

Je vais le rajouter aux stats SETIBZH quand les exports seront disponible  :jap:

Pour la deadline,
Idem ici. Ca passe du coup en priorite haute et ne respecte pas NOS priorites.
6h est un peu court oui...
Mais vu que le projet debute pour nous, ce n'est pas encore tres important. (Mais ca va raler plus tard  :D)
« Modifié: 12 November 2011 à 05:14 par [AF>Libristes] Dudumomo »

News & Tutorial on how to host your server: http://freedif.org


Hors ligne kikiphil

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Réponse #16 le: 12 November 2011 à 09:49
l'AF 2eme en rac derrierre susa aller on continuuuuuuuuuuuu  :love:

Champion de France Bass Race 2008 et 2010
Champion D'europe Bass Race 2008


Hors ligne viny

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Réponse #17 le: 12 November 2011 à 09:53
Dans un premier temps, merci de passer pour recueillir nos impressions.

Je ne suis pas pour une deadline si courte car ce projet (même si il est bien) passe en calcul prioritaire par rapport à d'autres.
Et ce qui n'est pas gênant pour certains, l'est pour d'autres.
On aime quand même rester maître du temps alloués aux projets sur lesquels on calcule et de définir nous même les priorités de calcul.

Peut être avez vous besoin de résultats rapides pour commencer, mais alors il faut le signaler pour que comprenions pourquoi un délai si court, voir augmenter le nombre de crédits accoder au calcul pour attirer du monde.
En tout cas, chez certains (cf forum EDLS) il y a des WU annulées à cause de délais si court.

Sinon bonne chance pour ce projet.



Hors ligne mcroger

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Réponse #18 le: 12 November 2011 à 10:58
Ca me fait un peu penser à Superlink qui a la même particularité et là c'est dû au fait que le projet calcule "à la demande" pour des chercheurs qui soumettent leurs demandes généralement urgente.



Hors ligne Jaehaerys Targaryen

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Réponse #19 le: 12 November 2011 à 11:14
Question à franc : Ce qui serait pas mal aussi c'est de savoir combien il reste d'unités à calculées (server status) et sur quoi ont calculent !



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Hors ligne luger11

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Réponse #20 le: 12 November 2011 à 11:30
+1 pour le server status



Hors ligne [AF>Libristes] Pascal

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Réponse #21 le: 12 November 2011 à 13:40
oui, le statut des serveurs est bloqué.
http://boinc.med.usherbrooke.ca/nrg/server_status.php


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Réponse #22 le: 12 November 2011 à 23:36
Le projet est à sec!!! :cry:
On a tout pris!! Comme les Tuches!!!  :lol: :lol: :lol:

Pour l'équipe: 1 MacPro octo X5570 2.93GHz 24Go de RAM, AMD RX 570 Nitro+ + 1 MacPro dodéca X5650 2.66GHz 32Go de RAM, AMD RX 580X + 1 MacPro dodéca X5690 3,46GHz 96Go de RAM, AMD RX 480X Nitro.
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Réponse #23 le: 12 November 2011 à 23:53
Le projet est à sec!!! :cry:
On a tout pris!! Comme les Tuches!!!  :lol: :lol: :lol:

Je viens de le voir aussi :D , je me remets sur WCG, je viens de finir mes dernières Simap..



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Réponse #24 le: 13 November 2011 à 00:04
Je leur ai mis un petit mot (sympa) sur leur fofo!!

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