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L'organisation séquentielle des génomes, c'est à dire les relations entre les paires de bases éloignées et les régions au sein des séquences, et sa connexion à l'organisation tridimensionnelle des génomes est encore un problème largement non résolus. Longue distance en loi de puissance des corrélations ont été trouvées en utilisant une analyse de corrélation sur presque toute l'échelle observables de 132 chromosomes entièrement séquencé de 0,5? 106 à 3,0? 107 pb des Archaea, Bacteria, Arabidopsis thaliana, Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Drosophila melanogaster, et Homo sapiens. Les coefficients de corrélation locales montrent un comportement spécifique des espèces multi-échelle: près de corrélations aléatoires à l'échelle de quelques paires de bases, un premier maximum de 40 à 3400 pb (pour Arabidopsis thaliana et chez Drosophila melanogaster divisé en deux submaxima), et souvent une région d'une ou plusieurs secondes maxima de 105 à 3? 105 pb. Au sein de ce comportement d'échelle multi-, un montant supplémentaire de structure fine est présente et imputables à l'usage des codons dans tous, sauf les séquences humaines, où elle est liée à la liaison des nucléosomes. Séquences générées par ordinateur aléatoire en supposant un bloc d'organisation des génomes, l'usage des codons, et contraignant nucléosomiques expliquer ces résultats. Mutation par remaniement séquence détruit toutes les corrélations. Ainsi, la stabilité des corrélations semble être étroitement contrôlé et évolutif lié à l'organisation du génome spatiale, en particulier sur de grandes échelles. En résumé, les génomes montrent une organisation complexe séquentielle étroitement liée à leur organisation en trois dimensions.L'application a été développée aux Pays-Bas à l'Erasmus Medical Center de Rotterdam et distibuted jeté le Erasmus Grille BureauPour plus de détails, voir sur la page d'accueil du projet
Messages traduit par dudumomo :Ce serveur est géré par Erasmus Grid Office et est prévu d’être public, nous avons besoin de faire certains changements sur le serveur web pour tout régler correctement et ajouter quelques topics au forum, ce que nous allons faire plus tard dans la semaine.Ci-dessous, quelques premières informations sur nous :Erasmus Grid Office offre des services aux chercheurs dans le Centre Médical Erasmus qui ont besoin de ressources de calcul très performantes pour leurs projets.Il y a différentes infrastructures en grille dont nous avons accès qui inclut des grilles de Desktop et des grilles de clusters dédiés.Erasmus Computing Grid: Une collaboration entre le Centre Médical Erasmus et le lycée de Rotterdam qui se composent de grilles de Desktop basées sur Condor.D-Grid: L’initiative de grille Allemande fonde par the Ministère fédéral de l’Education et de la Recherche, une infrastructure en grille composée d’un grand nombre de clusters dédiés a haute performance où ils utilisent Globus, LCG/gLite et UNICORE comme middlewares.EDGeS (Enabling Desktop Grids for e-Science), un projet Européen qui a pour but de créer une infrastructure en grille composée de clients BOINC et XtremWeb.Fraunhofer Playstation Cluster : Une collaboration entre le Fraunhofer ITWM et le laboratoire de développement IBM a Böblingen qui se compose de milliers de cores de processeurs Cells.Tout cela est contrôlé par un backend qui s’occupe des taches liées aux grilles sur ces infrastructures de nos utilisateurs, qui de leur coté utilisent un frontend pour communiquer avec le backend. Correlizer est un de ces services où le backend pourra éventuellement planifier des taches aux serveurs BOINC et comme certains d’entre vous l’ont vu, AlmereGrid est l’un de ces projets. Pour le moment, le pont n’est pas encore complètement mis en place sur le Backend et le pipeline est installé d’une façon un peu différente pour que ca fonctionne. Anis AbuseirisErasmus Grid Officiel
rah encore un projet!
post#54 - there is reference to an AlmereGrid pdf document that mentions Erasmus:http://boinc.almeregrid.nl/forum_thread.php?id=24#50So, the client and purpose is one and the same, except that AlmereGrid implements the test (AlmereGrid TestGridand) production (AlmereGrid) versions and this one in Germany (correlizer) is the production version only.But clearly they are coordinated efforts.
Une réponse de l'admin sur le fofo du projet http://svahesrv2.bioquant.uni-heidelberg.de/correlizer/forum_thread.php?id=1#6Merci d'avance pour la traduction en francais
Ce serveur est géré par Erasmus Grid Office et est prévu d’être public, nous avons besoin de faire certains changements sur le serveur oueb pour tout régler correctement et ajouter quelques topics au forum, ce que nous allons faire plus tard dans la semaine.Ci-dessous, quelques premières informations sur nous :Erasmus Grid Office offre des services aux chercheurs dans le Centre Médical Erasmus qui ont besoin de ressources de calcul très performantes pour leurs projets.Il y a différentes infrastructures en grille dont nous avons accès qui inclut des grilles de Desktop et des grilles de clusters dédiés.Erasmus Computing Grid: Une collaboration entre le Centre Médical Erasmus et le lycée de Rotterdam qui se composent de grilles de Desktop basées sur Condor.D-Grid: L’initiative de grille Allemande fonde par the Ministère fédéral de l’Education et de la Recherche, une infrastructure en grille composée d’un grand nombre de clusters dédiés a haute performance où ils utilisent Globus, LCG/gLite et UNICORE comme middlewares.EDGeS (Enabling Desktop Grids for e-Science), un projet Européen qui a pour but de créer une infrastructure en grille composée de clients BOINC et XtremWeb.Fraunhofer Playstation Cluster : Une collaboration entre le Fraunhofer ITWM et le laboratoire de développement IBM a Böblingen qui se compose de milliers de cores de processeurs Cells.Tout cela est contrôlé par un backend qui s’occupe des taches liées aux grilles sur ces infrastructures de nos utilisateurs, qui de leur coté utilisent un frontend pour communiquer avec le backend. Correlizer est un de ces services où le backend pourra éventuellement planifier des taches aux serveurs BOINC et comme certains d’entre vous l’ont vu, AlmereGrid est l’un de ces projets. Pour le moment, le pont n’est pas encore complètement mis en place sur le Backend et le pipeline est installé d’une façon un peu différente pour que ca fonctionne. Anis AbuseirisErasmus Grid Office
8 Aug 2011 | 19:39:00 UTC 9 Aug 2011 | 8:17:46 UTC Erreur en cours de calculs 2,958.91 1,282.81 --- BioMedial Genome Correlations v1.00 8 Aug 2011 | 19:38:30 UTC 9 Aug 2011 | 7:06:40 UTC Erreur en cours de calculs 2,958.91 1,673.08 --- BioMedial Genome Correlations v1.00 8 Aug 2011 | 19:39:37 UTC 9 Aug 2011 | 10:29:47 UTC Erreur en cours de calculs 2,959.42 1,590.46 --- BioMedial Genome Correlations v1.00
Action de SG à venir sur ce projet ?http://www.seti-germany.de/blog/2011/08/fruhstart-bei-correlizer/
21 Aug 2011 | 3:53:30 UTC 21 Aug 2011 | 13:51:11 UTC Terminé et validé 1,099.94 1,036.55 11.59 Correlizer Beta Applications v1.01 21 Aug 2011 | 2:38:48 UTC 21 Aug 2011 | 12:16:31 UTC Terminé et validé 1,092.31 1,021.40 11.29 Correlizer Beta Applications v1.01