Evo@home

[steiner]

Liens utiles:
projet : http://boinc.run.montefiore.ulg.ac.be/evo/
status du serveur : http://boinc.run.montefiore.ulg.ac.be/evo/server_status.php (maj toutes les 10 min)
applications : http://boinc.run.montefiore.ulg.ac.be/evo/apps.php



Bonjour à tous,

Certains d'entres vous en ont entendu parler, pour d'autres c'est une découverte. Dans tous les cas c'est officiel désormais, je lance actuellement un nouveau projet BOINC.

Contexte:
Je suis actuellement étudiant en dernière année d'ingénieur en informatique (sorte de polytech info en France me semble) et je dois réaliser un travail de fin d'études (mémoire/thesis). J'ai proposé à deux de mes professeurs de mettre en place un projet BOINC pour notre université et l'idée à été bien accueillie.

Idée générale:
L'idée générale de mon travail c'est de mettre à disposition des chercheurs de mon université un outil de calcul puissant utilisable pour tout un panel d'applications scientifiques. Le but est donc d'avoir au final une infrastructure utilisable par les chercheurs et voir si celle-ci est intéressante niveau performances, résultats, etc par rapport aux solutions actuelles (petit super calculateur de notre université, petit GRID au sein de l'université, ...)

Background théorique:
En recherche, les algorithmes d'apprentissage sont constamment utilisés. Un programme d'apprentissage est un programme qui apprend à partir d'un ensemble de données. Les applications sont très variées:
- élaboration d'un jeu d'échec
- reconnaissance de caractère
- construction de modèles (biologiques, mécaniques, ...)
- filtre de spams
....

C'est dans le cadre de ces algorithmes d'apprentissage que mon projet sera utilisé.
Lorsque que l'on utilise l'apprentissage on procède en général de la sorte:
1) choix d'une description des données (paramètres décrivant les données ou features)
2) choix des paramètres de l'algo d'apprentissage
3) on execute le programme d'apprentissage sur un Data Set (données) et on obtient un modèle
4) évaluation du modèle (calcul de la performance du modèle) obtenu (via cross-validation, ...)
Le but du jeu étant bien évidemment de trouver le meilleur modèle possible. Il est impossible de tester toutes les combinaisons tant le nombre de paramètres intervenant dans l'algo est important. C'est ici que le project BOINC va entrer en jeu, il va s'agir de trouver le jeu de paramètre donnant le meilleur modèle.

Les algorithmes évolutionnaire:
Pour trouver ce jeu de paramètres nous allons principalement utiliser les algorithmes de type évolutionnaire. Le principe est très simple et se base sur l'évolution de Darwin:
1) on génère aléatoirement une population d'invidus
2) on évalue chaque individu
3) par croisement (+ mutations aléatoires) on crée une nouvelle génération en favorisant les meilleurs individus
4) on reprend au point 2)
Ici on a:
un individu = un jeu de paramètres
une population = un ensemble de jeux de paramètres

Fonctionnement du projet:
Le projet fonctionne de la sorte:
Le générateur de WU's est une algorithme évolutionnaire qui génère des jeux de paramètres à évaluer.
Comme d'habitude, les WU's sont évaluées sur les machines des volontaires et les résultats sont renvoyés au serveur.
Le générateur de WU's se sert des résultats déjà obtenu afin de générer de nouvelles WU's qui sont théoriquement plus susceptibles de donner un meilleur score, etc.

Application scientifique:
Comme indiqué, le projet sera "multi-fonction" mais il faut bien commencer avec une application scientifique particulière. Je suis actuellement en étroite collaboration avec un chercheur qui développe des algorithmes d'apprentissage pour la détermination de la structure 3D des protéines sur base de la séquence d'acides aminés. La connaissance de cette structure 3D est d'un intérêt fondamental car elle renseigne sur le rôle et le fonctionnement de la protéine. Une meilleur connaissance de la structure 3D peut permettre de comprendre/diagnostiquer/soigner certaines maladies.

Sans plus attendre, voici l'URL du projet:
http://boinc.run.montefiore.ulg.ac.be/evo

Enfin, sachez que je ne me suis pas lancé là dedans hier ^^, je travaille là dessus en "sous-marin" depuis quelque temps maintenant. D'ailleurs, certains d'entres vous (ils se reconnaitront), ont participé aux premiers beta-tests lorsque le projet était encore privé, je les remercie encore une fois 

Merci d'avance à vous tous.


EDIT: J'allais oublier, pour le moment le % d'avancement ne fonctionne pas, c'est normal vous tracassez pas

[Pascal94]

J'en serais

[ousermaatre]

  téléchargé les premières unités 

longue vie au projet ! 

[[AF>Libristes] ℯ.clℯmℯnt]

Désolé si j'ai un peu buggé au moment de m'inscrire mais dans l'avenir je calculerai sage comme une image. Longue vie au projet !

[Jaehaerys Targaryen]

téléchargé les premières unités 

longue vie au projet ! 

moi aussi

[Nico8313]

Inscription par BAM marche nickel 

Allez petit Pentium4 au boulot !!! 

[Jaehaerys Targaryen]

C'est normal que j'ai sur la page de la team, le lien d'initier la requête pour changer de fondateur de la Team ?

[Antares]

J'en suis...

[Jaehaerys Targaryen]

On dirait que cela BUG.... je n'arrives pas à renvoyé mes uts...

[steiner]

Chez moi ça roule, si le problème persiste, préviens moi et donne moi les messages que t'as dans "Messages".

Au fait, le projet a été ajouté à BAM

[fzs600]

  steiner

Je suis aussi de la partie et longue vie au projet 

C'est possible de rajouter sur le premier post l'etat du serveur merci:http://boinc.run.montefiore.ulg.ac.be/evo/server_status.php

[Antares]

J'ai ça:
dim. 23 janv. 2011 22:32:56 CET    Evo@Home    Message from server: BoincEvaluator needs 476.84 MB RAM but only 447.57 MB is available for use.

J'aurais pas assez de ram sur le nunux?

[Nico8313]

C'est possible de rajouter sur le premier post l'etat du serveur merci:http://boinc.run.montefiore.ulg.ac.be/evo/server_status.php

les applications aussi   

http://boinc.run.montefiore.ulg.ac.be/evo/apps.php

[Jaehaerys Targaryen]

Chez moi ça roule, si le problème persiste, préviens moi et donne moi les messages que t'as dans "Messages".

Au fait, le projet a été ajouté à BAM

C'est revenu et j'avais çà comme message:

23/01/2011 22:28:36 | Evo@Home | [error] Error reported by file upload server: [BoincEvaluator_1295810728_49_0_0] locked by file_upload_handler PID=8623
23/01/2011 22:28:36 | Evo@Home | Temporarily failed upload of BoincEvaluator_1295810728_49_0_0: transient upload error

[Nico8313]

J'ai ça:
dim. 23 janv. 2011 22:32:56 CET    Evo@Home    Message from server: BoincEvaluator needs 476.84 MB RAM but only 447.57 MB is available for use.

J'aurais pas assez de ram sur le nunux?

Ah oui !! on dirait que tu manque de mémoire ! 

[Jaehaerys Targaryen]

Il n'y a pas d'appli 64 bits pour windows ?

[Nico8313]

Il n'y a pas d'appli 64 bits pour windows ?

Non ! elles sont rares les applications 64bit  pour w$

[steiner]

C'est revenu et j'avais çà comme message:

23/01/2011 22:28:36 | Evo@Home | [error] Error reported by file upload server: [BoincEvaluator_1295810728_49_0_0] locked by file_upload_handler PID=8623
23/01/2011 22:28:36 | Evo@Home | Temporarily failed upload of BoincEvaluator_1295810728_49_0_0: transient upload error

Je viens de regarder les logs du serveur, et je vois en effet cette erreur là mais elle ne se produit que chez toi.
Peux-tu essayer de te détacher/rattacher au projet ?

Merci d'avance, si le problème persiste hésite pas



Sinon, j'ai ajouté les liens sur le premier post, merci pour les suggestions 
Et concernant win64 c'est prévu à terme, mais pas dans l'immédiat.

[JeromeC]

Y'a un forum fonctionnel sur le site du projet, n'hésitez pas à aller le faire fonctionner !

J'ai mes 3 1ère UT, evo a une priorité royale par rapport aux autres (plus du double des meilleurs de la classe), donc quand le cache aura été résorbé je sens que je vais me baffrer !!!

Normalement pour la RAM il y avait eu un gros travail sur la béta, on était passé de quantités KOLOSSALES a du bien raisonnable, hésitez pas à en parler si c'est de nouveau trop gourmand, c'est quelque chose de très important pour la bonne acceptation du projet...

Longue vie à EVO !!! 

[al@ON]

Viens de m'inscrire via BAM! sans problème.

Longue vie pour ton projet steiner... autrement je vois que tu as pensé à te mettre UotD.

[Jaehaerys Targaryen]

Je viens de regarder les logs du serveur, et je vois en effet cette erreur là mais elle ne se produit que chez toi.
Peux-tu essayer de te détacher/rattacher au projet ?

Merci d'avance, si le problème persiste hésite pas



Sinon, j'ai ajouté les liens sur le premier post, merci pour les suggestions 
Et concernant win64 c'est prévu à terme, mais pas dans l'immédiat.

Dés que j'ai finis mon cache (40 uts), je vais essayer...

[Nico8313]

autrement je vois que tu as pensé à te mettre UotD.

Il aurait pu penser à moi par exemple 

[steiner]

Viens de m'inscrire via BAM! sans problème.

Longue vie pour ton projet steiner... autrement je vois que tu as pensé à te mettre UotD.

Pur hasard
Plus sérieusement c'est parce que on était que quelque uns à avoir un profil sur le projet et aujourd'hui, coup de chance, c'est mon tour

[JeromeC]

Tu pourrais quand mettre un truc genre "oh and by the way, I'm the project administrator"

[Nico8313]

ça y est !!! j'ai fait 3 point !!! enfin 2,78