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Auteur Sujet: [WCG] World Community Grid (multi-projets)  (Lu 343755 fois)

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Hors ligne Antares

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Réponse #3350 le: 23 October 2022 à 18:05
Y a un truc que je ne comprends pas, sur le site j'ai 1,657,575 points earned et sur statseb 239 876...

Quand le dernier arbre sera abattu, la dernière rivière empoisonnée, le dernier poisson capturé, alors le visage pâle réalisera que l'argent ne se mange pas.

Sitting Bull



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Réponse #3351 le: 23 October 2022 à 18:16
Y a un truc que je ne comprends pas, sur le site j'ai 1,657,575 points earned et sur statseb 239 876...
7 points wCG = 1 credit BOINC



Hors ligne Antares

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Réponse #3352 le: 23 October 2022 à 18:20
Le nabot que je suis...
J'avais oublié ... :priz2tet:

Quand le dernier arbre sera abattu, la dernière rivière empoisonnée, le dernier poisson capturé, alors le visage pâle réalisera que l'argent ne se mange pas.

Sitting Bull



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Réponse #3353 le: 23 October 2022 à 22:48
Je me demande bien ce qu'aurait pensé Sitting Bull de ces préoccupations pour les points....
 :lol:



Hors ligne Maurice Goulois

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Réponse #3354 le: 10 November 2022 à 01:53
A force d'insistance tous les téléchargements sont terminés, mais je vais certainement une flopée de problèmes de deadline un peu partout à cause du retard  :desole:



Hors ligne JeromeC

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Réponse #3355 le: 10 November 2022 à 22:59
J'ai eu une seule tâche (OPN) abandonnée par le serveur depuis début novembre, et 8 tâches (OPN) et erreur sur cette période, pour 125 tâches OPN et 25 ARP en succès.

A quoi bon prendre la vie au sérieux, puisque de toute façon nous n’en sortirons pas vivants ? (Alphonse Allais)



Hors ligne Oncle Bob

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Réponse #3356 le: 15 November 2022 à 21:24
C'est fini les ARP ? :(

J'ai dû en relâcher quelques dizaines, le manager s'était un peu trop gavé (j'ai quand même passé les 50K heures sur le sous-projet :D )

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Hors ligne JeromeC

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Réponse #3357 le: 15 November 2022 à 21:30
Il m'en reste quelques une mais c'est majorité de l'OPN maintenant (sachant que j'ai désactivé MCM) avec de temps à autres des séries de OPNG, ce qui est cool.

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Hors ligne Fabrice.ltn

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Réponse #3358 le: 16 November 2022 à 10:56
Je réussis à obtenir une ARP de temps en temps... :)



Hors ligne JeromeC

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Réponse #3359 le: 16 November 2022 à 16:36
Sachant que les ARP sont beaucoup (beaucoup) plus longues que les OPN, si je regarde mes heures de crunch des dernières 24h dans mon compte WUProp je constate quand même 44h de ARP pour 148h de OPN soit presque 1/4 du temps crunché par le Mac (+ 10h de OPNG).

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Hors ligne JeromeC

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Réponse #3360 le: 17 November 2022 à 20:44
Sympathique article des 18 ans du WCG traduit et publié sur le portail.

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Hors ligne Oncle Bob

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Réponse #3361 le: 12 December 2022 à 10:50
Y a du ARP de dispo, mais toujours très difficile de télécharger les UT.

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Hors ligne Fabrice.ltn

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Réponse #3362 le: 13 December 2022 à 09:40
Ouaip, j'en ai pris deux, il faut insister sur les téléchargement, mais ça va plus vite qu'il y a quelques semaines.



Hors ligne Oncle Bob

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Réponse #3363 le: 24 January 2023 à 16:04
Un peu de ARP et OpenPandemic qui pop !
« Modifié: 24 January 2023 à 16:25 par Oncle Bob »

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Hors ligne DEM

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Réponse #3364 le: 24 January 2023 à 23:31
Ouaip, j'en ai pris deux, il faut insister sur les téléchargement, mais ça va plus vite qu'il y a quelques semaines.
Un peu de ARP et OpenPandemic qui pop !
Attention à la posologie les gars, il ne faut pas dépasser la dose prescrite ni tenter des mélanges dangereux ! Attention aux effets secondaires !



Hors ligne JeromeC

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Réponse #3365 le: 25 January 2023 à 12:28
Pourtant Raoult l'a dit !! :gno:


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Réponse #3366 le: 27 January 2023 à 22:00
On en a raoult la casquette de tout ça !



Hors ligne JeromeC

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Réponse #3367 le: 28 January 2023 à 11:43
Je suggère de faire un grand raout pour en parler tous ensemble !

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Hors ligne DEM

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Réponse #3368 le: 29 January 2023 à 17:53
Je suggère de faire un grand raout pour en parler tous ensemble !
OK ! Je vous attends pour l'apéro ce soir à 19h à la maison !



Hors ligne fzs600

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Réponse #3369 le: 29 January 2023 à 18:04
Je suggère de faire un grand raout pour en parler tous ensemble !
OK ! Je vous attends pour l'apéro ce soir à 19h à la maison !
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Hors ligne [AF] Kalianthys

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Réponse #3370 le: 12 February 2023 à 10:57
World Community Grid - February 2023 OpenZika Project Update

News originale à lire ici --> https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=779


L'équipe OpenZika a publié un nouveau document de recherche décrivant les progrès qu'elle a réalisés après son partenariat avec WCG

Projet : OpenZika

Published on: 9 févr. 2023


  • Bref historique du projet OpenZika

Le Dr Carolina Horta Andrade (Faculdade de Farmácia Universidade Federal de Goiás, LabMo ), avec le Dr Sean Ekins ( Collaborations Pharmaceuticals, Inc. ) et le Dr Alexander Perryman (Rutgers University–New Jersey Medical School) ont lancé le projet OpenZika en mai . de 2016 en collaboration avec IBM WCG pour identifier d'éventuels inhibiteurs du virus Zika. Les patients touchés par ce virus souffrent de paralysie de leur système nerveux et les enfants nés de mères touchées par le virus présentent de graves troubles du développement cérébral. Alors qu'il constituait déjà une menace énorme au Brésil, il avait le potentiel de devenir une menace mondiale à moins qu'un traitement ne soit développé
rapidement. La puissance de calcul massive de WCG a permis à l'équipe de tester rapidement des millions de composés à la recherche d'inhibiteurs possibles de diverses cibles du virus Zika.

En novembre , la liste des 7 600 composés potentiels a été passée au crible pour tester leur efficacité contre l'hélicase NS3, une protéine du virus Zika qui lui permet de dérouler son ARN duplex. La liste des molécules a été réduite à huit composés, dont cinq ont ensuite été vérifiés comme étant sûrs par une étude menée à l'Université de Californie à San Diego. En mars 2017 , l'équipe était prête à passer à la deuxième étape du projet. L'équipe a utilisé un serveur pour créer une grande bibliothèque de 30,2 millions de composés à tester contre la protéase NS2B-NS3, l'hélicase NS3 et les protéines NS5-polymérase. L'exécution d'un criblage informatique sur cette grande bibliothèque n'a été possible que grâce aux efforts combinés des bénévoles du World Community Grid (WCG).

Les tests sur ces 30,2 millions de composés se sont poursuivis jusqu'en décembre 2018 , lorsque l'équipe a analysé une base de données de composés supplémentaires fournie par ChemBridge. La liste d'un million de composés a été testée dans son efficacité contre la polymérase NS5, la méthyltransférase NS5 et l'hélicase NS3 ; le réduisant finalement à 55 composés d'intérêt. Les résultats ont été envoyés à l'Université de Californie pour évaluation dans le virus, ainsi qu'à l'Université de Sao Paulo pour évaluation avec les protéines du virus Zika en juillet 2019 .

Propulsée par une communauté de 80 000 volontaires qui ont fait don de près de 73 années CPU par jour en moyenne au projet WCG, l'équipe OpenZika a pu finaliser sa modélisation et le projet s'est achevé en décembre 2019. La phase suivante s'est concentrée sur la validation expérimentale et priorisation des molécules sélectionnées.



Figure 1 : Le nombre total d'années CPU données au projet OpenZika a augmenté régulièrement de mai 2016 à décembre 2019.

  • Nouveaux développements

En octobre 2022, les quatre années de recherche de l'équipe ont abouti à une publication dans le Journal of Chemical Information and Modeling[1].

L'article met en évidence le processus de calcul et les étapes de validation effectuées pendant et après l'analyse WCG. L'équipe de recherche a publié les résultats pour trois protéines importantes du virus Zika : NS3hel, NS2B-NS3pro et NS5 RdRp. À l'aide de WCG, les chercheurs ont recherché des millions de composés disponibles dans le commerce et identifié 61 composés d'intérêt possibles pour un criblage et une optimisation plus poussés.

Après les calculs d'amarrage massifs, les composés ont été filtrés à l'aide de modèles d'apprentissage automatique développés par le groupe LabMol pour identifier ceux qui étaient cytoprotecteurs contre l'infection par le virus Zika. Ensuite, les composés dont on prévoyait qu'ils passeraient la barrière hémato-encéphalique ont été retenus, afin de sélectionner ceux qui pourraient contrecarrer les effets du virus sur le système nerveux central. Enfin, une inspection de chimie médicinale a identifié et sélectionné des composés présentant des caractéristiques souhaitables présents dans les médicaments existants.



Figure 2 : Description du pipeline de découverte ; créé par Bruna KP Sousa du laboratoire du Dr C. Horta Andrade

Sur près de 404 millions de résultats générés par WCG, représentant près de 93 000 ans de calcul, 61 résultats ont été priorisés pour les tests. À l'aide d'essais enzymatiques et phénotypiques, cinq composés ont finalement été sélectionnés car ils inhibaient la fonction ou déstabilisaient les trois protéines virales d'intérêt, la protéase NS2B-NS3, l'hélicase NS3 et les protéines NS5-polymérase. D'autres tests ont identifié 8 composés comme étant capables de protéger les cellules de la mort causée par le virus, tout en montrant une faible toxicité cellulaire dans les cellules dérivées du foie et des reins. Les deux ensembles de 5 et 8 molécules se chevauchent pour deux composés, nommés par les auteurs LabMol-301 et LabMol-212.

Dr Carolina Horta Andrade : « Ces travaux ont démontré l'importance de l'intégration des approches informatiques et expérimentales, ainsi que le potentiel des réseaux collaboratifs à grande échelle pour faire avancer les projets de découverte de médicaments pour les maladies négligées et les virus émergents, malgré le manque de ressources disponibles. données sur l'activité antivirale directe et l'effet cytoprotecteur, qui reflètent l'affirmation des prédictions informatiques.

Les résultats de cette recherche sont passionnants et une optimisation plus poussée pourrait conduire à tester ces molécules en tant que traitements antiviraux du virus Zika. Les chercheurs recherchent maintenant des partenaires pour effectuer l'optimisation hit-to-lead avec synthèse chimique et autres validations expérimentales.

Nous remercions les bénévoles qui ont rendu ces découvertes possibles, ainsi que l'équipe OpenZika pour avoir partagé cette mise à jour passionnante et leur implication continue avec WCG. Si vous avez des commentaires ou des questions, veuillez les laisser dans ce fil pour que nous puissions y répondre. Merci pour votre soutien.





Hors ligne Maeda

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Réponse #3371 le: 12 February 2023 à 13:13
Cool :sun:


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Réponse #3372 le: 13 February 2023 à 12:12
Published on ze portal, merci Kali !

+ ils ont diffusé la première newletter de WCG : https://www.worldcommunitygrid.org/images/prismic/WCG_Newsletter_Feb_1_2023.pdf
« Modifié: 13 February 2023 à 12:14 par JeromeC »

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Hors ligne [AF] Kalianthys

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Réponse #3373 le: 14 March 2023 à 21:10
Les problèmes s’enchaînent chez Krembil :

https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=780

 :(

Kali.





Hors ligne JeromeC

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Réponse #3374 le: 15 March 2023 à 10:58
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Mise à jour sur la récupération du matériel

Le site web a été redémarré et nous travaillons à la reconstruction de la base de données scientifique afin que BOINC puisse redémarrer bientôt.

Publié le : 14 mars 2023

Bref historique

Le 1er mars, nous avons subi une panne de disque qui a empêché la communication entre nos systèmes de fichiers scientifiques et BOINC, et a entraîné l'arrêt du site web et du forum. Initialement, il s'agissait d'une panne de contrôleur RAID. Ce qui aurait dû être une réparation de routine s'est transformé en une entreprise plus longue lorsque nous avons réalisé que le problème était beaucoup plus grave. Il s'est avéré que le bus PCI était défaillant, ce qui signifiait que nous devions déplacer tous nos disques vers un système de stockage alternatif et reconstruire la configuration RAID. Heureusement, Sharcnet a pu localiser un ancien système de stockage identique que nous avons pu utiliser pendant la récupération.

Le centre de données a pu placer tous nos disques dans un système de rechange et le processus de reconstruction a commencé. Bien que l'intégrité des données ait été confirmée, nous ne pouvions pas démarrer le système ; nous devions réparer les disques du système pour qu'ils fonctionnent dans le nouveau serveur.

Redémarrage du site web

Le 13 mars, nous avons finalement réussi à redémarrer les bases de données du site web et du forum. Les performances initiales et la disponibilité/fonctionnalité globale restent limitées en raison des efforts continus de récupération et de sauvegarde du stockage. Bien que les statistiques ne puissent pas être mises à jour tant que BOINC n'est pas complètement redémarré et que les UT déjà traitées ne sont pas téléchargées, aucun travail ne sera perdu et tous les crédits seront accordés, car nous prolongerons le délai de retour des résultats.

Nous sommes immensément reconnaissants de la positivité que nous avons reçue au cours du processus.

Nous avons des mises à jour ARP, SCC, MCM dans le pipeline - nous attendons juste la récupération complète de notre panne de stockage.

Si vous avez des commentaires ou des questions, n'hésitez pas à les laisser dans ce fil de discussion pour que nous puissions y répondre. Merci pour votre soutien, votre patience et votre compréhension.

L'équipe WCG

L'autre jour j'ai vu des tonnes de plaintes depuis début mars dans le topic du forum boinc berkeley sur les server outage :)

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