Auteur Sujet: [Citizen Science Grid] DNA@home  (Lu 36292 fois)

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Sébastien

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[Citizen Science Grid] DNA@home
« le: 29 avril 2010 à 20:35 »

L'objectif de DNA@Home est de découvrir ce qui régule les gènes de l'ADN. Avez-vous remarqué que les cellules de la peau sont différentes d'une des cellules musculaires, qui sont différentes d'une des cellules osseuses, même si toutes les cellules de votre corps a chaque gène dans votre génome? C'est parce que tous les gènes sont "sur" tout le temps. Selon le type de cellules et de ce que la cellule essaie de faire à un moment donné, seul un sous-ensemble de ces gènes est utilisé, et le reste est fermé. ADN @ home utilise des algorithmes statistiques pour déverrouiller la clé de cette régulation différentielle, en utilisant votre bénévolat ordinateurs.

Le principal moyen par lequel les gènes sont régulés est au stade de la "transcription", où une molécule appelée polymérase lit long de l'ADN à partir du début du gène à la fin de la création d'un gène de l'ARN messager. D'autres molécules, appelées facteurs de transcription, se lient à l'ADN vers le début du gène et peuvent aider à recruter de la polymérase ou ils peuvent obtenir de la manière de, ou inhibent la polymérase. C'est la présence ou l'absence de la liaison de ces facteurs de transcription qui déterminent si un gène est "on" ou "off", mais, pour la plupart, les scientifiques ne savent pas quels sont les facteurs de transcription est responsable de la régulation des gènes.

Les facteurs de transcription ont «doigts» qui préfèrent une certaine somme, peu soigné dans le modèle de nucléotides "lettres" d'une séquence d'ADN, mais dans de nombreux cas nous ne savons pas ce que ces modèles sont. Notre logiciel de recherche de courtes séquences de nucléotides qui apparaissent plus ou moins les mêmes débuts près de gènes multiples et qui semblent aussi plus ou moins la même dans les emplacements correspondants dans les génomes d'espèces apparentées. Comme les séquences d'ADN sont énormes, allant de millions de milliards de nucléotides, et ces séquences sont courtes et seulement environ conservée d'un site à l'autre, c'est un vrai problème aiguille dans une botte de foin-et exige beaucoup de puissance de calcul. Nous espérons que votre ordinateur peut vous aider.

Nos plans actuels portent sur la lutte contre le génome de Mycobacterium tuberculosis à bien comprendre comment la tuberculose accomplit ce qu'il fait - afin que d'autres peuvent utiliser cette information pour arrêter cette maladie qui tue des millions chaque année. Nous prévoyons également de lutter contre Yersinia pestis, la cause de la peste bubonique.

DNA@Home est basé au Rensselaer Polytechnic Institute.

DNA@Home est actuellement géré par:

    Travis Desell, Associé de recherche postdoctoral en sciences informatiques
    Chen Lei, assistante de recherche d'études supérieures en informatique
    Magdon Malik-Ismail, Professeur agrégé d'informatique
    Lee Newberg, professeur agrégé d'informatique,  État de New York, Centre de recherche scientifique Wadsworth
    Boleslaw Szymanski, Professeur Claire et Roland Schmitt distingué de l'informatique


Url pour s'attacher : http://volunteer.cs.und.edu/csg/

L'Alliance Francophone : http://volunteer.cs.und.edu/csg/team_display.php?teamid=9






31/07/2014

Le projet est revenu d'entre les morts !

Mail reçu:
Citer
19993 UT sont disponibles sur le projet DNA@Home

Un coup d'oeil sur le site:
Citer
generating new work units
Hi Everyone,

It's been awhile but I've generated some new work units today, to test how things are going and if we need to make any updates to the application. We have some new data that we're looking forward to analyzing to try and find areas of DNA that might cause cancer in humans (although the data set we'll be working with is from mice).

I'll keep you all posted as we start generating more work, and let me know if there are any problems with the work units that I just sent out.

cheers,
--Travis 31 Jul 2014, 18:49:40 UTC

Traduction:
Génération de nouvelles UT
Salut tout le monde,

Ça fait longtemps, mais j'ai généré quelques nouvelles UT aujourd'hui pour voir comment les choses fonctionnent et si nous avons besoin de faire quelques mises à jour à l'application. Nous avons de nouvelles données que nous espérons analyser pour tenter de trouver des zones d'ADN qui pourraient provoquer le cancer chez les humains (bien que nous allons travailler sur un jeu de données de souris).
Je vous tiendrai tous au courant quand nous commencerons à générer davantage de travail, et veuillez me faire savoir s'il y a des problèmes avec les UT que je viens d'envoyer.

A bientôt
Travis

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Infos du 18/04/2012 :


Salut tout le monde,

Les dernières semaines ont été mouvementées ! J'étais à New York pour une présentation au Centre de recherche T.J. Watson d'IBM. Maintenant que je suis de retour, j'ai quelques informations supplémentaires pour tous.

Tout d'abord, j'ai fait un portail sur la page d'accueil de ce serveur de calcul volontaire avec des liens vers les autres projets que nous ferons tourner ici : http://volunteer.cs.und.edu/index.html

Notamment, SubsetSum@Home et Wildlife@home. Nous commençons à avoir des vidéos pour Wildlife@home qui devraient s'avérer vraiment intéressantes, cela vaudrait le coup de jeter un coup d’œil à ce projet. Je commencerai aussi à envoyer des UT pour SubsetSum@Hom d'ici la fin de la semaine (car nous avons une date limite pour une conférence et aimerions avoir le projet prêt et en fonctionnement d'ici là). Une fois que SubsetSum@Home sera prêt et enverrai des UT, je mettrai à jour l'application client ici (pour remédier au problème des points de sauvegarde) et enverrai quelques UT supplémentaires.

D'ici là, j'espère que les vidéos que nous mettrons sur Wildlife@home vous maintiendront intéressés et que les UT sur SubsetSum@Home garderont vos ordinateurs occupés.

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Post de Modesti Mai 2011 concernant une éventuelle application GPU :

Citer
Pas sûr. D'abord, il faut que l'appli CPU fasse correctement ce qu'on lui demande. Ensuite, Travis a dit que l'appli n'était pas très "parallélisable" et que par conséquent il n'y aurait pas beaucoup de gain de temps. De plus, il semblerait que les GPU n'aiment pas les "longs doubles" et il ne sait pas encore comment traiter le problème des différences de précision.

AMHA, c'est pas demain la veille qu'on verra du GPU ic

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Post de Modesti Juillet 2010 :

Citer
Après avoir relu les objectifs de DNA@home et ceux de RNA World, je crois qu'il y a une légère différence.
DNA@home cherche à comprendre le fonctionnement du Mycobacterium tuberculosis (déclencheur de la tuberculose) et par la suite du Yersinia pestis (déclencheur de la peste bubonique) à fond, avec tout ce que le génome peut leur révéler. (Enfin, c'est ce que j'ai cru comprendre à partir du dernier § de leur présentation.)
« Modifié: 10 juillet 2015 à 13:27 par tibidao »

modesti

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Re : DNA@home
« Réponse #1 le: 29 avril 2010 à 21:06 »
Intéressant :)

Par contre, en lisant ça :
Citer
The goal of DNA@Home is to discover what regulates the genes in DNA. Ever notice that skin cells are different from a muscle cells, which are different from a bone cells, even though every cell in your body has every gene in your genome? That's because not all genes are "on" all the time. Depending on the cell type and what the cell is trying to do at any given moment, only a subset of the genes are used, and the remainder are shut off.
je me demande si ça ne fait pas doublon avec RNA World :??:

Extrait description de projet RNA World: http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Project_description/en
Citer
Fascinatingly, the initial analysis of the human genome sequence revealed that, apparently, only a very small fraction of the DNA of our genome is encoding proteins. Scientists at first thought "what is all this junk DNA about?" or "can't we just delete it?". Today, it has become clear that probably a major fraction of regulatory events taking place in a human cell might be governed by small RNAs, the so-called miRNAs. Among other functions, these appear responsible for making sure that a skin cell becomes a skin cell while a muscle, liver or hair cell differentiates to a muscle, liver or hair cell during development and all this although the genetic material (DNA) of all of these very different cell types is essentially identical.

Viendez chez nous, cause qu'on est les meilleur(e)s :D


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supersnoopy

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Re : Re : DNA@home
« Réponse #2 le: 29 avril 2010 à 21:58 »

ça semble proche, en effet...

RNA
Citer
The goal of this RNA World sub-project is to systematically identify all known RNA family members in all organisms known to date and make the results available to the public in a timely fashion

DNA
Citer
Our software looks for short sequences of nucleotides that appear more-or-less the same near multiple gene beginnings and which also appear more-or-less the same in the corresponding locations in the genomes of related species.

L'AF n'est pas encore crée sur ce projet.

Si j'ai bien compris, il y a des comptes "fondateurs" qui servent à cela ?
De leurs épées ils forgeront des socs

Jaehaerys Targaryen

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Re : DNA@home
« Réponse #3 le: 29 avril 2010 à 22:15 »
merci pour l'infos.  je suis inscrit, merci aux admins de crée l'équipe pour ce projet.

Mais pas d'uts pour l'instant, dommage

Encore en test, alors patience...
« Modifié: 29 avril 2010 à 22:22 par boris61 »


Twitter : devweborne // Chaine Youtube : https://www.youtube.com/channel/UCXcoCd-1UlHpYIYzNER0n1Q

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Re : DNA@home
« Réponse #4 le: 29 avril 2010 à 22:45 »

Merci seb pour l'info. :jap:

tristesire

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Re : DNA@home
« Réponse #5 le: 30 avril 2010 à 00:12 »
compte af crée.

Jaehaerys Targaryen

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Re : Re : DNA@home
« Réponse #6 le: 30 avril 2010 à 15:40 »
compte af crée.

ok ainsi que l'équipe


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modesti

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Re : DNA@home
« Réponse #7 le: 30 avril 2010 à 19:11 »
attachée :ange:

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modesti

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Re : DNA@home
« Réponse #9 le: 01 mai 2010 à 00:05 »
pas fait exprès :D
par contre, j'ai pas pu mettre d'avatar, ça m'a collé direct une page "fatal error" quand j'ai essayé :/

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xipehuz

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Re : DNA@home
« Réponse #10 le: 02 mai 2010 à 22:42 »
Merci pour l'info.

Attaché, mais il n'y a pas encore de client Linux, ni d'UT, d'ailleurs  :D
Je prends les compliments comme des reproches d'hypocrites (Palinka)

modesti

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Re : DNA@home
« Réponse #11 le: 23 juillet 2010 à 19:24 »
Des nouvelles ! :bounce:

Citer
Finally an update -- checkpointing working in the application
So I didn't want to send out any workunits until I got checkpointing working, and good news after a couple long weeks and not to mention slamming my head against my computer a few times, the DNA@Home client application has working checkpointing.
This means we should have workunits being sent out within a week or so. We've also gotten the data we need for the Mycobacterium tuberculosis genome, so the first workunits will be doing work on a real genome as opposed to test data.
Expect updates more frequently now that I finally have something working.
--Travis 23 Jul 2010 13:53:49 UTC

Traduction :
Enfin une mise à jour - les points de sauvegarde fonctionnent dans l'application
Je ne voulais pas envoyer d'UT tant que les points de sauvegarde ne fonctionnaient pas et, bonne nouvelle, après de longues semaines - sans parler du nombre de fois où je me suis tapé la tête contre l'ordinateur - l'application du client DNA@home exécute des points de sauvegarde.
Cela signifie que nous devrions avoir des UT à envoyer d'ici une semaine à peu près. Nous avons également eu les données dont nous avons besoin pour le génome du Mycobacterium tuberculosis, les premières UT travailleront donc sur un vrai génome contrairement aux données de test.
Maintenant que j'ai enfin quelque-chose qui fonctionne, attendez-vous à avoir des mises à jour plus souvent.
-- Travis


---
a) Vous pensez que ça vaut une news sur le portail ?

b) Y avait pas déjà RNA World qui travaillait sur le Mycobacterium tuberculosis ?

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Jaehaerys Targaryen

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Re : DNA@home
« Réponse #12 le: 23 juillet 2010 à 19:32 »
merci pour les infos...


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Re : Re : DNA@home
« Réponse #13 le: 24 juillet 2010 à 01:14 »
...
a) Vous pensez que ça vaut une news sur le portail ?

b) Y avait pas déjà RNA World qui travaillait sur le Mycobacterium tuberculosis ?

Je pense que oui. :D

modesti

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Re : DNA@home
« Réponse #14 le: 24 juillet 2010 à 16:21 »

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Pascal94

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Re : Re : DNA@home
« Réponse #15 le: 24 juillet 2010 à 17:58 »
Intéressant :)

Par contre, en lisant ça :je me demande si ça ne fait pas doublon avec RNA World :??:

Des nouvelles ! :bounce:

[...]

a) Vous pensez que ça vaut une news sur le portail ?

b) Y avait pas déjà RNA World qui travaillait sur le Mycobacterium tuberculosis ?

Je pense que oui. :D

et moi aussi je pense que oui, d'ailleurs je confirme avoir déjà vu "Mycobacterium tuberculosis" sur RNA  :heink:

je veus pas dire du mal, mais je trouve qu'avec le nombre de projets qui tournent sur Boinc, y'a sûrement des doublons et pas de coordination  :cpopossib:

modesti

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Re : DNA@home
« Réponse #16 le: 24 juillet 2010 à 18:44 »
En fait, je ne suis plus très sûre. :heink:

Après avoir relu les objectifs de DNA@home et ceux de RNA World, je crois qu'il y a une légère différence.
DNA@home cherche à comprendre le fonctionnement du Mycobacterium tuberculosis (déclencheur de la tuberculose) et par la suite du Yersinia pestis (déclencheur de la peste bubonique) à fond, avec tout ce que le génome peut leur révéler. (Enfin, c'est ce que j'ai cru comprendre à partir du dernier § de leur présentation.)
Citer
Our current plans involve tackling the Mycobacterium tuberculosis genome to thoroughly understand how tuberculosis accomplishes what it does -- so that others can use that information to stop this disease that kills millions every year. We also plan to tackle Yersinia pestis, the cause of bubonic plague.

Alors que RNA World cherche - a priori - à comprendre le pourquoi du comment une cellule devient ce qu'elle est, puisqu'à la base une cellule est capable de tout faire/devenir. Il étudie le "junk DNA" (traduit dans la version française par "foutoir d'ADN" :D) de plein de choses puisqu'on a déjà eu toutes sortes de bactéries, des mammifères...

ché pas :spamafote:

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Re : Re : DNA@home
« Réponse #17 le: 24 juillet 2010 à 19:53 »

Netrider

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Re : DNA@home
« Réponse #18 le: 25 juillet 2010 à 07:33 »
En tout cas il ni a pas d'ut  :cavapobienmwa:

modesti

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Re : DNA@home
« Réponse #19 le: 25 juillet 2010 à 07:45 »
:cpopossib: Faut être un peu patient, Netrider :p

Citer
[...]Cela signifie que nous devrions avoir des UT à envoyer d'ici une semaine à peu près.[...]

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popolito

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Re : DNA@home
« Réponse #20 le: 25 juillet 2010 à 09:26 »
De toute façon, rien que dans le nom, c'est différent, l'un parle de l'ADN l'autre de l'ARN nah.
Voilà.
Pis y'a un projet boche et un projet ricain (du même institut que celui de milkyway).  :D
Tu aimes Mathematica®, t'es un noob en informatique ou tu t'ennuies, c'est le moment d'aller sur HEImicro.

miskic

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Re : DNA@home
« Réponse #21 le: 22 août 2010 à 13:38 »
une question un peu bête mais comment rejoindre ce projet car l'interface de bam! ne propose pas ce projet par défaut?  :??:
 

supersnoopy

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Re : DNA@home
« Réponse #22 le: 22 août 2010 à 14:22 »

tu passes par le client boinc et mets cette adresse :    http://dnahome.cs.rpi.edu/dna/

par contre, pour info, j'y suis abonné depuis 2 mois et n'ai jamais reçu de travail.
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miskic

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Re : DNA@home
« Réponse #23 le: 23 août 2010 à 10:55 »
j'ai fait comme tu m'as dit. j'ai un compte  :jap:
par contre je ne sais pas comment faire pour le gerer depuis bam...  :??:
ça va se mettre a jour tout seul ? (j'ai utilisé le même identifiant et meme pass que pour mes autre compte sous bam!)

gregoryd01

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Re : DNA@home
« Réponse #24 le: 23 août 2010 à 11:05 »
Apparemment il n'est sous BAM, donc on ne peut pas le gérer par BAM ... Il doit surement y avoir une raison, faut chercher sur le forum de BAM.
[AF>France>Est>Alsace] gregoryd01