Aucun intérêt pour moi de me servir du script alors si la màj ne peux pas être placée dans /home. 
C'est pas possible de bidouiller le script pour juste changer le chemin de l'installation 
.
ben je vois pas l'intérêt dans ce cas.
car le script de GuL est fait pour mettre à jour une installation de boinc en daemon (lancé au boot du système avant ouverture de session utilisateur dans ce cas).
or si tu place les binaires dans ton home, c'est spécifiquement pour un utilisateur donné (celui auquel appartient le home).
dans ton cas pour une màj, il suffit de stopper le boinc client (via le menu : Avancé>Arrêter le client connecté), récupérer le script de berkely et le placer au même endroit que là où tu as déjà ton dossier précédent BOINC, et en l'exécutant ça va se décompresser dans le bon dossier (càd BOINC au même niveau que le script).
et comme ça, tu as la nouvelle version sans perte de données.
pour ce qui est du lancement automatique, dans le cas d'une install dans ton home, il vaut mieux utiliser le menu : Système>Préférences>Applications au démarrage (enfin si t'es sous ubuntu je suppose). et comme appli à lancer, c'est le run_client livré par berkeley après décompression dans le dossier BOINC, en chemin absolu de préférence.
Et si tu fais une màj comme indiqué avant, pas besoin de refaire le lancement automatique vu que le chemin et le fichier à lancer en auto seront sous les même noms.
Donc pour conclure, le script de GuL n'a d'intérêt que pour un lancement en daemon par le système (donc pour tout utilisateur). Pas pour une exécution pour un user donné ...
