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Auteur Sujet: Docking@home  (Lu 96248 fois)

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Hors ligne shann

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le: 13 September 2006 à 09:30
Un nouveau projet autour des proteines


Le lien du projet : http://docking.cis.udel.edu/

Résultats et processus de recherche Docking@Home



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27/02/2013 : Les unités de travail sur le VIH sont maintenant toutes calculées, les résultats renvoyés par les cruncheurs vont être analysés.

Les WU désormais envoyées par le projet Docking portent sur la trypsine.
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14/04/2014
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Docking@Home is Retiring

Our Docking@Home adventure is coming to an end on May 23, 2014. Join us on our next challenge at ExSciTecH.


Docking  Home prend sa retraite

Notre aventure Docking@Home touche à sa fin le 23 mai 2014.

Rejoignez-nous sur notre prochain défi à ExSciTecH.
« Modifié: 15 April 2014 à 11:14 par Polynésia »



Hors ligne Heyoka

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Réponse #1 le: 13 September 2006 à 10:06
J'ais reçu 250 unités  :D, comme elle doivent durer entre 1 heures et 1h30, je vais avoir du mal à les finir en 5 Jours


Hors ligne shann

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Réponse #2 le: 13 September 2006 à 10:17
Ca fait partie des petits bonheurs des alpha tests ;)



Hors ligne jump400

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Réponse #3 le: 13 September 2006 à 10:47
Ca m'a l'air interessant ce projet. j'en suis ...  :)



Hors ligne Heyoka

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Réponse #4 le: 13 September 2006 à 10:53
J'arrive à concentrer sur mon ordi 10% des unités en cours de traitement :p
http://docking.utep.edu/server_status.php

Plus que 1500 unités à prendre puisque le générateur d'unités ne fonctionne pas


Hors ligne Heyoka

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Réponse #5 le: 13 September 2006 à 11:05
Quelqu'un peut m'aider à traduire ça

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Project Description

DAPLDS or Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System is a project that involves collaboration among the University of Texas - El Paso, The Scripps Research Institute (TSRI), and the University of California - Berkeley. This project, through implementation and use of a cyber tool, DAPLDS, that enables adaptive multi-scale modeling in a GC environment, will further knowledge of the atomic details of protein-ligand interactions and, by doing so, will accelerate the discovery of novel pharmaceuticals. The goals of the project are:

1. to explore the multi-scale nature of algorithmic adaptations in protein-ligand docking
2. to develop cyber infrastructures based on computational methods and models that efficiently accommodate these adaptations.

Learn more about the science and computer science behind the Docking@Home project.


Citer
Description du projet

DAPLDS ou Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System (dynamique adaptative d'amarrage d'un système Protéine-Ligand ) est un projet en collaboration entre l'université du Texas d'El Paso, l'institut de recherche Scripps (TSRI), et l'université de Californie - Berkeley. Le projet DAPLDS permet, par la mise en exécution et l'utilisation de l'outil internet, une modélisation adaptative multi-échelle dans un environnement de Chromatographie en phase gazeuse (GC), il promouvra la connaissance des détails atomiques des interactions protéine-ligand et, de ce fait, accélerera la découverte d'innovations pharmaceutiques. Les buts du projet sont :

1. D'explorer la nature multi-échelle des algorithmiques adaptés à l'amarrage protéine-ligand

2. De développer des infrastructures internet basées sur des méthodes et des modèles informatiques qui s'adapteront efficacement à ces adaptations.

Pour en Apprendre plus (en anglais) au sujet du contenu scientifique et informatique du projet Docking@Home.


Hors ligne Heyoka

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Réponse #6 le: 13 September 2006 à 11:51

Article sur le site Boinc-AF

Signalez moi toutes les erreurs


Hors ligne jump400

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Réponse #7 le: 13 September 2006 à 12:22
Création de compte déjà fermée  :cry:

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September 13, 2006
Closed the account creation for now. We have enough windows users for testing. If you have an Intel-Mac or Linux machine write us an email at dockingadmin@utep.edu and we'll create an account for you. Please write down your comments, error reports and inputs in the forums and we'll get to the problems as soon as possible. Thanks!


d'aprés mes comptes, il doit y avoir en tout 77 participants. Combien sommes nous de l'AF ? pas encore visible malheureusement



Hors ligne Heyoka

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Réponse #8 le: 13 September 2006 à 20:43
Euh, vous aussi ça se termine par une erreur de calcul au bout de 7 heures de calcul  :(

Pourtant c'est marqué SUCESS dans le result ID

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SUCCESS - Charmm exited with code 0.
Resolving file charmm.out...
Calling BOINC finish.




  1tng_mod0001_690_189279_0_2
  -131




Hors ligne arnaud25

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Réponse #9 le: 13 September 2006 à 20:51
Les Wus pour Linux sont bugguées: 15 min de calcul et
Citer
5.4.9

Calling BOINC init.
Starting charmm run...
ERROR - Charmm exited with code 1.
Calling BOINC finish.


Ils sont en train de chercher d'ou ca vient....... :sol:



Hors ligne shann

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Réponse #10 le: 13 September 2006 à 20:54
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d'aprés mes comptes, il doit y avoir en tout 77 participants. Combien sommes nous de l'AF ? pas encore visible malheureusement

Nous sommes 5 dans l'AF :bounce:



Hors ligne Heyoka

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Réponse #11 le: 13 September 2006 à 21:45
Qu'est ce qu'on fait, on laisse tourner les unités ou on les annules

Citer
We'll change this asap. Seems there is still a lot of debug info written to the logs that generate upload errors when they finish.    
Thanks  
Andre


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It's our problem. We are writing too much debug info in the windoze app. We'll create a new app later today when the developer gets out of his class.

You can set the max file size in your prefs higher to make sure this doesn't happen for now.

Andre




Hors ligne jump400

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Réponse #12 le: 13 September 2006 à 22:02
Ce n'est pas [encore] complétement fermé, ils ont besoin de Macintosh (Intel). Il faut leur faire la demande par mail :

Citer
September 13, 2006 19:40:00
We'll close invited account creation soon for windows and linux machines. Intel Macs are still welcome as we don't have enough of them yet. Please write an email to dockingadmin@utep.edu if you have an Intel Mac and want to participate in the tests.





Hors ligne jump400

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Réponse #13 le: 13 September 2006 à 22:08
Citation de: Heyoka
Qu'est ce qu'on fait, on laisse tourner les unités ou on les annules
Citer


You can set the max file size in your prefs higher to make sure this doesn't happen for now.

Andre

Si on peut contourner temporairement le pb en augmentant la taille maxi des fichiers, il n'y a pas besoin d'annuler...
Oui, mais ... non, j'ai aucune idée ou on change ça  :pt1cable:  et vous ?
je viens de passer les "general preferences" en revue, je ne vois rien   :??:
Edit : C'est pas trés simple :
Citer
Stop boinc, open the client_state.xml with your favourite text editor and replace "1000000.000000" with "3000000.000000". That's it :D

- Arrêter Boinc
- Ouvrir client_state.xml (à la racine de boinc) avec un éditeur de texte
- remplacer : "1000000.000000" par "3000000.000000"  (à faire autant de fois qu'il y a de wus
- redémarrer Boinc  ;)

J'ai essayé, mais ça n'a pas marché avec moi : dés le redémarrage de boinc, le fichier a été modifié et mes modifs perdues   :cry:

De toute façon l'équipe de Docking est sur le coup et teste une correction en ce moment



Hors ligne Antares

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Réponse #14 le: 14 September 2006 à 08:24
Salut Bolchoi,
Le lien que tu as indiqué sur le site Boinc-af.org mème sur la création de compte pour TANPAKU.
Je n'airrive pas à créer un compte!
Je vais essayer le mail indiqué plus haut.

Quand le dernier arbre sera abattu, la dernière rivière empoisonnée, le dernier poisson capturé, alors le visage pâle réalisera que l'argent ne se mange pas.

Sitting Bull



Hors ligne jump400

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Réponse #15 le: 14 September 2006 à 21:19
Première stats ...

L'AF est première  :bounce:
je suis le 2ème avec 11.80 crédits  :lol:
Arnaud est 5ème avec 4.62  :p

Il y a en tout 104 participants dont seulement 5 à l'AF. Boinc Synergy semble être la plus grosse équipe avec 18 participants



Hors ligne BlackStar95

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Réponse #16 le: 14 September 2006 à 21:44
apparemment les créations de comtes sont rouvertes mais un "Invitation Code" est nécessaire  :pt1cable:

Phenom@2.6Ghz (Overclock) ; nVidia 9500GT ; 2Go | Mandriva 2009.1 x86_64


Hors ligne jump400

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Réponse #17 le: 14 September 2006 à 22:46
Citation de: nicodu95
apparemment les créations de comtes sont rouvertes mais un "Invitation Code" est nécessaire  :pt1cable:

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September 13, 2006 19:40:00
We'll close invited account creation soon for windows and linux machines. Intel Macs are still welcome as we don't have enough of them yet. Please write an email to dockingadmin@utep.edu if you have an Intel Mac and want to participate in the tests.

je me tente à traduire  :sarcastic: :
"Nous allons bientôt fermer les créations de comptes par invitation pour les machines Windows et linux. Les Mac Intel sont toujours les bienvenues car nous n'en avons encore pas assez. Veuillez ecrire un email à dockingadmin@utep.edu si vous avez un Mac Intel et voulez participer aux tests."
Donc hors Mac point de salut (pardon "invitation")
Je suppose que le code d'invitation est fourni en retour du mail de demande



Hors ligne Heyoka

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Réponse #18 le: 15 September 2006 à 18:04
15 Septembre 00:30
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Ce soir, nous sommes très proches de déployer une correction de l'erreur -131 (MDT). Ceci signifie que nous allons décommander tous les unités existantes et nous allons vous demander de remettre à zéro votre projet (ou détacher/attacher). Toutes les nouvelles unités devraient durer environ 1 heure et demi comme mesuré sur un P4 3.2 gigahertz.


15 Septembre 03:15
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Nous venons juste d'annuler toutes les unités existantes et nous allons en créer des nouvelles d'ici peu. Veuillez remettre à zéro votre projet sur le manager boinc ou détacher puis rattacher le projet. Merci !


15 Septembre 4:00
Citer
Nous venons de créer 500 nouvelles unités. Veuillez remettre à zéro votre projet sur le manager boinc où détacher puis rattacher le projet pour se débarasser de toutes les anciennes unités invalides. Merci !


Donc il faut annuler toutes les anciennes unités puis recevoir les nouvelles.
En ce moment il y a  1113 unités prêtent à être envoyées


Hors ligne shann

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Réponse #19 le: 15 September 2006 à 19:31
Je viens de voir les stats du projet sur BoincStats, il semble que seuls les machines Linux arrivent à renvoyer des résultats valides
http://www.boincstats.com/stats/host_stats.php?pr=docking&st=0
J'ai réussi à renvoyer 2 résultats mais ils sont en erreur :(



Hors ligne jump400

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Réponse #20 le: 15 September 2006 à 19:50
Merci pour les stats, je ne pensais pas qu'elles étaient déjà dispo

Sinon, effectivement les premiers credits attribués l'ont été pour des linux. Mais avec des résultats en erreur  :pt1cable:

Je commence à avoir des wu windows correctement terminées (en pending)...



GGTF

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Réponse #21 le: 16 September 2006 à 20:03
Euh... question qui peut être bête : comment qu'on le trouve le code invitation ???



Hors ligne jump400

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Réponse #22 le: 16 September 2006 à 23:18
Citation de: GGTF
Euh... question qui peut être bête : comment qu'on le trouve le code invitation ???



"September 13, 2006 19:40:00  : Nous allons bientôt fermer les créations de comptes par invitation pour les machines Windows et linux. Les Mac Intel sont toujours les bienvenues car nous n'en avons encore pas assez. Veuillez ecrire un email à dockingadmin@utep.edu si vous avez un Mac Intel et voulez participer aux tests."

Donc hors Mac point de salut (pardon "invitation" )



Hors ligne Heyoka

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Réponse #23 le: 16 September 2006 à 23:28
Quand on s'est inscrit, le 13, il n'y avait pas encore besoin du code d'invitation


Hors ligne shann

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Réponse #24 le: 02 October 2006 à 07:39
Les inscriptions sont réouvertes.
il faut un code d'invitation qui est D@CKING
Dès qu'ils atteignent 170 utilisateurs ce sera à nouveau fermé
Alors allez-y !!