Sujet: Docking@home

[shann]

Un nouveau projet autour des proteines


Le lien du projet : http://docking.cis.udel.edu/

Résultats et processus de recherche Docking@Home

• Informations utiles sur le projet :
  
  Statut : beta test, actif
  Sur le site de L'AF : http://www.boinc-af.org/projets-sciences-de-la-vie/245-dockinghome.html
  Classement mondial de L'AF : http://fr.boincstats.com/stats/team_stats.php?pr=docking&st=0
  Temps de calcul et points de sauvegarde : http://wuprop.boinc-af.org/results.html
  
  

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27/02/2013 : Les unités de travail sur le VIH sont maintenant toutes calculées, les résultats renvoyés par les cruncheurs vont être analysés.

Les WU désormais envoyées par le projet Docking portent sur la trypsine.
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14/04/2014

Docking@Home is Retiring

Our Docking@Home adventure is coming to an end on May 23, 2014. Join us on our next challenge at ExSciTecH.


Docking  Home prend sa retraite

Notre aventure Docking@Home touche à sa fin le 23 mai 2014.

Rejoignez-nous sur notre prochain défi à ExSciTecH.

[Heyoka]

J'ais reçu 250 unités  , comme elle doivent durer entre 1 heures et 1h30, je vais avoir du mal à les finir en 5 Jours

[shann]

Ca fait partie des petits bonheurs des alpha tests

[jump400]

Ca m'a l'air interessant ce projet. j'en suis ...  

[Heyoka]

J'arrive à concentrer sur mon ordi 10% des unités en cours de traitement
http://docking.utep.edu/server_status.php

Plus que 1500 unités à prendre puisque le générateur d'unités ne fonctionne pas

[Heyoka]

Quelqu'un peut m'aider à traduire ça

Project Description

DAPLDS or Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System is a project that involves collaboration among the University of Texas - El Paso, The Scripps Research Institute (TSRI), and the University of California - Berkeley. This project, through implementation and use of a cyber tool, DAPLDS, that enables adaptive multi-scale modeling in a GC environment, will further knowledge of the atomic details of protein-ligand interactions and, by doing so, will accelerate the discovery of novel pharmaceuticals. The goals of the project are:

1. to explore the multi-scale nature of algorithmic adaptations in protein-ligand docking
2. to develop cyber infrastructures based on computational methods and models that efficiently accommodate these adaptations.

Learn more about the science and computer science behind the Docking@Home project.

Description du projet

DAPLDS ou Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System (dynamique adaptative d'amarrage d'un système Protéine-Ligand ) est un projet en collaboration entre l'université du Texas d'El Paso, l'institut de recherche Scripps (TSRI), et l'université de Californie - Berkeley. Le projet DAPLDS permet, par la mise en exécution et l'utilisation de l'outil internet, une modélisation adaptative multi-échelle dans un environnement de Chromatographie en phase gazeuse (GC), il promouvra la connaissance des détails atomiques des interactions protéine-ligand et, de ce fait, accélerera la découverte d'innovations pharmaceutiques. Les buts du projet sont :

1. D'explorer la nature multi-échelle des algorithmiques adaptés à l'amarrage protéine-ligand

2. De développer des infrastructures internet basées sur des méthodes et des modèles informatiques qui s'adapteront efficacement à ces adaptations.

Pour en Apprendre plus (en anglais) au sujet du contenu scientifique et informatique du projet Docking@Home.

[Heyoka]

Article sur le site Boinc-AF
Signalez moi toutes les erreurs

[jump400]

Création de compte déjà fermée  

September 13, 2006
Closed the account creation for now. We have enough windows users for testing. If you have an Intel-Mac or Linux machine write us an email at dockingadmin@utep.edu and we'll create an account for you. Please write down your comments, error reports and inputs in the forums and we'll get to the problems as soon as possible. Thanks!

d'aprés mes comptes, il doit y avoir en tout 77 participants. Combien sommes nous de l'AF ? pas encore visible malheureusement

[Heyoka]

Euh, vous aussi ça se termine par une erreur de calcul au bout de 7 heures de calcul  

Pourtant c'est marqué SUCESS dans le result ID

SUCCESS - Charmm exited with code 0.
Resolving file charmm.out...
Calling BOINC finish.




  1tng_mod0001_690_189279_0_2
  -131

[arnaud25]

Les Wus pour Linux sont bugguées: 15 min de calcul et

5.4.9

Calling BOINC init.
Starting charmm run...
ERROR - Charmm exited with code 1.
Calling BOINC finish.

Ils sont en train de chercher d'ou ca vient....... :sol:

[shann]

d'aprés mes comptes, il doit y avoir en tout 77 participants. Combien sommes nous de l'AF ? pas encore visible malheureusement

Nous sommes 5 dans l'AF

[Heyoka]

Qu'est ce qu'on fait, on laisse tourner les unités ou on les annules

We'll change this asap. Seems there is still a lot of debug info written to the logs that generate upload errors when they finish.    
Thanks  
Andre

It's our problem. We are writing too much debug info in the windoze app. We'll create a new app later today when the developer gets out of his class.

You can set the max file size in your prefs higher to make sure this doesn't happen for now.

Andre

[jump400]

Ce n'est pas [encore] complétement fermé, ils ont besoin de Macintosh (Intel). Il faut leur faire la demande par mail :

September 13, 2006 19:40:00
We'll close invited account creation soon for windows and linux machines. Intel Macs are still welcome as we don't have enough of them yet. Please write an email to dockingadmin@utep.edu if you have an Intel Mac and want to participate in the tests.

[jump400]

Qu'est ce qu'on fait, on laisse tourner les unités ou on les annules

You can set the max file size in your prefs higher to make sure this doesn't happen for now.

Andre

Si on peut contourner temporairement le pb en augmentant la taille maxi des fichiers, il n'y a pas besoin d'annuler...
Oui, mais ... non, j'ai aucune idée ou on change ça    et vous ?
je viens de passer les "general preferences" en revue, je ne vois rien  
Edit : C'est pas trés simple :

Stop boinc, open the client_state.xml with your favourite text editor and replace "1000000.000000" with "3000000.000000". That's it

- Arrêter Boinc
- Ouvrir client_state.xml (à la racine de boinc) avec un éditeur de texte
- remplacer : "1000000.000000" par "3000000.000000"  (à faire autant de fois qu'il y a de wus
- redémarrer Boinc  

J'ai essayé, mais ça n'a pas marché avec moi : dés le redémarrage de boinc, le fichier a été modifié et mes modifs perdues  

De toute façon l'équipe de Docking est sur le coup et teste une correction en ce moment

[Antares]

Salut Bolchoi,
Le lien que tu as indiqué sur le site Boinc-af.org mème sur la création de compte pour TANPAKU.
Je n'airrive pas à créer un compte!
Je vais essayer le mail indiqué plus haut.

[jump400]

Première stats ...

L'AF est première  
je suis le 2ème avec 11.80 crédits  
Arnaud est 5ème avec 4.62  

Il y a en tout 104 participants dont seulement 5 à l'AF. Boinc Synergy semble être la plus grosse équipe avec 18 participants

[BlackStar95]

apparemment les créations de comtes sont rouvertes mais un "Invitation Code" est nécessaire  

[jump400]

apparemment les créations de comtes sont rouvertes mais un "Invitation Code" est nécessaire  

September 13, 2006 19:40:00
We'll close invited account creation soon for windows and linux machines. Intel Macs are still welcome as we don't have enough of them yet. Please write an email to dockingadmin@utep.edu if you have an Intel Mac and want to participate in the tests.

je me tente à traduire   :
"Nous allons bientôt fermer les créations de comptes par invitation pour les machines Windows et linux. Les Mac Intel sont toujours les bienvenues car nous n'en avons encore pas assez. Veuillez ecrire un email à dockingadmin@utep.edu si vous avez un Mac Intel et voulez participer aux tests."
Donc hors Mac point de salut (pardon "invitation")
Je suppose que le code d'invitation est fourni en retour du mail de demande

[Heyoka]

15 Septembre 00:30

Ce soir, nous sommes très proches de déployer une correction de l'erreur -131 (MDT). Ceci signifie que nous allons décommander tous les unités existantes et nous allons vous demander de remettre à zéro votre projet (ou détacher/attacher). Toutes les nouvelles unités devraient durer environ 1 heure et demi comme mesuré sur un P4 3.2 gigahertz.

15 Septembre 03:15

Nous venons juste d'annuler toutes les unités existantes et nous allons en créer des nouvelles d'ici peu. Veuillez remettre à zéro votre projet sur le manager boinc ou détacher puis rattacher le projet. Merci !

15 Septembre 4:00

Nous venons de créer 500 nouvelles unités. Veuillez remettre à zéro votre projet sur le manager boinc où détacher puis rattacher le projet pour se débarasser de toutes les anciennes unités invalides. Merci !

Donc il faut annuler toutes les anciennes unités puis recevoir les nouvelles.
En ce moment il y a  1113 unités prêtent à être envoyées

[shann]

Je viens de voir les stats du projet sur BoincStats, il semble que seuls les machines Linux arrivent à renvoyer des résultats valides
http://www.boincstats.com/stats/host_stats.php?pr=docking&st=0
J'ai réussi à renvoyer 2 résultats mais ils sont en erreur

[jump400]

Merci pour les stats, je ne pensais pas qu'elles étaient déjà dispo

Sinon, effectivement les premiers credits attribués l'ont été pour des linux. Mais avec des résultats en erreur  

Je commence à avoir des wu windows correctement terminées (en pending)...

[GGTF]

Euh... question qui peut être bête : comment qu'on le trouve le code invitation ???

[jump400]

Euh... question qui peut être bête : comment qu'on le trouve le code invitation ???

"September 13, 2006 19:40:00  : Nous allons bientôt fermer les créations de comptes par invitation pour les machines Windows et linux. Les Mac Intel sont toujours les bienvenues car nous n'en avons encore pas assez. Veuillez ecrire un email à dockingadmin@utep.edu si vous avez un Mac Intel et voulez participer aux tests."

Donc hors Mac point de salut (pardon "invitation" )

[Heyoka]

Quand on s'est inscrit, le 13, il n'y avait pas encore besoin du code d'invitation

[shann]

Les inscriptions sont réouvertes.
il faut un code d'invitation qui est D@CKING
Dès qu'ils atteignent 170 utilisateurs ce sera à nouveau fermé
Alors allez-y !!