Auteur Sujet: Rosetta@home  (Lu 117404 fois)

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zOU

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Re : Rosetta@home
« Réponse #875 le: 12 mars 2017 à 07:33 »
102eme de l'AF, j'ai presque atteint mon objectif d'etre dans le top 100 :)

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modesti

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Re : Rosetta@home
« Réponse #876 le: 25 juin 2017 à 18:43 »
Message du 20/06/17:
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Rosetta@home: Outage notice
Outage notice. The project will be down for a day or so starting tomorrow as we transition to new servers using the latest BOINC server software.
20.06.17 01:00:00

Information de coupure. Le projet sera arrêté pendant environ un jour à partir de demain pendant que nous déménageons sur de nouveaux serveurs avec le dernier logiciel serveur de BOINC.

Apparemment, le déménagement est fait, car un de mes ordis a chopé de nouvelles UT.
Et du coup, il y a des clés faibles maintenant (qu'il n'y avait pas avant). C'est tout bon pour le compte générique :D

Viendez chez nous, cause qu'on est les meilleur(e)s :D


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Xe120

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Re : Rosetta@home
« Réponse #877 le: 21 octobre 2017 à 22:41 »
Y a de la news depuis le début du mois sur rosetta.
Pis même qu'ils disent qu'on est très fort et nous remercient beaucoup.  :coffeetime:

toTOW

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Re : Rosetta@home
« Réponse #878 le: 22 octobre 2017 à 00:10 »
Ils se sont toujours pas décidés à etre un peu plus généreux sur les points sur ce projet depuis le temps ?
FAH-Addict, première source d'information francophone sur le projet Folding@Home.

modesti

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Re : Rosetta@home
« Réponse #879 le: 22 octobre 2017 à 10:59 »
Ils se sont toujours pas décidés à etre un peu plus généreux sur les points sur ce projet depuis le temps ?

Grosso modo entre 21 et 28 pts/h sur i7 860. Ça s'est un peu arrangé, il me semble que ça tournait plutôt autour de 16 pts/h avant.
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/results.php?hostid=1673128&offset=0&show_names=0&state=4&appid=

En tout cas, ils ont mis le site à jour avec la dernière version du "package Boinc". Ça change!

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Re : Rosetta@home
« Réponse #880 le: 22 octobre 2017 à 15:27 »
C'est clair que ça change de l'ancienne page buguée qui revenait toujours en espagnol...

JeromeC

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Re : Rosetta@home
« Réponse #881 le: 16 janvier 2018 à 21:02 »
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

modesti

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Re : Rosetta@home
« Réponse #882 le: 28 avril 2018 à 12:13 »
Article découvert via le flux RSS de SG.
http://www.ipd.uw.edu/2018/04/open-philanthropy-project-awards-11-3-million-to-institute-for-protein-design-at-uw-medicine-to-unlock-the-secrets-of-proteins-and-seek-a-universal-flu-vaccine/

Open Philanthropy Project attribue 11,3 millions de dollars à l'Institute for Protein Design de l'UW Medicine.

Gift recherche un vaccin antigrippal universel et fera progresser le logiciel Rosetta.       

Seattle - L'Institute for Protein Design (IPD) de l'UW Medicine à Seattle a reçu 11,3 millions de dollars du Open Philanthropy Project pour soutenir la révolution technologique de l'institut dans la conception de protéines et soutenir ses travaux sur le développement d'un vaccin universel contre la grippe.

L'Open Philanthropy Project est basé à San Francisco, Californie. Le cadeau est :

  • L'une des plus importantes récompenses du Open Philanthropy Project dans le domaine des sciences à ce jour.
  • Son premier cadeau scientifique dans la région de Seattle.
  • Son premier investissement chez UW Medicine.

Le cadeau vient en deux parties :

  • 5,6 millions de dollars pour raffiner et faire progresser Rosetta, la plateforme logicielle pour la conception de protéines initialement développée à UW.
  • 5,7 millions de dollars pour le programme de l'Institut visant à mettre au point un vaccin universel contre la grippe.

"Nous sommes enthousiastes à l'idée d'aider à faire avancer la science d'une façon jamais vue auparavant avec les protéines, qui sont essentielles à la vie. Cette subvention reconnaît que UW Medicine est à l'avant-garde dans le déverrouillage des clés de l'utilisation des protéines en milieu médical ", affirme Chris Somerville, agent de programme pour la recherche scientifique au Open Philanthropy Project. "Le vaccin universel contre la grippe est un casse-tête difficile à casser, mais David Baker a montré qu'il est capable de faire œuvre de pionnier dans la recherche scientifique qui change la vie. Qu'un vaccin antigrippal universel soit mis au point ou non, ce don permettra d'élaborer des techniques et des technologies qui feront progresser la science et auront une grande variété d'implications en médecine et dans l'industrie.

Les protéines sont les chevaux de travail de toutes les créatures vivantes, suivant les instructions de l'ADN. Les protéines existantes sont les produits de milliards d'années d'évolution et remplissent toutes les fonctions importantes de notre corps : digérer les aliments, construire les tissus, transporter l'oxygène à travers la circulation sanguine, diviser les cellules, tirer les neurones et alimenter les muscles.

"Ce don accélère une révolution technologique dans la conception des protéines. Notre équipe peut maintenant concevoir des protéines sur mesure à partir de zéro, créant des molécules entièrement nouvelles qui peuvent être utilisées pour de nouveaux traitements, de nouveaux diagnostics et de nouveaux biomatériaux. Le généreux don de l'Open Philanthropy Project transformera notre capacité à concevoir des protéines à partir de zéro ", a déclaré David Baker, directeur de l'institut ainsi que professeur de biochimie à la faculté de médecine de l'Université de Washington et chercheur de l'Howard Hughes Medical Institute. Baker est le Henrietta and Aubrey Davis Endowed Professor in Biochemistry.

Conception informatisée de protéines


Ce don permettra d'accélérer les efforts de l'institut pour faire progresser la conception de protéines sur ordinateur avec le logiciel Rosetta développé à l'origine dans le laboratoire de Baker. M. Baker a dit que le don transformera la capacité de l'institut à concevoir des protéines sur ordinateur, à les tester en créant les protéines réelles dans le laboratoire, puis à répéter le processus à une échelle énorme. "En accélérant ce cycle de conception, de construction et d'essais, nous serons en mesure d'améliorer systématiquement les méthodes de conception des protéines ", a dit M. Baker.

Les résultats et le nouveau logiciel Rosetta seront partagés avec la communauté scientifique par le biais de Rosetta Commons. Le Rosetta Commons est une collaboration fondée par Baker avec près de 100 développeurs de 23 universités et laboratoires qui contribuent régulièrement et partagent le code source de Rosetta, actuellement plus de 3 millions de lignes.

Ce projet est réalisé en collaboration avec Frank DiMaio, professeur adjoint de biochimie à la faculté de médecine de l'Université de Washington.

Vaccin universel contre la grippe

Les vaccins antigrippaux actuels sont destinés à protéger uniquement contre les souches actuellement en circulation, ce qui exige que les vaccins soient reformulés chaque année au fur et à mesure que le virus mute, et ne sont que partiellement protecteurs. Avec l'appui du Open Philanthropy Project, Baker et ses collaborateurs, Neil King et David Veesler, tous deux professeurs adjoints de biochimie à l'École de médecine de l'Université de Washington, dirigeront un effort pour concevoir des vaccins candidats universels contre la grippe qui offrent une protection durable contre de multiples souches de virus, y compris les souches qui ont le potentiel de provoquer des flambées pandémiques. Les vaccins candidats seront basés sur la technologie des nanoparticules de protéines auto-assemblées que Baker et King ont développée. Pour s'assurer que les candidats vaccins sont testés de manière approfondie et efficace, ils travailleront en étroite collaboration avec les groupes du Dr Barney Graham et du Dr Masaru Kanekiyo au Centre de recherche sur les vaccins du National Institute of Allergy and Infectious Diseases des National Institutes of Health.

L'objectif est de concevoir un vaccin à nanoparticules qui peut déclencher une réponse immunitaire efficace contre de nombreuses souches de grippe existantes ainsi que de nouvelles souches qui pourraient apparaître à l'avenir. Les chercheurs espèrent qu'un tel vaccin universel ne devrait pas être administré plus de tous les cinq ans, ce qui mettrait fin à la nécessité de vaccinations annuelles contre la grippe.

L'Institute for Protein Design, fondé en 2012 à l'UW Medicine à Seattle, est un centre de recherche qui se concentre sur la création de protéines sur mesure pour améliorer la santé humaine et relever les défis du 21e siècle dans les domaines de la médecine, de l'énergie, de l'industrie et de la technologie. Dans le corps humain, les protéines sont des chaînes d'acides aminés dirigées par des gènes pour exécuter des fonctions vitales essentielles dans chaque cellule, y compris dans le cerveau, les muscles et les organes internes. Les protéines ont également des implications pour la conception de nouveaux matériaux en dehors du corps humain, tels que de nouveaux types de fibres. L'équipe de 120 professeurs, membres du personnel, boursiers postdoctoraux et étudiants diplômés de l'Institut travaillent à la conception de protéines entièrement nouvelles pour créer, par exemple, de nouveaux vaccins et traitements plus sûrs et plus puissants pour prévenir ou traiter les personnes atteintes de maladies graves. L'institut a réuni quelques-uns des meilleurs experts mondiaux en protéomique, en informatique, en biochimie et structure biologique, en pharmacologie, en immunologie et en médecine clinique.

A propos de l'Open Philanthropy Project

L'Open Philanthropy Project identifie les possibilités de dons exceptionnels, accorde des subventions, suit les résultats et publie ses conclusions. Ses principaux bailleurs de fonds sont Cari Tuna et Dustin Moskovitz, co-fondateur de Facebook et Asana.

Voir les nouvelles dans la salle de presse de l'UW Medicine. Pour plus d'informations sur l'IPD, regardez cette vidéo !

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (par JeromeC)

Texte original:
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Open Philanthropy Project Awards $11.3 Million to Institute for Protein Design at UW Medicine

Gift seeks universal flu vaccine and will advance Rosetta software       

Seattle — The Institute for Protein Design (IPD) at UW Medicine in Seattle has been awarded $11.3 million from the Open Philanthropy Project to support the institute’s technological revolution in protein design and support its work on the development of a universal flu vaccine.

The Open Philanthropy Project is based in San Francisco, California. The gift is:

    • One of Open Philanthropy Project’s largest awards in the sciences to date.
    • Its first scientific gift in the Seattle area.
    • Its first investment at UW Medicine.

The gift comes in two parts:

    • $5.6 million to refine and advance Rosetta, the software platform for protein design originally developed at UW
    • $5.7 million for the institute’s program to develop a universal flu vaccine.

“We’re excited to help move science forward in ways not seen before with proteins, which are essential to life. This grant recognizes that UW Medicine is at the forefront of unlocking the keys to the use of proteins in medical settings,” says Chris Somerville, a Program Officer for Scientific Research at the Open Philanthropy Project. “The universal flu vaccine is a tough nut to crack, but David Baker has shown the ability to pioneer life-changing scientific research. It’s exciting that whether a universal flu vaccine is developed or not, this gift will build techniques and technologies that will advance science and have a huge variety of implications in medicine and industry.”

Proteins are the workhorses of all living creatures, fulfilling the instructions of DNA. Existing proteins are the products of billions of years of evolution and carry out all the important functions in our body—digesting food, building tissue, transporting oxygen through the bloodstream, dividing cells, firing neurons, and powering muscles.

“This gift is speeding up a technological revolution in how we design proteins. Our team can now custom design proteins from scratch, creating entirely novel molecules that can be used for new treatments, new diagnostics and new biomaterials. The Open Philanthropy Project’s generous gift will transform our ability to design proteins from scratch,” said David Baker, the institute’s director as well as professor of biochemistry at the University of Washington School of Medicine and Howard Hughes Medical Institute investigator. Baker is the Henrietta and Aubrey Davis Endowed Professor in Biochemistry.

Computer-based protein design

The gift will accelerate the institute’s efforts to advance protein design on computers with the Rosetta software originally developed in Baker’s lab. Baker said the gift will transform’s the institute’s ability to design proteins on computers, test them by creating the actual proteins in the lab, and then repeat the process at an enormous scale. “By speeding up this cycle of design, building and testing, we will be able to systematically improve protein design methods,” Baker said.

The results and new Rosetta software will be shared with the scientific community through the Rosetta Commons. The Rosetta Commons is a collaboration founded by  Baker with almost 100 developers from 23 universities and laboratories who regularly contribute to and share the Rosetta source code, currently over 3 million lines.

This project is in collaboration with Frank DiMaio, assistant professor of biochemistry at the University of Washington School of Medicine.

Universal flu vaccine

Current flu vaccines are intended to protect only against currently circulating strains, requiring the vaccines to be reformulated every year as the virus mutates, and are only partially protective. With Open Philanthropy Project support, Baker and his collaborators, Neil King and David Veesler, both assistant professors of biochemistry at the University of Washington School of Medicine, will be leading an effort to design universal flu vaccine candidates that provide durable protection against multiple virus strains, including strains that have the potential to cause pandemic outbreaks. The vaccine candidates will be based on the self-assembling protein nanoparticle technology Baker and King have developed. To ensure that the vaccine candidates are thoroughly and efficiently tested, they will work in close collaboration with the groups of Dr. Barney Graham and Dr. Masaru Kanekiyo at the Vaccine Research Center of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases at the National Institutes of Health.

The goal is to design a nanoparticle vaccine that can trigger an effective immune response to many existing flu strains as well as new strains that might appear in the future. Researchers hope such a universal vaccine might need to be administered no more than every five years, ending the need for annual flu vaccinations.

The Institute for Protein Design, founded in 2012 at UW Medicine in Seattle, is a research center that focuses on creating custom-designed proteins to improve human health and address 21st-century challenges in medicine, energy, industry and technology. In the human body, proteins are chains of amino acids directed by genes to perform essential life functions in every cell including in the brain, muscles and internal organs. Proteins also have implications for the design of new materials outside of the human body such as new kinds of fibers. The institute’s team of 120 faculty, staff, postdoctoral fellows and graduate students work on designing entirely novel proteins from scratch to create, for example, new, safer and more potent vaccines and therapeutics to prevent or treat people with serious diseases. The institute has assembled some of the world’s top experts in protein science, computer science, biochemistry and biological structure, pharmacology, immunology and clinical medicine.

About the Open Philanthropy Project

The Open Philanthropy Project identifies outstanding giving opportunities, makes grants, follows the results, and publishes its findings. Its main funders are Cari Tuna and Dustin Moskovitz, a co-founder of Facebook and Asana.

See news in UW Medicine Newsroom. For more information on the IPD check out this video!

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Maeda

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Re : Rosetta@home
« Réponse #883 le: 02 mai 2018 à 23:56 »
Plantages des Rosetta 4.07 sur les récents noyaux Linux (par exemple Archlinux, noyau en version 4.16.4-1, avec glibc 2.27.
Une recompilation de l'application Rosetta semble nécessaire.

D'autres ont le problème ?

P.S. : s'ils ne se bougent pas rapidement, ça va vite se plaindre, WCG par exemple est déjà touché.

toTOW

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Re : Rosetta@home
« Réponse #884 le: 03 mai 2018 à 12:08 »
Je crois qu'il y a une option de boot à ajouter pour que ça marche ... mais je ne sais pas laquelle ...
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Maeda

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Re : Rosetta@home
« Réponse #885 le: 03 mai 2018 à 13:14 »
Oui, celle-ci, mais ce n'est pas une solution, ça réactive des failles systèmes...

[AF] fansyl

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Re : Rosetta@home
« Réponse #886 le: 14 mai 2018 à 22:21 »
Vraiment une très bonne nouvelle ce don ! Aussi bien pour Rosetta que pour les autres projets bio qui réutilisent parfois le code, comme MIP du WCG si je ne me trompe pas.

 :hello:
Je crunche dans le silence et c'est ma joie !
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