Auteur Sujet: Rosetta@home  (Lu 129283 fois)

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xavier59

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Rosetta@home
« Réponse #50 le: 28 avril 2006 à 15:24 »
Un des membres de l'Alliance a recement fait une decouverte :

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April 4, 2006 - 1hz6_FA_RLX_hom015

    * [AF>FRANCE>Est>IDF>EDLS] Mephisto94   (Team L'Alliance Francophone)


http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_top_predictions.php

Joli !!!!  :jap:

Voila qui va encourager les participant de l'alliance !!! (j'aimerais bien faire parti des decouvreurs  :bounce: )

mandrake

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Rosetta@home
« Réponse #51 le: 28 avril 2006 à 17:16 »
On l'a même cité dans les infos publiées sur le portail

http://www.boinc-af.org/index.php?option=com_content&task=view&id=120&Itemid=170
Que la magie passe ...

Heyoka

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Rosetta@home
« Réponse #52 le: 28 avril 2006 à 22:23 »
Pour en savoir plus sur Rosetta, une interview du Dr. David Baker fait par la team Picard
http://www.teampicard.com/profiles/Interview.php?id=4

Heyoka

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Rosetta@home
« Réponse #53 le: 05 mai 2006 à 12:59 »
Interview du Dr. David Baker
de Rosetta@home
Université de Washington
28 Avril 2006 - Interview n°4
Projet Boinc qui vise à déterminer la  structure des protéines

http://www.teampicard.com/profiles/Interview.php?id=4





Team Picard:  Quel est le but de Rosseta@Home?
DaveBaker:  C'est de prédire les structures des protéines naturelles, et de créer de toute pièce de nouvelles protéines ayant des principes actifs nouveaux et utiles  

TP:  Le projet et le programme est-il baptisé du nom de la pierre de Rosette? Pourquoi avez-vous chosis Rosetta comme nom?  
DB:  C'est Kim Simons, un étudiant agrégé qui a écrit la première version de Rosetta (il y a bien longtemps), c'est lui qui a choisi le nom basé sur la pierre de Rosette.  Le programme visait à déchiffrer la "signification" du code génétique des acides aminés d'une protéine.
 
TP:  Le programme que le projet exécute par l'intermédiaire du programme de BOINC s'appelle également Rosetta, et est libre pour l'usage scolaire.  Qui l'emploie autrement?
DB:  Il y a des centaines de chercheurs étudiant dans le domaine des protéines à travers le monde qui utilisent rosetta .

TP:  Est-il vrai que plus vous faites tourner cette simulation pour une protéine , et plus vous rapprocher au maximum de la forme la plus précise de l'identité de la protéine naturelle?  Pourquoi?
DB:  Oui.  Car il est plus probable que nous trouvions la plus basse structure d'énergie.  Le projet nécessite de simuler le pliage d'une protéine un nombre important de fois afin de trouver la séquence d'acide aminé ayant une structure nécessitant le minimum d'énergie.  Puisque la structure réelle est la séquence ayant la plus basse structure d'énergie, la plus basse structure d'énergie trouvée devrait être une représentation très précise de la forme de la protéine.  La forme de la protéine détermine la manière dont elle agit en interaction avec les autres protéines, ou encore qu'elle est sa fonction réelle .

TP:  J'ai lu qu'il est possible de découvrir la forme exacte des protéines.  En fait vous les avez comparé à vos résultats trouvés grâce à la simulation pour vous assurer que vos modèles sont précis.  Pourquoi pas simplement déterminer des formes de protéine expérimentalement?  
DB:  Bonne question.  Cela coûte plus de 100.000 dollars (85.000 euros) pour résoudre la structure d'une protéine, et souvent beaucoup d'années de travail.  

TP:  D'accords, laissons de coté la science pendant une minute, parlez nous du projet. Il y a actuellement deux projets qui tournent sur BOINC?  Pourquoi avez-vous lancé Ralph?  

DB:  Ceci est dû au fait que nous essayons continuellement d'améliorer de manière scientifique Rosetta, ainsi que pour mettre en application les souhaits émis par les utilisateurs. de ce fait le programme évolue très souvent, et nous avons eu besoin d'un projet spécifique pour examiner de nouvelles versions du programme sur une petite échelle avec les utilisateurs qui ne s'occupent pas des erreurs que celà peut occasionner.

TP:  De combien de membre est composé votre équipe ?
DB:  Nous sommes actuellement cinq pour dévellopper rosetta@home.

TP:  Vous cherchez activement de nouveaux utilisateurs pour participer au projet.  Je suppose que c'est parce que vos résultats sont meilleurs avec une utilisation plus intensive.  Si chaque nouveau volontaire avait un nouvel ordinateur allumé 24 heures sur 24, sept jours sur sept, de combien de nouveaux utilisateurs auriez-vous besoin?  Si on pouvait exaucer ici et maintenant tout vos souhaits que demanderiez vous?  
DB:  Oui, il nous faudrait beaucoup plus d'utilisateurs, parce que le calcul des structures de grandes protéines exige beaucoup plus de puissance que vous nous accordés actuellement (rappel Rosetta est actuellement proche des 30 teraflops).  Nous nous somme fixé un objectif de 150 teraflops, qui serait 5 à 10 fois plus important que la puissance du projet actuel ceci pourrait être réalisé par 100.000 nouveaux utilisateurs à temps plein. Mais en réalité, pour un objectif plus ambitieux en ce qui concerne la biologie structurale, qui aurait un impact énorme sur le monde, même ceci ne serait pas assez.  Mais le projet continuera pendant un certain nombre années, je prévois, ainsi ce n'est pas trop mal si quelques problèmes ne peuvent pas être résolus en ce moment!  

TP:  Votre page internet attire l'attention.  Vous avez beaucoup d'information mis à disposition de nouveaux utilisateurs pour les tenir au courant de ce que vous faites et ce jusqu'à quelques descriptions très techniques sur ce qui va être fait.  Pourquoi avez-vous décidé de mettre à disposition plus de documentations que les autres projets de calcul partagé?  
DB:  Nous avons voulu mettre à dispostion des gens le maximum de documentation au sujet de ce que nous faisons et dans quel but.  

TP:  Dites-moi au sujet de votre page des "meilleures prédictions".  Qu'est-ce que c'est, pourquoi existe t'elle?
DB:  C'est une partie très importante du site car elle montre les résultats que nous obtenons et comment les gens contribuent aux résultats.  Je renvoie à cette page du site d'autres scientifiques qui veulent se renseigner sur l'état actuel de la prévision de structure de protéine.  

TP:  Comment en êtes vous arrivé à choisir le calcul partagé?
DB:  Au vu des résultats de notre groupe l'année dernière nous nous somme dit que nous pourrions accomplir des progrès signficatifs dans le domaine des prévisions de structure de protéine si nous disposions d'une quantité beaucoup plus grande en terme de puissance de calcul.  Mais il n'y avait tout simplement aucune manière de mesurer notre puissance de calcul individuel de manière significative.  J'avais entendu parler du calcul partagé de par les professeurs Charlie Brooks (Predictor) et Vijay Pande (Folding@home) que je vois de temps à autre.

TP:  Comment BOINC a-t-il mis en place votre projet?  Auriez-vous lancé un projet de calcul partagé sans lui?
DB:  BOINC a été d'une aide inestimable!!  Je ne sais pas si nous aurions pu
 en être arrivé là sans lui.  Je pense que David Anderson et l'équipe de développement de Boinc ont apporté une contribution énorme à notre projet  

TP:  Avez-vous rencontré des problèmes en utilisant la plateforme de BOINC?  
DB:  Non.

TP:  Je trouve que c'est important d'aider les jeunes à s'intéresser aux maths et la Science.  Si vous étiez un professeur et vous vouliez faire tourner ce projet dans la salle informatique de votre lycée en tant que complément aux cours de biologie, comment présenteriez-vous votre projet dans un cours de base de biologie?  Les concepts peuvent être assez durs à comprendre pour un jeune.
DB:  J'en conviens.  Je pense que le projet pourrait être présenté dans un cours de biologie au lycée ou dans des salles informatiques. L'image du plus bas point d'altitude sur un paysage compliqué est je pense le meilleure moyen d'expliquer nos recherches à une large assisatnce (j'ai d'ailleurs essayé de faire comprendre ceci sur la page Web de rosetta@home).  

TP:  Addressés vous aux jeunes, quels types de travaux avez-vous faits?  De quelles études avez-vous eu besoin pour arriver au niveau que vous avez atteinds aujourd'hui?  
DB:  J'ai obtenu une thèse et j'ai fait quelques années de travail postdoctoral avant de devenir un professeur à l'Université de Washington il y a environ 13 ans.  

TP:  Qu'est-ce que peut faire la communauté du calcul partagé (des projets,les utilisateurs et les équipes qui participent aux projets) pour rendre accessible ce passe-temps à tout les utilisateur moyen en informatique?  
DB:  Excellente question -- j'aimerais bien connaitre la réponse!  

TP:  Quels types de choses faites-vous quand vous n'êtes pas au travail?  
DB:  J'ai deux gosses et je passe l'essentiel de mes temps libres avec ma famille.  Nous essayons d'aller en montagnes nous ballader et skier aussi souvent que possible.  

TP:  Vous essayez de poster fréquemmentsur le message board de votre forum.  Que vous incite à faire ceci?
DB:  Beaucoup d'utilisateurs demandent plus de rétroactivité sur la façon dont le projet évolue, et c'est le mimimum que je puisse faire pour remercier les gens de la magnifique contribution qu'ils apportent au projet!!  

TP:  Ce n'est qu'un début que cette interview du projet Rosetta@Home.  Dans les prochaines semaines d'autres membres seront ici pour parler avec nous, nous satisferont ainsi les questions que vous souhaiteriez que je leur pose, et elles seront présentes dans la prochaine interview.  Pour celà vous pouvez utiliser cette forme de contact qui n'exige pas de s'enregistrer sur le forum.  Pour finir, nous voudrions remercier tout spécialement le Dr. David Baker d'avoir pris le temps sur son programme chargé de répondre à nos quelques questions.

Click

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Rosetta@home
« Réponse #54 le: 05 mai 2006 à 21:25 »
Merci a l'AF et a Mr Baker pour cette interview très rafraîchissante.
Encore bravo, continuez  :jap:

Amicalement, Alex.

arnaud25

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« Réponse #55 le: 10 mai 2006 à 09:05 »
vous avez recu la newsletter Rosetta ?
Rosetta a besoin de plus de puissance CPU avec le demarrage du CASP.
Quelque chose est prévu au niveau de l'Alliance ? (genre un petit fight avec une grosse équipe pour motiver les troupes) :D

jump400

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« Réponse #56 le: 10 mai 2006 à 10:26 »
Citation de: arnaud25
vous avez recu la newsletter Rosetta ?
Rosetta a besoin de plus de puissance CPU avec le demarrage du CASP.
Quelque chose est prévu au niveau de l'Alliance ? (genre un petit fight avec une grosse équipe pour motiver les troupes) :D


Peux-tu la publier ici, stp ? ou alors un lien (je n'ai pas trouvé sur le site Rosetta)
Merci

mandrake

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« Réponse #57 le: 10 mai 2006 à 11:08 »
sinon tu peux la publier sur le portail :)
Que la magie passe ...

arnaud25

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« Réponse #58 le: 10 mai 2006 à 12:28 »
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Dear Rosetta@home Participants,   A wonderful aspect of Rosetta@home for me has been the marvelous contributions of the many dedicated volunteers around the world. We are about to begin the 7th biennial CASP Structure Prediction Experiment and from May 10th until August 1st our need for computing power will be even greater. In a bid to solicit more of your 'crunching time', R@H volunteers have put together the following letter which we are sending to all participants. With all of your collective efforts it should be possible to do wonders!   Thank you!     David Baker
Rosetta@home logo

Dear Rosetta@home Contributors,
We are writing you to thank you for donating your computer time to Rosetta@home. We'd also like to bring you an update on recent improvements as well as ask for your help during this year's Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP7).

Rosetta@home is working to develop software to accurately predict the folding structure of proteins, which is a key function in developing cures for diseases such as AIDS, cancer, and Alzheimer's. The Rosetta software is used by other scientists and distributed computing projects. Any improvement we can make in this project will benefit other scientists and projects as well.


Cutting-Edge Research with an all new Application package

The Rosetta@home science application has improved greatly in recent weeks. We now have "smarter" software and new techniques which help find the best structures faster. We have also released a number of new features:

   
  • Work unit runtimes based on preference setting can minimize your internet use.
       
  • More frequent saves (checkpointing), means more science output and more credits for you and your team.
       
  • The "Watchdog" keeps work flowing by ending work units that appear stuck or hung.
       
  • All work units will receive credit even if they return late or with an error result.


All these improvements guarantee a problem-free and most useful contribution of your valuable computer time.


CASP7 is here - Be part of the competition and the winning team!
Dr. David Baker - the lead scientist of the project

There are many science teams working on protein studies, and every 2 years they conduct a contest of sorts, to define the current state-of-the-art. Now the 2006 event is underway, and you can help. CASP will present proteins no one has ever seen before and ask the research teams to give their best structure predictions for this computationally intense problem. We are very hopeful the improved Rosetta software, now with the added power of distributed computing, will again find the most accurate predictions.

CASP7 runs from May 10th to August 1st. The more computing power we apply, the better the predictions become. Please be sure to run Rosetta@home, at least during the three month period of the competition. Read more about CASP7, and check for published results on the Rosetta@home website through the end of the year.


Be a part of the project team with new information and user recognition

A number of new informational features have been added to help you participate with the research team:

   
  • "Dr. Baker's science journal" where the project's lead scientist posts regular updates and project news.
       
  • Work Unit information describes the proteins and tests being performed for each work unit type.
       
  • The Application Version Log explains new features and scientific improvements in the application.

    The project staff is very responsive to questions and suggestions and is working to incorporate them into Rosetta application improvements.


    What you can do to help

       
  • If you discontinued Rosetta for any reason, please attach again and you will find the application improvements have resolved the problems many were having.
       
  • Dedicate a greater resource share to Rosetta, at least during CASP7.
  • Attach additional computers to the project.
  • Contact your friends and teammates and help them learn more about Rosetta so they will want to crunch more too. Here is a simple explanation you might use.
       
  • If you are a member of a team, please ask for more Rosetta processing time on your team message boards.


Thank you for your past participation, and we hope you can provide additional support to Rosetta@home in the future.

    Mark, Joachim, Gerry and the Rosetta@home volunteers

P.S.: Still not convinced? Take a look at "10 reasons why I support Rosetta@home and you should too."

P.P.S.: Your account preferences suggest that you wouldn't mind recieving our rare newsletters. If this is not true, you can 'opt-out' of future mailings by changing the "Should Rosetta@home send you email newsletters?" setting in your account preferences here: Rosetta@home preferences


edit doug: j'ai fait la mise en page

Douglas Riper

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« Réponse #59 le: 10 mai 2006 à 13:25 »
j'ai normalement publié qsur boinc-af.org mais bon je ne la trouve pas :whistle:

arnaud25

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« Réponse #60 le: 10 mai 2006 à 13:55 »
Tu as oublié de cliquer sur la croix "publier en page d'accueil"...?

mandrake

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« Réponse #61 le: 10 mai 2006 à 15:37 »
il a verrouillé sa page :p
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Douglas Riper

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« Réponse #62 le: 11 mai 2006 à 13:18 »
'chui un deglingos des fois :o
merci a celui qui l'a publiée :jap:

Jacquominot

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« Réponse #63 le: 11 mai 2006 à 16:16 »
Bonjour à tous,
Je la trouve bien tranquille la team rosetta de l'AF.
Pas trop de fight avec les autres, pas mal d'utilisateurs qui font des credits et puis plus rien.
Avec mon seul 2800+ je suis toujours dans le top10, depassez moi que diantre lol.

En tout cas ca me fait bien plaisir d'être dans une équipe telle que celle la car il y a la notoriété et la sympathie entre participants.
(Mamouth bouge pas j'arrive derrièere toi même si tu n'es plus la)

mamouth

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« Réponse #64 le: 12 mai 2006 à 08:19 »
Citation de: Jacquominot
Bonjour à tous,

(Mamouth bouge pas j'arrive derrièere toi même si tu n'es plus la)



Je termine les WU du S4 sur einstein ( j'avais une petite envie de crèdits ) puis je retourne sur rosetta

Sinon on vient de terminer une fight avec l'équipe des Clanger ( fight gagnée bien sur )

thomas

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« Réponse #65 le: 12 mai 2006 à 17:52 »
je suis sur rosetta moi aussi :p et j'ai pas couper :p

et toc !

arnaud25

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« Réponse #66 le: 30 mai 2006 à 22:17 »
Un article dans le journal Seattle times
Il a l'air cool David !!!

thomas

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« Réponse #67 le: 31 mai 2006 à 19:23 »
y avais pas un client optimisé pour Rosetta ?

BlackStar95

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« Réponse #68 le: 31 mai 2006 à 19:40 »
Y en a pour Seti, Einstein, dènierement pour SZTAKI et Simap, mais à ma connaissance aucun pour Rosetta
Phenom@2.6Ghz (Overclock) ; nVidia 9500GT ; 2Go | Mandriva 2009.1 x86_64

thomas

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« Réponse #69 le: 31 mai 2006 à 19:43 »
En faite je sais pas lire .. confond einstein et Rosetta moi .. :/

arnaud25

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« Réponse #70 le: 03 juin 2006 à 20:28 »
Une conférence donnée par David Baker où il explique le sujet de ses recherches:
http://norfolk.cs.washington.edu/htbin-post/unrestricted/colloq/details.cgi?id=449

thomas

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« Réponse #71 le: 03 juin 2006 à 21:22 »
je pige rien a l'anglais :'(


Jacquominot

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« Réponse #72 le: 03 juin 2006 à 21:53 »
j'ai du mal sur rosetta en ce moment. D'habitude je suis a 400credits par jour et depuis deux semaines je suis qu'a 250 max du coup je descend au classement c po cool.
Quelqu'un sait pourquoi?

thomas

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Rosetta@home
« Réponse #73 le: 03 juin 2006 à 22:02 »
je sais pas, moi je continue de monté, je passe a 1040 la

ordralfabetix

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« Réponse #74 le: 03 juin 2006 à 22:24 »
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Jacquominot a dit
D'habitude je suis a 400credits par jour et depuis deux semaines je suis qu'a 250 max

T'es allé voir si t'as pas du retard dans les pending credit?
 ;)