Auteur Sujet: Rosetta@home  (Lu 135380 fois)

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mamouth

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Rosetta@home
« Réponse #25 le: 25 septembre 2005 à 22:41 »
même problème , regarder mes logs

24/09/2005 17:44:03||Suspending computation and network activity - running CPU benchmarks
24/09/2005 17:44:03|rosetta@home|Pausing result 1pvaA_abrelax_20533_0 (removed from memory)
24/09/2005 17:44:03|rosetta@home|Pausing result 1pvaA_abrelax_23518_0 (removed from memory)
24/09/2005 17:44:04|rosetta@home|Unrecoverable error for result 1pvaA_abrelax_20533_0 ( - exit code -1073741819 (0xc0000005))
24/09/2005 17:44:04|rosetta@home|Unrecoverable error for result 1pvaA_abrelax_23518_0 ( - exit code -1073741819 (0xc0000005))
24/09/2005 17:44:04||request_reschedule_cpus: process exited
24/09/2005 17:44:05||Running CPU benchmarks
24/09/2005 17:45:02||Benchmark results:
24/09/2005 17:45:02||   Number of CPUs: 2
24/09/2005 17:45:02||   1451 double precision MIPS (Whetstone) per CPU
24/09/2005 17:45:02||   2094 integer MIPS (Dhrystone) per CPU
24/09/2005 17:45:02||Finished CPU benchmarks
24/09/2005 17:45:02||Resuming computation and network activity
24/09/2005 17:45:02||request_reschedule_cpus: Resuming activities
24/09/2005 17:45:02|rosetta@home|Deferring communication with project for 2 seconds
24/09/2005 17:45:02|rosetta@home|Computation for result 1pvaA_abrelax_20533_0 finished
24/09/2005 17:45:02|rosetta@home|Computation for result 1pvaA_abrelax_23518_0 finished
24/09/2005 17:45:02|LHC@home|Restarting result wjun4B_v6s4hhpac_mqx__16__64.2764_59.2927__4_6__6__30_1_sixvf_boinc20913_3 using sixtrack version 4.67
24/09/2005 17:45:02|LHC@home|Restarting result wjun4B_v6s4hhpac_mqx__18__64.2784_59.2947__6_8__6__50_1_sixvf_boinc23820_5 using sixtrack version 4.67


Apparemment rosetta ne gére pas bien le "partage" de projets

une nouvelle version de rosetta est sortie et la durèe  des Wu grandemant diminuée

yannva

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« Réponse #26 le: 25 septembre 2005 à 22:53 »
je viens de tenter un reset du projet : on verra demain....

symaski62

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« Réponse #27 le: 25 septembre 2005 à 23:17 »
Citation de: mamouth
même problème , regarder mes logs

24/09/2005 17:44:03||Suspending computation and network activity - running CPU benchmarks
24/09/2005 17:44:03|rosetta@home|Pausing result 1pvaA_abrelax_20533_0 (removed from memory)
24/09/2005 17:44:03|rosetta@home|Pausing result 1pvaA_abrelax_23518_0 (removed from memory)
24/09/2005 17:44:04|rosetta@home|Unrecoverable error for result 1pvaA_abrelax_20533_0 ( - exit code -1073741819 (0xc0000005))
24/09/2005 17:44:04|rosetta@home|Unrecoverable error for result 1pvaA_abrelax_23518_0 ( - exit code -1073741819 (0xc0000005))
24/09/2005 17:44:04||request_reschedule_cpus: process exited
24/09/2005 17:44:05||Running CPU benchmarks
24/09/2005 17:45:02||Benchmark results:
24/09/2005 17:45:02||   Number of CPUs: 2
24/09/2005 17:45:02||   1451 double precision MIPS (Whetstone) per CPU
24/09/2005 17:45:02||   2094 integer MIPS (Dhrystone) per CPU
24/09/2005 17:45:02||Finished CPU benchmarks
24/09/2005 17:45:02||Resuming computation and network activity
24/09/2005 17:45:02||request_reschedule_cpus: Resuming activities
24/09/2005 17:45:02|rosetta@home|Deferring communication with project for 2 seconds
24/09/2005 17:45:02|rosetta@home|Computation for result 1pvaA_abrelax_20533_0 finished
24/09/2005 17:45:02|rosetta@home|Computation for result 1pvaA_abrelax_23518_0 finished
24/09/2005 17:45:02|LHC@home|Restarting result wjun4B_v6s4hhpac_mqx__16__64.2764_59.2927__4_6__6__30_1_sixvf_boinc20913_3 using sixtrack version 4.67
24/09/2005 17:45:02|LHC@home|Restarting result wjun4B_v6s4hhpac_mqx__18__64.2784_59.2947__6_8__6__50_1_sixvf_boinc23820_5 using sixtrack version 4.67


Apparemment rosetta ne gére pas bien le "partage" de projets

une nouvelle version de rosetta est sortie et la durèe  des Wu grandemant diminuée


ok
 envoyer  :)

à un handicap général de 80% et il fait beaucoup d'efforts pour la communauté et pour s'expimer, merci d'être compréhensif.

raphcl

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« Réponse #28 le: 26 septembre 2005 à 02:38 »
Citer
robetta,
Forum moderator,
Project administrator

Both projects are similar in that both are trying to improve methods for protein structure prediction. Rosetta@home includes protein design and prediction of complexes. Rosetta@home uses a software package called Rosetta, which has been proven to be one of the best methods out there for protein structure prediction in repeated CASP experiments (See our About page). Rosetta is also being used for the Human Proteome Folding Project, which is trying to predict folds for many proteins in the human genome. While they, in collaboration with us, are applying Rosetta to the human genome and other genomes like malaria (P falciparum), we are trying to conduct research to make it better. David Baker's work has been published in today's issue of Science. It is exciting work. Thank you for your interest in helping our and similar projects, like Predictor@home!!!

Source :  http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=7

raphcl

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« Réponse #29 le: 26 septembre 2005 à 02:41 »
Sur la page cite ci-dessus, on dispose d'un peu plus d'informations sur le projet Rosetta.
Le but est donc le meme, etudier la structure tertiaire ( repliement physique de la proteine ), mais la methode change.

Citation de: raphcl
J'ai l'impression que il existait deja un logiciel nomme "HMMSTR/Rosetta Prediction" qui etudiait la structure tertiaire d'une protéine. Mais qui n'avait rien a voir avec le calcul distribue, son but etant l'etude et la visualisation pour les chercheurs.
Voici le site : http://pole-modelisation.univ-bpclermont.fr/prive/fiches_HTML/hmmrosetta.html
 

D'apres ce que j'ai lu, le projet Rosetta@home se baserais bien sur le systeme du logiciel nomme "HMMSTR/Rosetta Prediction".

raphcl

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« Réponse #30 le: 26 septembre 2005 à 02:56 »
Dans le gestionnaire de taches je vois que Rosetta prend souvent 145mo de mémoire vive.
Sans doute pour cela que sur leur site, il est marque que un PC avec 512mo de RAM est recommande.

raphcl

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« Réponse #31 le: 06 octobre 2005 à 19:42 »
Dans une news recente sur le site de Rosetta, on apprend que le projet est fin pret pour fonctionner sous BOINC 5.xx

mamouth

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« Réponse #32 le: 09 novembre 2005 à 13:31 »
Très intérressant ce projet

je vous encourage à l'essayer, surtout que l'AF est un peu à la traine

Les scientifiques sont très impliqués dans le projet ils postent presque tous les jours sur les forums
dès qu'il y a un problème ou un résultat positif on est avertit c'est une belle communauté qui est en train de se former

Une autre raison de participer c'est que la science avance aujourd'hui le chef de projet a posté un message expliquant que son équipe a fait une découverte intèressante ce week end.

arnaud25

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« Réponse #33 le: 22 novembre 2005 à 16:57 »
Des graphiques pour Rosetta viennent d'apparaître:


jmb59

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« Réponse #34 le: 22 novembre 2005 à 20:19 »
jolis graphiques.
t'as bougé quand t'as pris la photo ? :D

arnaud25

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« Réponse #35 le: 22 novembre 2005 à 20:35 »
C'est pas moi, mais un membre de l'équipe CNT (tchèque) :p

mamouth

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« Réponse #36 le: 29 novembre 2005 à 10:11 »
Credits last 24h  :   1,002,650

Le million de crédits par jour est dépassé

Les graphiques sont passé du statut Béta à production

arnaud25

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« Réponse #37 le: 28 janvier 2006 à 11:31 »
Ouverture d'une page Science news qui explique les travaux en cours et les résultats obtenus.

Heyoka

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« Réponse #38 le: 10 mars 2006 à 17:15 »
4 nouveaux découvreur mis en ligne le 9 mars.
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_top_predictions.php
Les heureux gagnant sont:
Dalephi    (Team TeAm AnandTech)
jacekko    (Team Rosetta@Poland)
Team_Gaol~Christian    (Team Dutch Power Cows)
LocalBusinessMen    (Team XtremeSystems)


Personne de l'AF  :(

philmo

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« Réponse #39 le: 10 mars 2006 à 23:38 »
On est clairement à la traine... :(

popolito

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« Réponse #40 le: 31 mars 2006 à 19:55 »
Je n'ai que 256mo de RAM donc rosetta sur la touche... :(
Tu aimes Mathematica®, t'es un noob en informatique ou tu t'ennuies, c'est le moment d'aller sur HEImicro.

Heyoka

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« Réponse #41 le: 31 mars 2006 à 19:57 »
Citation de: popolito
Je n'ai que 256mo de RAM donc rosetta sur la touche... :(


Essaye Simap, ça demande moins de RAM :)

popolito

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« Réponse #42 le: 01 avril 2006 à 14:21 »
Citation de: Heyoka
Essaye Simap, ça demande moins de RAM :)

Ouais, je me suis rabattu là-dessus  :bounce:
Tu aimes Mathematica®, t'es un noob en informatique ou tu t'ennuies, c'est le moment d'aller sur HEImicro.

doux reveur

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« Réponse #43 le: 21 avril 2006 à 20:51 »
Je suis sur world community grid et sur rosetta.Comment ça se passe pour les crédits?Sont-ils pris en compte pour world community grid ou dans mes stats pour rosetta?et pour boincstats?

doux reveur

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Rosetta@home
« Réponse #44 le: 25 avril 2006 à 14:51 »
Encore moi!Voila le problème:je me suis réinscrit au projet rosetta mais maintenant le projet m'attribue 2 ordinateurs alors que je n'en ai qu'un.En plus,y'a pas de lien pour "merger".Comment faire?
 :??:

jump400

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« Réponse #45 le: 25 avril 2006 à 15:06 »
Rosetta a desactivé le 22/3 la fonction de merge suite à des pb techniques :

Citer
March 22, 2006
Recently our database server has been crushed repeatedly resulting in webserver slowdowns. Tracking all of this down has been a real challenge. This AM it was noticed that during every slowdown someone was trying to 'merge' two client hosts. After eliminating everything else as a possibility we were left to wonder if this merging of hosts could really be a problem. After disasterously wasteful searching of many unrelated issues, it was discovered that SETI@home had this very problem last month [see the entry for February 1, 2006 on the SETI@home Technical News Page]. We have disabled host merges until we can upgrade the database software.

source : http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_technical_news.php

Je ne pense pas que cela pose de reel pb d'avoir une machine recensée comme 2 (ou plus). Cela n'impact que les stats de la machine

doux reveur

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« Réponse #46 le: 25 avril 2006 à 19:38 »
ok!

mandrake

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« Réponse #47 le: 25 avril 2006 à 20:19 »
Pourquoi réinscrit ?
Que la magie passe ...

doux reveur

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« Réponse #48 le: 25 avril 2006 à 20:49 »
Tu as raison,j'aurais du dire ré-attacher.Je m'étais détaché car je participe à wcg qui travaille notamment pour rosetta et fah donc c'était un moyen de libérer du temps pour d'autres projets...
Seulement pas assez de wus sous wcg alors maintenant je fais les deux.

mandrake

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« Réponse #49 le: 25 avril 2006 à 21:52 »
pour libérer du temps pour les autres projets il suffit de cliquer sur le bouton suspendre quand tu as sélectionné WCG ou Rosetta.
Que la magie passe ...