Déjà, le gmx, fourni par apt install gromacs sur ubuntu 16.04, si on fait gmx --version, ça donne:
GROMACS version: VERSION 5.1.2
Precision: single
Memory model: 64 bit
MPI library: thread_mpi
OpenMP support: enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 32)
GPU support: disabled
OpenCL support: disabled
invsqrt routine: gmx_software_invsqrt(x)
SIMD instructions: SSE2
FFT library: fftw-3.3.4-sse2-avx
RDTSCP usage: enabled
C++11 compilation: enabled
TNG support: enabled
Tracing support: disabled
Built on:
Built by: buildd@debian [CMAKE]
Build OS/arch: Linux x86_64
...
GPU support: disabled
OpenCL support: disabled
Euh, pas de gpu, pas d'opencl, comment il fait alors pour utiliser 30% de ma gpu
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Y a un rpm (fedora) gromacs-opencl, mais je vais pas me prendre la tête avec ça, je vais essayer la compil sur la machine qui a la r9 280x qui peut pas faire de cuda de toutes façons, et où je n'ai donc pas installé gromacs.
Edit: bien sûr sot que je suis, c'est le fichier gmx_16_x86_64-pc-linux-gnu__cuda23 qui se trouve dans le répertoire du projet, mais il fait l'impasse sur ce fichier dans son explication. Installer Gromacs n'avait d'intérêt que pour des librairies éventuellement manquantes, pff
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