Sujet: DrugDiscovery@home

[Maurice Goulois]

Déjà, le gmx, fourni par apt install gromacs sur ubuntu 16.04, si on fait gmx --version, ça donne:

Code: [Sélectionner]

GROMACS version:    VERSION 5.1.2
Precision:          single
Memory model:       64 bit
MPI library:        thread_mpi
OpenMP support:     enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 32)
GPU support:        disabled
OpenCL support:     disabled
invsqrt routine:    gmx_software_invsqrt(x)
SIMD instructions:  SSE2
FFT library:        fftw-3.3.4-sse2-avx
RDTSCP usage:       enabled
C++11 compilation:  enabled
TNG support:        enabled
Tracing support:    disabled
Built on:
Built by:           buildd@debian [CMAKE]
Build OS/arch:      Linux x86_64

...

GPU support:        disabled
OpenCL support:     disabled
Euh, pas de gpu, pas d'opencl, comment il fait alors pour utiliser 30% de ma gpu 

Y a un rpm (fedora) gromacs-opencl, mais je vais pas me prendre la tête avec ça, je vais essayer la compil sur la machine qui a la r9 280x qui peut pas faire de cuda de toutes façons, et où je n'ai donc pas installé gromacs.

Edit: bien sûr sot que je suis, c'est le fichier gmx_16_x86_64-pc-linux-gnu__cuda23 qui se trouve dans le répertoire du projet, mais il fait l'impasse sur ce fichier dans son explication. Installer Gromacs n'avait d'intérêt que pour des librairies éventuellement manquantes, pff

[damotbe]

je suis curieux avec leur histoire de wallet, smart conttract,  d'Ethereum blockchain et tout et tout...
C'est quoi la monnaie qu'on a dans le wallet ?

Du coup, j’enquête et je vais essayer de tester Ethereum (le réseau, pas le minage) et Mist (apparemment une interface pour Ethereum....).
Je vous tiens au jus si je trouve quelque chose d'intéressant pour récupérer les Tokens qui valent très probablement rien 

[Maurice Goulois]

Mauvais plan pour opencl pour la r9 280x, la config utilise déjà un pilote made in dev (pseudo fglrx) et la compil à besoin de l'opencl toolkit, prise de tête assurée, je vais attendre un peu avant de tout casser 

Pour la machine avec la GTX 1060, j'ai fait l'install de cuda 9 toolkit en passant par nvidia; ça m'a installé au passage le pilote 384.81

A suivre...

Edit: ça m'a aussi foutu le souk dans la config X qui me charge nouveau malgré tous les blacklist et autres... pas grave, ça crunche quand même 

Edit2: j'ai eu le plaisir de rencontrer le bug d'ubuntu 16.04 qui m'empêche de signer les modules (sur une machine non EFI) avec les utilitaires fournis qui n'existent pas en version non EFI  Il faudrait que je compile le noyau et les prochaines versions du noyau moi-même avec les bonnes options. J'attendrais d'avoir le temps de mettre cette machine sous Gentoo 

[JulienL]

Salut j'ai vu qu'il fallait mettre un wallet pour obtenir c'est fameux token es ce quelqu'un c'est quelle wallet faut t'il ? un pour les bitcoin? ou autre monai ?

[damotbe]

ce sont des Token de la blockchain Ethereum. J'ai installé Mist, j'ai entré le code du Token, il faut maintenant que ça se synchronise avec la blockchain, apparemment une quinzaine de Go à télécharger... to be continued   

[nafrayou]

et bien il y a de l animation ici c est dernier temps ....................

j attend la réponse de damotbe avant d envoyer mes GPU dans cette histoire !

[JulienL]

ce sont des Token de la blockchain Ethereum. J'ai installé Mist, j'ai entré le code du Token, il faut maintenant que ça se synchronise avec la blockchain, apparemment une quinzaine de Go à télécharger... to be continued   

ok donc je vais test de me faire un wallet pour ethereum puis je verai bien mais sa me parrai bizarre qu'il offre des Tokens gratuitement , je trouve sa louche j'espère qu'il ce cache pas derrière DrugDiscovery pour nous faire miner de la cryptomonai

[PhilTheNet]

Effectivement affaire à suivre...

[damotbe]

Bon bah, rien ne se passe au sujet des tokens... Probablement un test pour voir comment fonctionne les "smarts contracts" et autres Tokens.

En gros, le minage concerne les Ethereum, mais n'importe qui peut créer des Tokens associés à la blockchain. Ceux qui vérfie la cohérence du truc (les mineurs gagnent des ethereums), les autres gagnent des Tokens propres au projet auquel il participe (stockage, jeu, hébergement, etc...). Du coup, en faisant du Gromacs Pour DrugDiscovery, on gagne des tokens  DrugDiscovery qui n'ont aucune valeur, vu qu'il s'agit d'un projet qui ne génère pas de "marché" ni levée de fond ou autre joyeuseté économico-masturbatoire...
Bref, ça utilise la blockchain pour que notre score en Token soit gravée à tout jamais dans l'histoire de la blockchain (qui peut être perçues comme une base de donnée distribuée et sécurisée blablabla).

C'est pas bête comme concept ! mais j'imagine que l'admin à d'autres chats à fouetter 

[toTOW]

Pour en revenir au sujet, Gromacs en GPU ça a toujours été assez foireux et peu efficace. C'est d'ailleurs pour ça que Stanford ne l'ai pas utilisé et a préféré développer OpenMM pour le GPU.

Gromacs marche par contre très bien sur CPU en SMP en utilisant le multi thread. Par contre en multi processus avec MPI, c'était pas fameux non plus).

[PhilTheNet]

Drugdiscovery Gpu part en erreur au bout de 0 secondes... il y a une biblio à charger ?

Merci d'avance pour la réponse.

 

Si Erreur 195 c'est un dll manquant:
"The program can't start because MSVCP110.dll is missing from your computer".

 

[Sébastien]

Drugdiscovery Gpu part en erreur au bout de 0 secondes... il y a une biblio à charger ?

Merci d'avance pour la réponse.

 

Sous Windows, le GPU doit être compatible CUDA 2.3 et le CPU doit accepter les instruction AVX256: https://boinc.drugdiscoveryathome.com/forum_thread.php?id=2108&postid=5001

[DocPhilou1966]

90 % des UT's que j'ai reçues sont parties en erreur. Les valides n'apparaissent plus sur mon compte.

<core_client_version>7.8.2</core_client_version>
<![CDATA[
<message>
(unknown error) - exit code -148 (0xffffff6c)
</message>
<stderr_txt>
21:43:48 (1380): wrapper (7.9.26016): starting
21:43:48 (1380): wrapper: running gmx.exe (mdrun -nt 1 -deffnm md -gpu_id 1)
can't run app: Acc&#232;s refus&#233;.

 (0x5)
Error: command is '"gmx.exe" mdrun -nt 1 -deffnm md -gpu_id 1'
Error: exec_dir is ''
21:44:22 (1380): called boinc_finish(-148)

</stderr_txt>
]]>

[DocPhilou1966]

Merci pour l'info 

Vais redémarrer tout le bazar aujourd'hui
Hier j'ai du en annuler une qui a tourné > 24h, et est passée de 99,415 % à 9,75 % en 4 ou 5h

Mais si j'ai bonne mémoire : c'est du BETA, et quelqu'un a fait référence au développeur
qui utilisait CUDA alors que OpenCL semblerait plus adapté pour le soft qu'il utilise ?

Enfin, pour moi, c'est du chinois

Si ça ne marche pas, on se remettra sur GPUGRID

 

[Maurice Goulois]

Sous Windows GPU-Z est universellement adopté

[Maurice Goulois]

C'est la capacité de calcul de la carte, j'ai répondu un peu trop vite essaie plutôt cuda-z qui indique aussi la version cuda du pilote 

Edit: C'est vraiment du test; l'admin change pas mal de choses en cours, pas "stable" pour le moment  (y a d'un côté les limitations et contraintes de gromacs et de l'autre le choix du développeur du projet pour son appli). J'ai qu'une machine qui réponds aux crritères du projet: Intel E2670 + Nvidia GTX 1060, ubuntu 16.04 + cuda 9

A priori CC 3.0 ça devrait suffire.

[Sébastien]

Ton CPU ne supporte pas les instruction AVX 

[Maurice Goulois]

Pas vraiment, l'admin/dev va devoir faire pas mal de tests et erreurs avant de maitriser.

Par curiosité, j'ai ajouté ma machine principale win7 x64, amd fx8350 + gtx 970, et pour l'instant ce passe bien; un coeur utilisé et entre 33% et 45% d'utilisation de la gpu. A suivre, le temps que ça termine et valide, ou pas 

[Maurice Goulois]

Ton CPU ne supporte pas les instruction AVX 

Oui, y a pas mal de contraintes sur cette appli 

[Maurice Goulois]

Dommage

Alors, pour info, test windows ok.

Mais crédits toujours dans le bizarre 

Code: [Sélectionner]

fx8350 + gtx970, win64: temps cpu 31 909,26 crédits 49 555,46
E2670 + gtx1060, linux64: ------- 25 904,00 ------- 16 655,14
 

[JulienL]

Bon j'ai pas encore reçus de token pourtant j'ai bien mis on wallet j'attend je verrai bien faut peut être un certain montant

[Maurice Goulois]

C'est une fonctionnalité en test, typiquement le genre de choses qu'un admin peut activer/désactiver sans crier gare.

[damotbe]

Quand on regarde sur les explorateurs de blockchain, on se rend compte qu'il n'y a pas de transaction de Token depuis plus de 250jours. Je pense que c'est au moins en pause