Auteur Sujet: DrugDiscovery@home  (Lu 77224 fois)

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Jakez Sulli

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #450 le: 17 février 2017 à 07:51 »
« La connaissance s'acquiert par l'expérience, tout le reste n'est que de l'information.» - Albert Einstein
 

naz

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #451 le: 19 février 2017 à 12:45 »
Du coup ils sont où ces fameux badges?

Xe120

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #452 le: 04 avril 2017 à 17:09 »
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Apologise
Due to some fraud made by part of the team, Me and Goofyx decides to cancel our activity on this project and finish all cooperation with rest of the team.
So, apologise to all volunteers but we had lost half year of work here, and I'm afraid than you too :(

Apologise...

Très mauvaise nouvelle, le projet a été fermé par les administrateurs.
Apparemment la plateforme SONM.IO avec laquelle ils avaient un accord, les a écarté pour utiliser leur travail pour monter un projet de scam pour collecter de l'argent.
L'application était compilée par un admin donc pas de soucis au niveau des calculs effectués, ils sont juste perdus.
 :/

modesti

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #453 le: 12 avril 2017 à 20:37 »
Trouvé chez nos amis de SG:
THIS IS OFFICIAL STATEMENT FROM ANDREY VORONKOV, Lead of DrugDiscovery@home project and former lead of SONM project.

Dear Community members, project SONM was started by me and Sergey Ponomarev during summer 2016. The initial idea of the project was to build it on BOINC platform and develop P2P BOINC technology. Therefore Krzysztof Piszczek and Krzysztof Faryna were invited to make both DrugDiscovery@home and SONM project. DrugDiscovery@home was supposed to be a prototype for SONM project. However, during interaction of our lead developer Krzysztof Piszczek and SONM CTO Sergey Ponomarev different views on technology have started to arise. Sergey Ponomarev has decided to avoid BOINC usage further. As a CEO I tried to unite the team, rather than identify the issue as soon as possible. That was my mistake. Early stage separation of team into two could be a solution. This has led to current team separation. I am convinced that team of Sergey Ponomarev, Alexey Antonov and other team members (russian part basically) can make a successful ICO and a valuable decentralised general-purpose computing platform SONM. Therefore I have signed an agreement with them, which upgrade our technological map and invite new members in the SONM platform.
Project DrugDiscovery@home exists since 2009. Until now the team of Krzysztof Piszczek and Krzysztof Faryna were the best BOINC administrators team, which was managing the project. However, as a CEO I did a mistake and invited the same team into two different projects, which raised issues with another part of the team in the second project. The second project, where our colleagues from Poland were involved was SONM.
Krzysztof Piszczek and Krzysztof Faryna were mostly involved in DrugDiscovery@home project and therefore are very welcome to proceed with its development. All rights on scripts, related to DrugDiscovery@home project are transferred by Sergey Ponomarev to the project DrugDiscovery@home and its team (Krzysztof Piszczek and Krzysztof Faryna). I am ready and happy to ask Krzysztof Piszczek and Krzysztof Faryna to continue their work on DrugDiscovery@home and ready to transfer to them a leading role in DrugDiscovery@home project instead of me.
All efforts and suggestions from BOINC and Blockchain communities to unite the team and prevent destruction of the projects are welcome!

Pas le temps (ni la tête) pour traduire là, mais en gros:
Andrey Voronkov et Sergey Ponomarev ont lancé le projet SONM en 2016. Ils ont invité Krzysztof Piszczek et Krzysztof Faryna pour faire les projets DrugDiscovery et SONM, le premier devant être un prototype pour le 2e. Mais au cours de la collaboration il y a eu des points de vue différents quant à la technologie à utiliser. Au lieu de tenter d'identifier la source du problème, A. Voronkov a laissé les choses en l'état jusqu'à la séparation des équipes des deux projets.
Pour A. Voronkov les deux Krzysztof sont la meilleure équipe d'admins Boinc à gérer le projet DrugDiscovery depuis ses débuts en 2009. Il voudrait bien qu'ils continuent à gérer le projet à sa place et tous les droits sur les scripts etc. en rapport avec le projet sont transférés au projet et à son équipe (les deux Krzysztof).
Toutes les suggestions des communautés Boinc et Blockchain sont les bienvenues pour unir l'équipe et prévenir une destruction des projets.

Viendez chez nous, cause qu'on est les meilleur(e)s :D


In memoriam Jip

JeromeC

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #454 le: 13 avril 2017 à 12:14 »
==> https://boinc.drugdiscoveryathome.com/forum_thread.php?id=2091

ça commence par les polonais qui disent "on est parti car ils sont très méchants avec nous" mais le russe intervient aussi et dit "c'est pas comme ça" et en gros le russe dit que c'est eux (les polonais) qui ont rompu les accords et ont eu des actions dommageables pour le projet.

Bref un joli sac de nœuds.
Parce que c'était lui, parce que c'était moi.

fzs600

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #455 le: 12 juillet 2017 à 06:46 »
DrugDiscovery@Home is back : https://boinc.drugdiscoveryathome.com/forum_thread.php?id=2093&postid=4858#4858

 :hyperbon:
Citer
   12 Jul 2017, 1:08:46 UTC    12 Jul 2017, 4:46:40 UTC    Completed and validated    33.95    29.75    0.25    smina_mol2 v0.04
x86_64-pc-linux-gnu

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #456 le: 01 août 2017 à 16:40 »
 :hyperbon:

MortelKni

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #457 le: 22 août 2017 à 19:53 »
Bonsoir !

Petite question concernant le lien entre ce projet et Digital BioPharm ? Pas trop de risque de cruncher juste pour les beaux yeux du labo ?

Fixe : R9 3900X, RTX 2080, 32GB ram, W10
Fixe de secours :  i7 6700k, GTX 970, 16GB ram, W10

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #458 le: 17 octobre 2017 à 23:50 »
 :kookoo:
Nouvelle application pour le projet :

gromacs pour gpu nVidia sous OS MS Win et GNU/Linux

N.B. nécessite l'installation de du paquet gromacs pour GNU/Linux.

Bon  :hyperbon:

PC ; GNU/Linux ubuntu-mate 20.04 LTS (focal) - AMD FX8350 x8 - 32Go DDR3 - GTX 1060 et GTX 1080 Ti
Raspberry Pi : RaspBian (dérivé de Debian Wheezy) - ARMv6 - carte flash SD 8Go

Maurice Goulois

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #459 le: 19 octobre 2017 à 07:09 »
Curieux :)

Sur la même machine, deux tâches d'à peu près 24000 sec, la première récolte 228 970 pts, la seconde 19 439 pts, ils utilisent New Credit  :??:

Pas trouvé de remarques à ce sujet dans leur fofo pour l'instant.
« Modifié: 19 octobre 2017 à 07:14 par Maurice Goulois »

[AF>Libristes] Pascal

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #460 le: 19 octobre 2017 à 07:30 »
Je suppose que l'une a été calculée sur GPU, l'autre uniquement sur CPU. :)

PC ; GNU/Linux ubuntu-mate 20.04 LTS (focal) - AMD FX8350 x8 - 32Go DDR3 - GTX 1060 et GTX 1080 Ti
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Maurice Goulois

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #461 le: 19 octobre 2017 à 07:46 »
C'est très confus, dans chaque tâche:

Running on 1 node with total 8 cores, 16 logical cores, 1 compatible GPU
Hardware detected:
  CPU info:
    Vendor: Intel
    Brand:  Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2670 0 @ 2.60GHz
    SIMD instructions most likely to fit this hardware: AVX_256
    SIMD instructions selected at GROMACS compile time: SSE2

  Hardware topology: Basic
  GPU info:
    Number of GPUs detected: 1
    #0: NVIDIA GeForce GTX 1060 3GB, compute cap.: 6.1, ECC:  no, stat: compatible

Compiled SIMD instructions: SSE2, GROMACS could use AVX_256 on this machine, which is better.

Ça fait penser qu'il a préféré utiliser le cpu plutôt que la GTX-1060. WTF !!! (les deux tâches ont la même durée à 1000 s près)

J'ai lu qu'il faut cuda 8, mais rien n'indique que c'est un problème de version de cuda  :priz2tet:

Edit: bon après balade sur le fil gromacs gpu, il semble qu'il ne soit pas vraiment mûr :), mais ça n'explique pas les différences de crédits  :coffeetime:
« Modifié: 19 octobre 2017 à 08:02 par Maurice Goulois »

Maurice Goulois

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #462 le: 19 octobre 2017 à 08:11 »
30% utilisation de la GPU  :cpopossib:

+-----------------------------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 375.66                 Driver Version: 375.66                    |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU  Name        Persistence-M| Bus-Id        Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan  Temp  Perf  Pwr:Usage/Cap|         Memory-Usage | GPU-Util  Compute M. |
|===============================+======================+======================|
|   0  GeForce GTX 106...  Off  | 0000:03:00.0     Off |                  N/A |
| 36%   51C    P2    39W / 120W |     77MiB /  3012MiB |     30%      Default |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+

+-----------------------------------------------------------------------------+
| Processes:                                                       GPU Memory |
|  GPU       PID  Type  Process name                               Usage      |
|=============================================================================|
|    0     28065    C   gmx                                             75MiB |
+-----------------------------------------------------------------------------+

Ça a l'air de démarrer avec ce pilote 375, je me demande si le besoin de cuda 8 est effectif.

Edit: les release notes de gromacs 5.1.2 qui est le paquet par défaut de ubuntu 16.04 LTS parlent du support de cuda 9, pas d'un prérequis.
« Modifié: 19 octobre 2017 à 08:28 par Maurice Goulois »

PhilTheNet

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #463 le: 19 octobre 2017 à 08:29 »
UC 1:
12331773    11648812    7115    18 Oct 2017, 7:21:05 UTC    19 Oct 2017, 3:17:54 UTC    Terminé et validé    36,751.55    36,620.20    9,838.47    gromacs v0.23 (cuda23)
windows_x86_64

UC 2:
12313798    11707911    9934    18 Oct 2017, 6:17:50 UTC    18 Oct 2017, 16:42:09 UTC    Terminé et validé    36,661.97    36,532.38    43,391.56    gromacs v0.23 (cuda23)
windows_x86_64

55% d'utilisation du GPU sur UC1 (GTX850M)

 :/


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Maurice Goulois

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #464 le: 19 octobre 2017 à 08:30 »
Oui, ça a encore du chemin à faire, mais c'est là, c'est un début  :D

Même ceux qui ont fait l'effort de mettre à jour leurs drivers pour cuda 8 ont des perfs similaires, c'est un gromacs beta, sisi  :desole:
« Modifié: 19 octobre 2017 à 08:34 par Maurice Goulois »

DocPhilou1966

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #465 le: 19 octobre 2017 à 08:35 »
 :hello:

Chez moi ça donne ça :

Impossible de faire tourner sur 2 GPU (NB CUDA 23 ?)
Reçu 69 UT dont 65 parties en erreur

Et côté crédits pour les 4 qui sont passées :

PS Dans le compte, il y a une rubrique "Tokens to withdraw (prototype!)" :  :??:

Citer
12565664    11649331    2718    18 Oct 2017, 20:09:10 UTC    19 Oct 2017, 3:39:32 UTC    Terminé et validé    26,929.61    26,678.90    58,597.14    gromacs v0.23 (cuda23)
windows_x86_64
12421590    11650354    2718    18 Oct 2017, 12:25:51 UTC    18 Oct 2017, 20:08:58 UTC    Terminé et validé    27,696.12    24,045.56    60,265.02    gromacs v0.23 (cuda23)
windows_x86_64
12276526    11651994    2718    18 Oct 2017, 1:17:33 UTC    18 Oct 2017, 15:01:37 UTC    Terminé et validé    49,303.29    32,390.11    1,072,808.59    gromacs v0.23 (cuda23)
windows_x86_64
12255337    11708170    2718    18 Oct 2017, 1:17:33 UTC    18 Oct 2017, 11:50:47 UTC    Terminé et validé    37,892.30    24,492.95    824,512.66    gromacs v0.23 (cuda23)
windows_x86_64
« Modifié: 19 octobre 2017 à 08:37 par DocPhilou1966 »
 
13800346^131072+1   935,840 (decimal)   2019-01-27 Generalized Fermat Prime Search

Maurice Goulois

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #466 le: 19 octobre 2017 à 08:38 »
Au moins ont plutôt gâtés côté crédits, c'est pour compenser la phase de galères initiales  :lol:

PhilTheNet

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #467 le: 19 octobre 2017 à 08:44 »
Pour les erreurs 195 c'est un dll manquant:
"The program can't start because MSVCP110.dll is missing from your computer".

 :kookoo:


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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #468 le: 19 octobre 2017 à 08:48 »
Pour les tokens, c'est de la cryptomonnaie que tu es sensé pouvoir transférer dans un porte-monnaie "numérique" (wallet).

Ils annoncent ça dans ce groupe Google (première référence que j'ai trouvé vite fait).

C'est l'influence de Gridcoin :)

damotbe

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #469 le: 19 octobre 2017 à 08:50 »
1 GPU user-selected for this run.
Mapping of GPU ID to the 1 PP rank in this node: 0


NOTE: GROMACS was configured without NVML support hence it can not exploit
      application clocks of the detected Tesla K20m GPU to improve performance.
      Recompile with the NVML library (compatible with the driver used) or set application clocks manually.


NOTE: Thread affinity setting failed. This can cause performance degradation.
      If you think your settings are correct, ask on the gmx-users list.


ça explique la mauvaise occupation GPU...
Les crédits sont étranges !

Maurice Goulois

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Re : Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #470 le: 19 octobre 2017 à 08:54 »
Pour les erreurs 195 c'est un dll manquant:
"The program can't start because MSVCP110.dll is missing from your computer".

 :kookoo:

Va télécharger et installer Redistribuable Visual C++ pour Visual Studio 2012 Update 4 , qui manque ou a eu un problème.

Maurice Goulois

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Re : Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #471 le: 19 octobre 2017 à 09:00 »
...
ça explique la mauvaise occupation GPU...
Les crédits sont étranges !

Gromacs c'est un de ces outils avec un nombre astronomique d'options de compilation et de paramètres, sans parler des fichiers de conf éventuels (usine à gaz  :desole:)

Je prévois un certain temps pour que ça s'améliore voire même un temps certain  :D

Les crédits sont folkloriques, c'est pas le premier délire qu'on connait :lol:
« Modifié: 19 octobre 2017 à 09:02 par Maurice Goulois »

fzs600

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #472 le: 19 octobre 2017 à 09:17 »
 :o
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État: Tous (353) · En cours (92) · Validation en attente (0) · Validation non concluante (0) · Valide (4) · Invalide (0) · Erreur (257)
Application: All (353) · gromacs (353) · smina_mol2 (0) · smina_pdbqt (0) · smina_sdf (0) · vina (0)

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Maurice Goulois

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #473 le: 19 octobre 2017 à 09:39 »
Carrément  :/ je viens juste de reprendre, on va voir  :coffeetime:

Maurice Goulois

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Re : DrugDiscovery@home
« Réponse #474 le: 19 octobre 2017 à 09:42 »
Je me demande pourquoi cuda alors que https://streamhpc.com/blog/2014-11-01/ported-gromacs-cuda-opencl/

Edit: paf, Krzysztof a posté ça le 18,  Linux Gromacs compilation, simple dit-il  :lol:, je vais voir si j'ai envie d'essayer
« Modifié: 19 octobre 2017 à 09:52 par Maurice Goulois »