Auteur Sujet: POEM@HOME  (Lu 127861 fois)

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Damien

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POEM@HOME
« le: 17 octobre 2007 à 14:34 »

POEM@HOME est un projet allemand sur la prédiction de la structure des protéines.



un peu plus de détail ici : http://boinc-af.org/projets-sciences-de-la-vie/806-poemhome.html

L'URL du projet: http://boinc.fzk.de/poem/

applications Windows et Linux CPU et GPU...




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Seules les unités CPU sont véritablement celles du projet, les unités GPU sont proposées par l'administrateur du projet pour des recherches personnelles, dans un domaine dont il n'est pas spécialiste, sur le pentacène qui peut indirectement avoir des retombées biomédicales, par exemple sur la plaque amyloïde.

Le projet POEM nous proposera bien un jour des WU biomédicales calculables sur cartes graphiques, mais à une date pour l'instant indéterminée.

EDIT MODO Ce sujet a été scindé pour Astuces pour les applications GPU au 7/07/2012 il y a un nouveau sujet


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22/01/2015

Citer
POEM++ 2.17 Released

 The new POEM@HOME version is now live. Both CPU and OpenCL versions have been updated.
 In combination with the release, we also started three new types of GPU work units. Special thanks go to Vladimir Tankovich, whose GPU code made this possible.
 Important: If you configured your client to run multiple GPU jobs on a single ATI card, jobs may fail. We are still investigating in this case. If you get this error, please adjust your settings to only run one POEM job per GPU in the meantime.

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6/12/2013


Citer
NewsPOEM++ OpenCL Announcement

 The POEM++ OpenCL project 'gpucrystal' is going to be finalized soon. In other words no more work units will be created, and as soon as the circulating jobs are finished, the queue will run dry.
 
 We are currently working on a follow-up project, which will start in January 2014, accompanied by a new POEM release.
 
 Thank you all for contributing your GPU power to this project. Please use this POEM OpenCL rest period to support other great projects in the BOINC network.
 I'm looking forward to see your GPU back at POEM next year.
 
 POEM++ OpenCL Ankündigung

 Das POEM++ OpenCL Projekt 'gpucrystal' wird demnächst abgeschlossen. Das bedeutet keine weiteren Workunits werden erstellt, und sobald die Umlaufenden berechnet wurden, wird die Aufgabenliste leer laufen.
 
 Wir arbeiten derzeit an einem Folgeprojekt, das im Januar 2014 zusammen mit einer neuen POEM Version herausgebracht wird.
 
 Vielen Dank für die GPU Rechenleistung die ihr alle diesem Projekt beigesteuert habt. Bitte nutzt die Pause von POEM OpenCL um andere großartige BOINC Projekte zu unterstützen.
 Ich freue mich darauf eure GPU nächstes Jahr wieder bei POEM zu sehen. 5 Dec 2013, 16:21:03 UTC
 

Inside Our Group
 The Nanoscale and Biomolecular Simulation Group, hoster of POEM@HOME, is also involved in other projects.
 For those who are interested in our field of activity, I'd like to draw attention  to  MMM@HPC, a project which provides partners in research and industry with an easy interface for multiscale material modelling.
 
 In eigener Sache
 Die AG Wenzel, Betreiber von POEM@HOME, ist auch an anderen Projekten beteiligt.
 Diejenigen, die sich für unsere Tätigkeitsbereiche interessieren, möchte ich auf MMM@HPC aufmerksam machen, ein Projekt das Partnern in Forschung und Industrie eine leicht bedienbare Schnittstelle für das "Multiscale Material Modelling" bereitstellt. 29 Nov 2013, 14:56:10 UTC
  We thank the Fond der Chemischen Industrie, the BMBF, the Deutsche Forschungsgemeinschaft (grants WE 1863/10-1, WE 1863/10-2 and WE 1863/14-1) and the Kurt Eberhard Bode Stiftung for their financial help to develop POEM. We also thank the BOINC (http://boinc.berkeley.edu) developers and especially our current POEM@HOME Users for their support.
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Annonce POEM + + OpenCL

La POEM + + OpenCL projet «gpucrystal» va être bientôt finalisé. En d'autres termes pas de plusieurs unités de travail seront créés, et dès que les emplois qui circulent sont terminés, la file d'attente se tariront.
 
Nous travaillons actuellement sur un projet de suivi, qui débutera en Janvier 2014, accompagnée d'une nouvelle version de POEM.
 
Merci à tous pour votre contribution la puissance du GPU pour ce projet. S'il vous plaît utiliser cette période de repos POEM OpenCL pour soutenir d'autres grands projets dans le réseau BOINC.
Je suis impatient de voir votre GPU retour à POEM l'année prochaine.
[/q]

8/01/2014

Apparemment à la fin du mois une nouvelle application pour tester les intéractions des médicaments dans le corps humain devrait sortir à la fin du mois.[/q][/td][/tr][/table]
« Modifié: 14 juin 2016 à 14:19 par ousermaatre »


XTC_ZeuZ

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Re : POEM@HOME
« Réponse #1 le: 17 octobre 2007 à 14:37 »
Arf merde, moi qui croyait que c'était un projet pour faire des poèmes :p :lol:

Damien

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Re : POEM@HOME
« Réponse #2 le: 17 octobre 2007 à 14:45 »
Citation de: XTC_ZeuZ
Arf merde, moi qui croyait que c'était un projet pour faire des poèmes :p :lol:


 :D

Le monde francophone se divise, l'équipe de Super_baloo8 se diversifie: l'équipe France est déjà représentée: http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=130



celtar

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Re : POEM@HOME
« Réponse #3 le: 17 octobre 2007 à 15:16 »
Moi aussi j'ai pensé à des Haïku générés par des wu :D

Sinon félicitations pour ta première place Damien ;)

shann

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Re : POEM@HOME
« Réponse #4 le: 17 octobre 2007 à 16:00 »
Citation de: Damien

 :heink:  mais une fois de plus je ne sais pas qui y a fondé l'Alliance Francophone http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=4 sans venir ici nous prévenir
Je crois avoir lu quelquepart que avec les nouvelles version de serveur Boinc, il y a la possibilité d'importer automatiquement une liste de Team déjà existante.

[AF>Libristes>Jip]Augure

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Re : POEM@HOME
« Réponse #5 le: 17 octobre 2007 à 16:49 »
ou le projet lui meme qui nous a inscrit pour nous motiver a venir sur leur programme !!!

style ils ont mis les 5 plus grosses equipes boinc ;)


ps: Damien , prend vite le post de capitain xvp avant qu'il parte chez un plaisantin !!!!
>>

Damien

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Re : POEM@HOME
« Réponse #6 le: 17 octobre 2007 à 17:23 »
Citation de: augure59
ou le projet lui même qui nous a inscrit pour nous motiver a venir sur leur programme !!!

style ils ont mis les 5 plus grosses equipes boinc ;)


Citation de: shann
Je crois avoir lu quelque part que avec les nouvelles version de serveur Boinc, il y a la possibilité d'importer automatiquement une liste de Team déjà existante.


 :heink: ça m'étonnerai.

 ;) L'AF sur ce projet ressemble plutôt aux créations de comptes génériques par Mandrake, mais il n'a pas été question de ce projet sur le site de BOINCFrance .

Citation de: augure59
ps: Damien , prend vite le poste de capitaine avant qu'il parte chez un plaisantin !!!!


[:jwhy] sur ton conseil je viens de tenter le coup, pour voir ce que ça donne. Mais à priori il faut l'accord du fondateur de la team. S'il ne répond pas j'aurai le compte dans deux mois au mieux. Peut-être que bien avant cette échéance un membre de ce forum va se manifester pour nous informer qu'il est le créateur de la team.


Damien

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Re : POEM@HOME
« Réponse #7 le: 17 octobre 2007 à 17:25 »
Citation de: celtar
Sinon félicitations pour ta première place Damien ;)


Et oui  [:damien] Merci bien  :jap:


Heyoka

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Re : POEM@HOME
« Réponse #8 le: 17 octobre 2007 à 18:32 »
Spécifications techniques :

POEM Protein Folding 0.03

Pas de points de sauvegarde
Utilisation Mémoire : 25,3 Mo
Durée d'une unité sur un P4 HT : 40 minutes


Serveur du projet : http://boinc.fzk.de/poem/server_status.php

popolito

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Re : POEM@HOME
« Réponse #9 le: 17 octobre 2007 à 20:32 »
http://boinc.fzk.de/poem/create_account_form.php?teamid=4
Le lien pour créer un compte dans L'AF.
Tu aimes Mathematica®, t'es un noob en informatique ou tu t'ennuies, c'est le moment d'aller sur HEImicro.

shann

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Re : POEM@HOME
« Réponse #10 le: 18 octobre 2007 à 07:58 »
Un peu plus d'explication sur qui a créé l'AF .....

[quotemsg]
    Importing BOINC-wide teams ¶

BOINC has a mechanism to let users create BOINC-wide teams -
teams that have same name and founder email address on all BOINC projects.
If a new BOINC-wide team is created, it will automatically be created
on your project as well - but only if you add the following to your
config.xml file:


   run_in_ops team_import.php
   team_import.out
   1 day

[/quote]
   http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/TeamImport

mamouth

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Re : POEM@HOME
« Réponse #11 le: 18 octobre 2007 à 08:22 »
Si qqun pouvait expliquer la différence entre ce projet et les autres projets qui traite déjà de ce sujet (rosetta, simap, proteins,predictor etc ... ) ce serait sympa

tristesire

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Re : POEM@HOME
« Réponse #12 le: 18 octobre 2007 à 10:23 »
Merci Mammouth, j'allais poser la même question

Thrr-Gilag

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Re : POEM@HOME
« Réponse #13 le: 18 octobre 2007 à 10:28 »
Citation de: shann
Un peu plus d'explication sur qui a créé l'AF .....


   http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/TeamImport

Oui... mais l'AF n'a pas un seul et unique fondateur pour tout les projets BOINC.

Donc c'est pas ça ^^

popolito

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Re : POEM@HOME
« Réponse #14 le: 20 octobre 2007 à 07:15 »
Plus d'infos sur poem@home (en particulier, ses différences avec rosetta, folding, etc...) : http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=4#29
Tu aimes Mathematica®, t'es un noob en informatique ou tu t'ennuies, c'est le moment d'aller sur HEImicro.

rom_185

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Re : POEM@HOME
« Réponse #15 le: 20 octobre 2007 à 17:31 »
Drapal :jap:.
BOINC, les grandes énigmes de la science résolues en 2 temps 3 calculs
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Heyoka

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Re : POEM@HOME
« Réponse #16 le: 20 octobre 2007 à 18:52 »
Voici les traductions.

http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/
http://www.boinc-af.org/content/view/807/1/

Signalez moi les problèmes  :jap:

C'est quand même impressionnant le nombre de projets allemands sur Boinc, 9 au total, c'est plus que la Californie (8, et encore parmis les 8 il y a 4 projets bêta permanents).
http://www.boinc-af.org/content/view/607/149/#1

L'Allemagne va devenir la Silicon Valley des projets de calcul partagé

rom_185

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Re : POEM@HOME
« Réponse #17 le: 20 octobre 2007 à 19:21 »
26 Mo de RAM ce n'est pas beaucoup pour un projet bio, ça va permettre aux petites configs de replier des protéines :).
BOINC, les grandes énigmes de la science résolues en 2 temps 3 calculs
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popolito

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Re : POEM@HOME
« Réponse #18 le: 20 octobre 2007 à 19:40 »
C'est surtout le 1er projet de repliement de protéines européen sur BOINC :)
Tu aimes Mathematica®, t'es un noob en informatique ou tu t'ennuies, c'est le moment d'aller sur HEImicro.

_32_Jenkai

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Re : POEM@HOME
« Réponse #19 le: 21 octobre 2007 à 11:12 »
je me suis créé un compte et voici les résultat des test:

PC: AMD Athlon64 X2 4200+ @2,2Ghz (s939)
MFLOP: 2200.46 mop/s
MIPS: 4143.91 mop/s
OS: Windows XP Pro SP2 32bits.

Application: POEM Protein Folding 0.03
Ecran de veille: NON
Point de sauvegarde: NON
Barre de progession: OUI
Ram: 25~30 Mo
DeadLine: 7 jours

WU: data_xx_xxxxxxxxx_xxxxxxxxx_x
Nombre de validation: 1
Pending: NON
Temps de calcul: 28mn
Points demandés: 6
Points crédités: 6
Points/heures: ~12.45

WU: smgopal_xx_xxxxxxxxx_xxxxxxxx_x
Nombre de validation: 1
Pending: NON
Temps de calcul: 38mn
Points demandés: 8
Points crédités: 8
Points/heures: ~12.63

soit en moyenne 12.5pts/h pour 32mn par WU.

les +:
- projet léger en mémoire et peu tourner sans problème sous les petites configuration.
- WU courtes.
- barre de progression nous informant de l'avancée de la WU.
- pas de pending (un seul résultat suffit, pas de partage avec un autre PC).

les -:
- pas de point de sauvegarde.
- credite peu.
- pas de possibilité de charger un bon nombre de WU. (limité a 3 WU par Core)

rom_185

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Re : POEM@HOME
« Réponse #20 le: 21 octobre 2007 à 11:30 »
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credite peu
C'est toujours mieux que WCG  :lol: .
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_32_Jenkai

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Re : POEM@HOME
« Réponse #21 le: 21 octobre 2007 à 11:40 »
c'est sur.

par contre, je viens de remarquer que les WU peuvent varier de 10mn à 40mn sur le même type (data ou smgopal) mais dans le rapport pts/h ça reste pareil.

Quelqu'un à testé sous linux voir si c'est plus rapide? (j'ai la flemme de me ré-installer Ubuntu 7.10  :D )

_32_Jenkai

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Re : POEM@HOME
« Réponse #22 le: 21 octobre 2007 à 12:12 »
rajout d'un petit point négatif: - pas de possibilité de charger un bon nombre de WU.

j'ai tenté d'avoir du cache, mais le projet limite à 3 WU par core.  :(

pas93

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Re : POEM@HOME
« Réponse #23 le: 21 octobre 2007 à 22:55 »
Inscrit :bounce:


veaux

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Re : POEM@HOME
« Réponse #24 le: 22 octobre 2007 à 05:32 »
Tiens je vais m'y mettre :D

edit: tain il est pas sur BAM encore  :o
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