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Auteur Sujet: le jeu "Fold It!" (anciennement "Trial V" ou "Rosetta@Play")  (Lu 58910 fois)

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Réponse #125 le: 27 November 2011 à 23:33
Merci jobo pour les liens :jap:... mais ça ne change pas grand chose. :spamafote:


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Réponse #126 le: 01 December 2011 à 17:10
A partir du 2 décembre foldit participe au CASP ROLL ( http://predictioncenter.org/news.cgi#107 ) .

Le CASP est un projet dont l'objectif est d'évaluer de manière critique les différentes méthodes permettant la prévision de la structure des protéines.

Depuis 1994, le "Protein Structure Prediction Center" ( http://predictioncenter.org/index.cgi ) met donc en compétition différentes équipes scientifiques dont le passe temps favoris est de trouver le moyen de savoir à quoi ressemble une protéine. Ensuite, le Centre critique, évalue les méthodes (algorithmes)  utilisées et propose des axes d’amélioration.

Foldit participe à cette  compétition afin de voir si l'imagination, l'inspiration de petits bonhommes joueurs (dont la plupart ne connait rien à la biologie) peut par leurs prédictions, rivaliser  avec des grosses machines bourrées d'algorithmes rationnels.

Voici les résultats de foldit à la dernière session : http://fold.it/portal/node/989010

L'on peut constater que si ce n'est pas toujours brillant, des joueurs humains font mieux que les machines dans certains cas.



Hors ligne [AF>Libristes>Jip]Augure

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Réponse #127 le: 01 December 2011 à 21:26
si mes souvenirs sont bon, es créateurs de fold'it la gagne depuis plusieurS années cette compète ! ;)

mais d'ailleurs, c'est l'algo informatique de Fold'it qui est bon ou l'imagination des joueurs ?
car au final, nous ne faisons que jouer avec un program informatique qui nous dit si oui ou non nos prot sont bien !

alors je suis pas sur que nous pouvons dire que c'est l'homme contre le machine ! ;)

>>


Hors ligne JeromeC

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Réponse #128 le: 02 December 2011 à 07:26
@jobo : "Fait ! Qu'il me dise si ça marche !"

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Hors ligne jobo0502

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Réponse #129 le: 02 December 2011 à 18:19
@JeromeC: Ça marche, je suis admin. Merci beaucoup.



Hors ligne jobo0502

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Réponse #130 le: 02 December 2011 à 18:44
@Augure: Foldit a été en tête pour certaines des protéines en compétition (2 je croies pour le dernier CAPS 9), bien placé pour pas mal, et aux confins pour le reste, en moyenne c'est pas trop mal.

mais d'ailleurs, c'est l'algo informatique de Fold'it qui est bon ou l'imagination des joueurs ?

Non, le joueur défini la structure, la forme de la protéine et l'algo informatique tente de trouver le meilleur niveau d'énergie à partir de cette conformation, certes, l'ordinateur ne travaille pas pour rien, alors disons que c"est une construction en partenariat cerveau-processeur dont le l'homme est l'architecte et la machine l'entreprise en batiment.
Pour ce qui concerne l'imagination, le jeune qui a trouvé la meilleure structure de la fameuse protéine de l'article de "nature", à la question "Comment avez vous fait?" a répondu :"c'était la forme qui me plaisait le mieux"- citation de mémoire donc non textuelle-.
Il y a aussi une part d'esthétique, d'inspiration, car la logique de la nature nous imprègne et fait que nous la trouvons belle ou adéquate. Le poète rejoint le scientifique :love:



Hors ligne Maurice Goulois

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Réponse #131 le: 03 December 2011 à 01:03
Magnifiquement dit  :jap:



Hors ligne JeromeC

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Réponse #132 le: 03 December 2011 à 19:34
Pouet pouet ! J'avais essayé le pliage, une fois, environ 10mn :D

Mais bon j'ai des enfants alors je préfère les plier eux, c'est plus gratifiant.

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Réponse #133 le: 03 December 2011 à 21:01
@JeromeC
l y a aussi une part d'esthétique, d'inspiration à plier des enfants car la logique de la nature nous imprègne et fait que nous la faisons belle et adéquate. Le père  rejoint le poète et l'architecte... :??:
Bon, enfin, de futures recrues :lol:



Hors ligne JeromeC

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Réponse #134 le: 04 December 2011 à 00:15
Bon pour le moment ils sont pas trop partis pour être des férus en info, pour ce qui est du pliage c'est plutôt les avions qui les intéressent, mais c'est peut-être un commencement ?

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Réponse #135 le: 04 December 2011 à 16:02
@ousermaatre,

Pourrais tu rectifier dans le premier poste pour la traduction de foldit il ne s'agit pas de "langage"="fr" mais "langage":"fr" (2 points au lieu de égal).
Je me suis trompé :priz2tet:
Merci d'avance



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:hello: fait.
Et oui !! on vous l'avait bien dit ma bonne dame,les Christian ...........c'est les meilleurs.  :lol:


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Réponse #140 le: 23 January 2012 à 15:24
 :hello:
jobo0502

merci

l'un d'entre vous, va-t-il le traduire en français ?

Si personne le fait, je le traduirais volontiers.


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Réponse #141 le: 24 January 2012 à 00:15
 :kookoo:

Je n'ai qu'une offre pour une traduction partielle alors si tu veux bien t'y mettre, la Francophonie entière t'en sera reconnaissante  :hap:
(si tu peux poster ta traduc sur le forum foldit de l'AF, se serait génial)



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Réponse #142 le: 24 January 2012 à 00:27
je traduirais "crowdsourced" par  le "code source"  ou de "souche" ( native )

quelqu'un pense à autre chose ?

le titre donnerait :

"Victoire dans la conception du code source de biomolécules"
ou
"Victoire dans la conception de biomolécules souches"


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Réponse #143 le: 24 January 2012 à 01:37
Crowsourcing pour moi c'est ça : http://fr.wikipedia.org/wiki/Crowdsourcing

C'est le fait de faire participer un grand nombre de personnes à la conception/exécution... d'un projet (typique de BOINC :) et autres grids). Ca s'applique à tous les domaines, pas seulement le calcul distribué.

"participation des masses" serait une approximation :); "externalisation ouverte", c'est pas clair pour la plupart des gens.

"Victoire pour la conception de biomolécules par participation volontaire massive", c'est approchant, mais pas très réussi côté esthéthique :)

ou

"Victoire pour la conception de biomolécules par participation massive du public", le sens est là, la formule peut-être pas.

La notion de masse n'est pas forcément utile, le concept de base c'est crowd/foule (et donc pas nécessairement professionelle du domaine visé).

"Victoire pour la conception de biomolécules par participation du grand public", pourrait mieux convenir.
« Modifié: 24 January 2012 à 01:57 par maugou »



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Réponse #144 le: 24 January 2012 à 01:45
Victoire dans la conception de biomolécules grâce à une participation massive de bénévoles.

12 janvier 2012

par Jessica Marshall


Des joueurs assidus ont réussi à dépasser, avec leurs ordinateurs, les recherches des scientifiques
pour améliorer un modèle standard d'enzyme, selon ces chercheurs, il s'agit de la première refonte
complète  d'une protéine grâce aux travaux de bénévoles.

Le jeu en ligne Fold It, développé par l'équipe universitaire Washington de Seattle , sous la direction
conjointe de Zoran Popovic, directeur du "Center for Science Game" et  du biochimiste David Baker, permet
aux joueurs de replier harmonieusement des protéines sur leur ordinateur personnel à la recherche
des meilleures configurations possibles et ainsi de découvrir celle qui dépense le moins d'énergie.

Les chercheurs avaient déjà parlé du succès important des joueurs de Fold It sur les travaux du repliement
des protéines. Plus récemment ils ont décidé d'intensifier le travail sur Fold It dans le domaine de la conception
de protéines, un problème fastidieux, mais abordable pour la majorité des utilisateurs.
Une série de puzzles complexes a été dévoilée aux plieurs. Puis les chercheurs ont testé les variations sur les
meilleurs dessins des joueurs en laboratoire, et, ainsi ils ont créé une enzyme avec une activité énergétique plus
utile (bénéfique) que l'original. Le travail est publié aujourd'hui dans la revue Nature Biotechnology .

" J'ai travaillé pendant deux ans afin d'améliorer ces enzymes, mais je n'y suis pas arrivé, explique Justin Siegel, un
chercheur postdoctorant travaillant en biophysique dans l'équipe de D.Baker. Les plieurs de Fold It ont été capables
d'effectuer un saut énorme pour l'avancée de la conception structurelle des protéines et je n'ai pas encore compris
totalement comment ils ont réussi ce coup de maître."

Le projet a progressé de manière exponentielle, grâce aux bénévoles qui ont fait don de puissance (ordinateur) pour la
recherche, sur la structure des protéines. Afin également de prédire activement les structures protéiques
et, maintenant, pour la conception de nouvelles protéines de rechange sur leurs ordinateurs. Le jeu a 240 000 joueurs
inscrits et 2 200 nouveaux plieurs depuis la semaine dernière.

Le dernier effort à produire impliquait une enzyme augmentant la vitesses de réaction (catalyseur enzymatique) en chimie
de synthèse appelée réaction de Diels-Alder. Les membres de cette grande famille des réactions sont utilisés dans l'Industrie
pour la synthèse allant des médicaments aux pesticides, mais les enzymes qui catalysent la réaction de Diels-Alder
sont restées insaisissables. En 2010, Baker et son équipe ont signalé qu'ils avaient conçu une enzyme Diels–Alderase
fonctionnelle informatiquement à partir de scratch3, mais, a dit alors Baker:  " Ce n'est pas une enzyme adéquate ".
La poche de liaison pour la paire de réactifs est trop ouverte et l'activité est trop faible.
Après que leurs tentatives pour améliorer l'enzyme plafonnèrent, les scientifiques se sont tournés vers Foldit.

Les chercheurs de FoldIt ont demandé aux utilisateurs de remodeler une des quatre boucles d'acides aminés de l'enzyme
pour augmenter le contact avec les réactifs, sur un puzzle. Sur une autre de ces structures, les joueurs ont été invités
à concevoir une enzyme qui stabiliserait la nouvelle boucle. Les chercheurs étudieront près de 70 000 dessins pour le
premier puzzle et 110 000 pour le deuxième, puis ils ont synthétisé un certain nombre d'enzymes de test basé sur les
meilleurs dessins, entraînant finalement l'enzyme finale, 18-fois-plus-active.

La science intuitive


"C'est un apport rafraîchissant sur le génie enzymatique", explique Stefan Lutz, chimiste à l'Université Emory
à Atlanta, en Géorgie, qui n'était pas impliqué dans la recherche.
"L'aide des joueurs de Foldit permet aux chercheurs d'utiliser l'intuition humaine à une échelle qui est sans précédent."

Le jeu Foldit permet aux plieurs d'explorer et d'opérer des changements plus radicaux de la protéine grâce à l'aide de
méthodes standards, tel que l'évolution dirigée ( en injectant une importante quantité d'enzymes aléatoires mutantes
qui amélioreront sensiblement l'original). Ces mutations sont généralement des subtituts d'acides aminés, et donc, les
plieurs ne testent pas les 13 acides aminés principaux en même temps. Ce qui amenerait pour chaque puzzle d'énormes
changements, il faudrait alors tester un nombre astronomique de protéines.

"Vous pouvez explorer les choses les plus folles. Lorsque nous avons  vu cette conception particulière, nous pensions
que celà était impossible et carrément dingue," explique Donald Hilvert, biochimiste à l'Ecole polytechnique fédérale
de Zurich (Suisse), qui collabore avec les chercheurs de l'équipe Baker afin d'affiner la protéine par évolution dirigée.

A ce jour, il n'y a aucune appliquation immédiate de cette découverte sur l'enzyme de Diels-Alder, par comparaison avec
des enzymes naturelles qui catalysent les réactions, elle n'est pas très active. Mais elle marque une étape importante
en démontrant que la participation massive de bénévoles peut aider sérieusement la science.

David baker et son équipe sont maintenant à la recherche de cibles plus utiles. L'équipe a signalé l'an dernier qu'ils avaient
conçu des inhibiteurs de petites protéines qui se lient à et bloquent le virus 4 d'une pandémie de grippe de 1918.
"Maintenant, les joueurs de Foldit travaillent afin de construire des inhibiteurs plus puissants", résume Baker.
"Ceux-ci sont intéressants car ils pourraient devenir des médicaments."
« Modifié: 06 February 2012 à 18:02 par ousermaatre »



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Réponse #145 le: 24 January 2012 à 12:51
Splendide :jap:

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Réponse #146 le: 24 January 2012 à 14:53
Nickel  :jap:



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Réponse #148 le: 25 January 2012 à 21:52
Nickel, y'a plus qu'à publier maintenant ! Bon c'est pas du boinc... ça aurait sa place sur le portail ?

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Réponse #149 le: 25 January 2012 à 22:11
En faisant une recherche sur le Portail j'ai trouvé 5 articles sur Fold It.

Faut juste spécifier que c'est un projet non BOINC. :spamafote: