Auteur Sujet: Simap  (Lu 266402 fois)

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Heyoka

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Re : Simap
« Réponse #25 le: 19 juin 2006 à 18:53 »
Donc l'optimisation ne sert plus à rien ?
J'ais besoin d'une confirmation rapide pour enlever le lien vers l'optimisation sur le sujet Simap du site de l'AF.

Heyoka

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Re : Simap
« Réponse #26 le: 19 juin 2006 à 19:11 »
Voilà la réponse
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Mise à disposition du nouveau client SIMAP v 5.08 : Comme annoncé la semaine dernière nous avons distribué la version 5.08 du client SIMAP. Le nouveau client sera téléchargé automatiquement sur votre plateforme BOINC. Les clients additionnels Linux et Windows pour les processeurs i386 (sans MMX/SSE) et les clients pour UNIX sont disponibles en téléchargement manuel (voir la page de téléchargement pour connaitre la manière de la faire marcher sur la plateforme anonyme). Le Validateur acceptera la 5.07 pendant une durée de 10 jours - donc jusqu'au 29 Juin- (et ceci pour toutes les plateformes même avec les différences d'arrondie) ainsi que les résultats de la 5.08 (certainement les unités 5.08 calculée avec l'opti de akosf -différences d'arrondie-) , après seule les unités calculées par la v5.08 seront validés. Nous avons examiné la nouvelle version du client sur plusieurs ordinateurs et plateformes : tous les essais ont réussis. Néanmoins il est possible que certain problèmes puissent survenir Si c'est le cas , rapportez les svp dans sur notre message board


Oui donc il ne faut plus télécharger l'opti elle ne sert plus rien.
Et de toute façon si on l'avait avant, l'opti a été automatiquement remplacé par la nouvelle appliacation.
Bien que c'est pas sur que l'application avec l'opti soir remplacé automatiquement, il faudrait que ceux qui avait l'opti d'installé nous dise si l'opti a été automatiquement remplacé par la v.5.08.

Donc j'enleve le lien de l'opti.

pas93

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Re : Simap
« Réponse #27 le: 19 juin 2006 à 20:01 »
Oui elle n'est plus bonne désolé j'ia été trop lent :lol:

arnaud25

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Re : Simap
« Réponse #28 le: 22 juin 2006 à 21:49 »
Simap, c'est "HDD intensive" sous Linux ?
J'arrête pas d'entrendre mon dur qui écrit toute les secondes depuis que je fais Simap  :heink: ( et quand je suspends pour faire un autre projet, le HDD se calme)

Douglas Riper

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Re : Simap
« Réponse #29 le: 23 juin 2006 à 01:01 »
ca ne fais pas ca chez moi (unite sous simap 5.08) :??:

arnaud25

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Re : Simap
« Réponse #30 le: 23 juin 2006 à 08:48 »
Sur le forum de Simap, ils m'ont dit que c'est un problème connu qui sera réglé dans la version 5.09...
Wait and See ;)

pas93

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Re : Simap
« Réponse #31 le: 23 juin 2006 à 20:40 »
Eu chez moi non plus ça ne fait pas ça, par contre sur mon linux j'entend un peu le dd mais bon ça ne me gène pas :D

Douglas Riper

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Re : Simap
« Réponse #32 le: 23 juin 2006 à 23:30 »
d'un autre coté mon hdd ne fait jamais de bruit meme quand il travail :o

mandrake

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Re : Simap
« Réponse #33 le: 23 juin 2006 à 23:55 »
il a plus assez de RAM et il swap avec SIMAP ?
Que la magie passe ...

pas93

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Re : Simap
« Réponse #34 le: 24 juin 2006 à 01:23 »
Eu simap de bouffe que quelque mo de mémoire. Donc faudrait vraiment être en manque de ram :lol:

Heyoka

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Re : Simap
« Réponse #35 le: 10 juillet 2006 à 12:12 »
Je sais pas si quelqu'un a dejà donné le lien, voilà la base de donné SIMAP, en accès libre sur la globalité de la base :)
http://mips.gsf.de/simap/

Heyoka

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Re : Simap
« Réponse #36 le: 01 septembre 2006 à 20:40 »
Simap passe à un quorum de 2
Et ils étudient la possibilité de faire comme sur Rosetta, c'est à dire attribuer un crédit fixe selon le nombre de séquences analysées.

Heyoka

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Re : Simap
« Réponse #37 le: 05 septembre 2006 à 21:18 »
Sur le forum de Rosetta, James Thompson (Project scientist), taille un peu le projet SIMAP
http://boinc.bakerlab.org/rosetta//forum_thread.php?id=1700#26116

Il réponds dejà qu'ils n'utilisent pas la base de donnée SIMAP. Apparement ils calculent eux même les similiratés des protéines qu'ils ont besoin avec PSI-BLAST
BLAST serait un algorythme plus puissant que FASTA (utilisé par Simap).
Et il ne comprends pas pourquoi SIMAP n'utilise pas ce dernier algorythme

Maintenant on va attendre ce que les chercheurs de SIMAP vont lui répondre par forum interposé :D
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap//forum/viewtopic.php?t=457&highlight=blast

pas93

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Re : Simap
« Réponse #38 le: 05 septembre 2006 à 22:07 »
Ha y es il a répondu :D

Heyoka traduction ? :D

shann

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Re : Simap
« Réponse #39 le: 05 septembre 2006 à 22:58 »
Citation de: pas93
Ha y es il a répondu :D

Heyoka traduction ? :D


Je me serai bien collé à la trad si c'était en anglais mais mon allemand est un peu rouillé  :wahoo:

pas93

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Re : Simap
« Réponse #40 le: 06 septembre 2006 à 07:38 »
Et moi il est complètement Mort :D

Heyoka

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Re : Simap
« Réponse #41 le: 06 septembre 2006 à 12:04 »
Citer
Ce fil de discution décrit très bien les possibilités de coopération entre Rosetta (ou d'autres projets de repliement de protéine) et SIMAP. Dans le cas de la recherche d'une similitude entre séquences, SIMAP est précisément correct. Pour la modélisation 3D, il existe cependant d'autres outils. La question soulevée consistant à comparer FASTA et BLAST est peu opportune, car les deux programmes travaillent de façon semblable par rapport à l'application Smith-Waterman de référence tout en apportant quelques adaptations pour accélèrer la vitesse de traitement (= approche plus exhaustive). Les résultats sont comparables, on ne peut pas en dire autant de PSI-BLAST, qui met en oeuvre une comparaison des séquences non pas par paires mais par des comparaisons entre de multiples séquences. Nous avons choisi FASTA parce qu'on peut l'ajuster à un bon niveau de sensiblilité, c'est pourquoi nous l'utlisons dans nos unités. Car c'est dans la comparaison des sensibilités entre BLAST et Smith-Waterman, que nous tirons comme conclusion qu'elle est clairement mieux que BLAST

salutations

Thomas


Donc c'est un choix d'utiliser FASTA.
Ils auraient pu utiliser BLAST et finir le travail beaucoup plus vite
Mais ils preferent allez moins vite, utiliser plus de puissance de calcul mais pour arriver à une base de donnée qui soit plus précise avec une plus grande sensibilité.

Heyoka

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Re : Simap
« Réponse #42 le: 18 octobre 2006 à 21:12 »
Et voilà il y a plus de travail sur Simap jusqu'au 1 er Novembre
The project has currently no work (see below).

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap//

Citer
The project has currently no work (see below).
The similarity matrix of the SIMAP project is currently up to date. The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from october 2006 will start around november 1st.
The initial calculation of protein domains has been finished. The calculation of updates (new sequences and new domains from InterPro 13.0) will start around november 15th.

Heyoka

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Re : Simap
« Réponse #43 le: 01 novembre 2006 à 14:54 »
Tout le monde sur Simap il y a de nouveau des unités.
100.000 séquences ça va vite partir. :o

Citer
Les unités actuelles contiennent environ 100.000 nouvelles séquences issues des bases de données Uniprot et Genbank.

tibidao

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Re : Simap
« Réponse #44 le: 30 novembre 2006 à 13:58 »
De nouvelle unités le 2 décembre !

Il n'y en aura pas pour tout le monde...

Citer
Calculation of SIMAP updates will start in the morning of december 2nd.
The approx. 30.000 workunits will contain approx. 65.000 new sequences from the databases Uniprot, RefSeq, PDB and Genbank.
L'Équipe De La Science recrute !
Venez faire un tour sur notre forum : http://www.boincedls.org/forum/
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jump400

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Re : Simap
« Réponse #45 le: 01 décembre 2006 à 23:08 »
J'suis dans les starting blocks :D

ordralfabetix

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Re : Simap
« Réponse #46 le: 02 décembre 2006 à 12:18 »
+1 :)

Il était temps,je commencais à me demander si le projet repartirait un jour.
J'espère que predictor va repartir lui aussi.

jump400

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Re : Simap
« Réponse #47 le: 02 décembre 2006 à 12:48 »
C'est parti pour un tour, j'ai fait le plein...

Heyoka

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Re : Simap
« Réponse #48 le: 02 décembre 2006 à 13:55 »
Allez on se mobilise si on veut monter dans le classement.

La moitié des unités sont dejà partis, donc il faut mettre un gros cache pour être sur d'avoir du travail pendant 2 ou 3 jours  :)
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/prefs.php?subset=global

Connect to network about every  10 days

jump400

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Re : Simap
« Réponse #49 le: 15 décembre 2006 à 11:31 »
Les unités prévues pour la mi décembre sont reportées à la mi janvier
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New HMMER workunits postponed: due to the release of a new version of the protein domain database InterPro we will adapt our System to InterPro 14.0 first and then start in the middle of january the new HMMER calculations.

Rappelons qu'un lot de WUs est également prévu début janvier