Auteur Sujet: Simap  (Lu 266401 fois)

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bichou

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Simap
« le: 16 août 2005 à 11:42 »
Un nouveau projet, déjà mentionné sur le site de BoincFrance, va (a déjà ?)voir le jour.
Il se nomme SIMAP@home et d'après les premiers renseignements, il se situerait dans le même domaine que predictor, parmi les protéines. :pt1cable:

Le site :  http://boincsimap.org/boincsimap/

État des serveurs : http://boincsimap.org/boincsimap/server_status.php

Votre compte : http://boincsimap.org/boincsimap/home.php


Citer
Aug 15, 2005
Due to SIMAP upgrades the BOINCSIMAP system is out of work at the moment. The compute tasks will start again in september 2005.

Les inscriptions sont possibles, et les applications fonctionnent sous Linux et Windows.
Il n'y a pas de travail pour l'instant.

Le site semble avoir envoyé déjà des unités à quelques utilisateurs il y a un bout de temps, mais il ne semblait plus actif depuis un moment.

L'Alliance Francophone existe depuis peu  :bounce: :

http://boincsimap.org/boincsimap/team_display.php?teamid=37

Qu’est ce que SIMAP ?

SIMAP est une base de données des sequences similaires de protéines. Cette base de données contient toutes les proteines actuellement publiées et est continuellement mise à jour. Les séquences similaires de protéines sont calculées en utilisant l'algorithme de FASTA qui fournit une vitesse et une sensibilité optimale. SIMAP est à notre connaissance le seul projet qui combine une assurance complète en ce qui concerne toutes les protéines connues et où il est possible d'accroître la base de données par mise à jour.

Pour quoi SIMAP est-il employé ?

En raison de la quantité énorme d'ordres de protéines connus dans les bases de données publiques, il est apparu clairement que la plupart d'entres elles ne seront pas expérimentalement testées dans un proche avenir. Néanmoins, les protéines qui ont évolué ont souvent les mêmes fonctions (prétendues orthologs). Ainsi il est possible d'impliquer la fonction d'une protéine non caractérisée d'un ortholog avec une fonction connue. Un exemple bien connu concerne les investigations au sujet des gènes et des protéines de souris. Leurs résultats sont également vrais pour les gènes humains orthologous et des protéines dans beaucoup de cas. Les séquences similaires de protéines fournissent des informations au sujet des relations entre les protéines, et sont nécessaires pour la prévision des orthologs. Il y a de plus en plus de méthodes de bio-informatiques qui se fondent sur les séquences similaires de protéines. Notre base de données de sequences similaires de protéines fournit des données pré-calculées de similitude et représente les espaces connus de protéines. Ceci ouvre des perspectives complètement nouvelles comparées à la méthode généralement utilisée pour recalculer à plusieurs reprises un tel genre de données.

La matrice de similitude se prolonge si les nouveaux ordres se produisent.

 

Pourquoi avons-nous besoin de l'informatique pour SIMAP ?

 

Les coûts informatiques pour calculer les données de similitude dépendent de comment sont placés les différents nombres d'ordres contenus. Ainsi l'effort informatique pour maintenir la matrice à jour augmente constamment. Nos ressources internes qui exécutent des calculs pour SIMAP depuis des années ne sont plus suffisantes pour maintenir tous les nouveaux ordres. C'est pourquoi nous avons mis en application un client SIMAP pour la plateforme BOINC qui est basée sur l'algorithme de FASTA pour détecter des séquences similaires.

Quels sont les établissements derrière SIMAP ?

SIMAP est un projet commun du centre national de recherche de GSF pour l'environnement et la santé, de Neuherberg et de l'université technique de Munich, centre de la vie et des sciences de l'alimentation Weihenstephan (tous les deux en Allemagne). L'utilisation de SIMAP est complètement libre pour l'éducation et la recherche du public.

 

Définition:

Définition d'une proteine

 

Orthologs: Partie du code d'une protéine dont les propriétés et les effets sont connus et toujours vérifiables.

« Modifié: 01 mai 2013 à 14:36 par ousermaatre »

bichou

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Re : Simap
« Réponse #1 le: 16 août 2005 à 12:24 »
Plus d'info sur SIMAP@home en allemand ...
http://217.160.138.71/wiki/index.php?title=SIMAP%40home


Et sur SIMAP en Anglais :
http://mips.gsf.de/services/analysis/simap

Douglas Riper

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Re : Simap
« Réponse #2 le: 16 août 2005 à 16:37 »
ca fait 3 projets sur les proteine donc maintenant

je ne sais pas s'ils vont emerger en face de folding et predictor :o


bichou

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Re : Simap
« Réponse #3 le: 16 août 2005 à 20:31 »
Ils n'ont pas forcément le même but, de toute façon on va surement voir arriver une multitude de projet très ressemblant... après il faut fare des choix !  :sweat:

Mais sur ce projet on a déjà de la concurrence :

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/team_display.php?teamid=31

 :D  :D  :D

[AF>Libristes>Jip]Augure

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Re : Simap
« Réponse #4 le: 16 août 2005 à 22:01 »
déja 2 alliance francophone ? ... on est les meilleurs lol :p
>>

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Re : Simap
« Réponse #5 le: 16 août 2005 à 22:03 »
... sinon on apprend rien sur leur site ?... ils font quoi ? viennent d'ou ?...

des info sur ce projets?
>>

bichou

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Re : Simap
« Réponse #6 le: 17 août 2005 à 00:44 »
Pour l'instant il y a déjà ça :

http://mips.gsf.de/services/analysis/simap

Douglas Riper

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Re : Simap
« Réponse #7 le: 17 août 2005 à 10:46 »
Citation de: bichou
Ils n'ont pas forcément le même but, de toute façon on va surement voir arriver une multitude de projet très ressemblant... après il faut fare des choix !  :sweat:

Mais sur ce projet on a déjà de la concurrence :

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/team_display.php?teamid=31

 :D  :D  :D

j'ai vu la distrivbution des projet sur boinc stats.
SETI en prendre un enorme morceau pas mal par Climat le reste etait pour les autres projet avec 2 oi 3 % :o

faudrait faire moins de SETI :whistle:

bichou

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Re : Simap
« Réponse #8 le: 17 août 2005 à 13:23 »
SETI@Home  -             2,246,293,021 soit 63%
ClimatePrediction.Net  -   748,514,423 soit 21%
Einstein@Home  -           421,237,512 soit 11,8%
Predictor@Home  -          114,166,266 soit 3,2%
LHC@Home  -                 33,354,650 soit 0,9%
SZTAKI Desktop Grid  -         853,590 des miettes
et les autre moins de 500,000

Total                    3,565,576,259

Selon BOINCsinergy

Djezz

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Re : Simap
« Réponse #9 le: 24 août 2005 à 16:17 »
C'est quoi les chiffres bruts?

bichou

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Re : Simap
« Réponse #10 le: 24 août 2005 à 16:21 »
tu parles des crédits de chaque projets ou bien je suis à côté de la plaque et ce n'est pas à moi que tu poses la question ?  :D

Douglas Riper

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Re : Simap
« Réponse #11 le: 24 août 2005 à 17:15 »
ca ne sont pas les ciffres dont je parle un peut plus haut ?  :??:

Djezz

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Re : Simap
« Réponse #12 le: 24 août 2005 à 23:20 »
Citation de: bichou
tu parles des crédits de chaque projets ou bien je suis à côté de la plaque et ce n'est pas à moi que tu poses la question ?  :D

C'est bien à toi que je pose la question, et tu me donnes la réponse, ce sont les crédits

bichou

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Re : Simap
« Réponse #13 le: 25 août 2005 à 00:18 »
Oh ben si je peux aider  :o

mamouth

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Re : Simap
« Réponse #14 le: 18 octobre 2005 à 11:55 »
La page d'acceuil est changée

elle contient maintenant des explications en anglais et en allemand sur le projet

Le démarrage est iminent à mon avis d'ici la fin du mois on devrait avoir des WU

mamouth

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Re : Simap
« Réponse #15 le: 07 février 2006 à 11:32 »
up

je viens de m'y inscrire , c'est un projet allemand
La durée des WUs est similaire aux WUs seti voir plus courte

il y a même des morceaux du site traduit en français

yannva

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Re : Simap
« Réponse #16 le: 07 février 2006 à 21:34 »
La Team est déja la : http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/team_join_form.php?id=37 viendez tous  :bounce:  :bounce:  :bounce:

A +

Yann

Heyoka

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Re : Simap
« Réponse #17 le: 28 avril 2006 à 22:25 »
Pour en savoir plus sur Simap, une interview du Dr. Thomas Rattei fait par la team Picard
http://www.teampicard.com/profiles/Interview.php?id=1
ça serait intéressant de faire une traduc ou un résumé des infos les plus importantes parce que comme beaucoup je comprends pas tout.  :o

Heyoka

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Re : Simap
« Réponse #18 le: 29 avril 2006 à 14:59 »
je rapelle que Simap a pour but de créer une énorme base de donnée classifié de toutes les protéines qui sont tombés ou sont dans le domaine publique et donc qui sont utilisables par n'importe qui.

Le plus important dans l'interview du Dr. Thomas Rattei :
Citer
The use of SIMAP is completely free for education and public research.


L'accès à la base de donnée SIMAP est entièrement en libre accès pour le travail universitaire et la recherche publique.

d'où
Citer
SIMAP supports many different projects in life sciences. Choosing SIMAP accelerates not only our project but many research projects all over the world.

Simap soutien de nombreux autres travaux en science de la vie. Choisir SIMAP c'est accélérer non seulement nos recherches mais aussi les recherches de nombreux autres projets à travers le monde.

Citer
our project is supported by our university. So we do not need any additional donations (except on CPU time on your computers).


Notre projet est soutenue par notre université (Technische Universität München). Donc nous n'avons besoin d'aucun dons supplémentaires (exepté votre temps CPU)

mandrake

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Re : Simap
« Réponse #19 le: 29 avril 2006 à 17:57 »
Bravo, à rajouter dans le descriptif du projet SIMAP.
Que la magie passe ...

pas93

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Re : Simap
« Réponse #20 le: 29 avril 2006 à 23:35 »
En effet pas mal ;)

Alors maintenant après WCG ont s'attaque à SIMAP bien joué Heyoka ;)

popolito

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Re : Simap
« Réponse #21 le: 30 mai 2006 à 18:59 »
Bon aller je me lance.
Application SIMAP optimisée par Akosf, pour toutes les configurations supérieures aux K7 et PII sur windows (application stable selon les utilisateurs, pas d'erreur) : http://eclient.tvn.hu/sim_16.zip
Tu aimes Mathematica®, t'es un noob en informatique ou tu t'ennuies, c'est le moment d'aller sur HEImicro.

intello222222

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Re : Simap
« Réponse #22 le: 19 juin 2006 à 17:04 »
la version optimisée est 5.07 et celle utilisée par le projet est 5.08.
Cela devrait poser un pb non  :??: , parce que chez moi ca ne marche pas quand j'utilise la version optimisée  :heink:

pas93

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Re : Simap
« Réponse #23 le: 19 juin 2006 à 17:08 »
Oui les chefs de projets ont décidé de réagir en intrégrant rapidement l'opti dans l'appli officiel du projet.

intello222222

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Re : Simap
« Réponse #24 le: 19 juin 2006 à 18:01 »
Donc la version utilisée par le projet est celle qui a été optimisée ??