Le Forum de l'Alliance Francophone

Nouvelles:

Auteur Sujet: The Lattice project - [Projet intermittent]  (Lu 78522 fois)

0 Membres et 1 Invité sur ce sujet

Hors ligne Yanndoudou

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 1005
Réponse #75 le: 17 June 2007 à 09:52
Merci de la reponse ultra-rapide.
Comme j'ai mis un cache de 2 jours, le Manager rempli en WGC (Genome) et Spinhege ... Alors si un core est occupé en Lattice, l'autre n'aura pas le temps de tout faire. Mais là 48 minutes, c'est bon.
Je te dirais combien de temps il a mis tout à l'heure.



Hors ligne Yanndoudou

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 1005
Réponse #76 le: 17 June 2007 à 11:32
 :hello:  3680 secondes et 11 points Boinc ... pas très généreux, surtout quand on vient de faire une semaine de Riesel  :lol:
Par contre il ne me distribue les unités que une à une ...



Hors ligne Hildor

  • DROITS - Journalistes
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *
  • Messages: 6046
  •   
    • flickr
Réponse #77 le: 17 June 2007 à 19:30
Citation de: Yanndoudou
:hello:  3680 secondes et 11 points Boinc ... pas très généreux, surtout quand on vient de faire une semaine de Riesel  :lol:
Par contre il ne me distribue les unités que une à une ...


Bah! le projet est encore en phase de test  :sarcastic:
Edit: Ah! non peut-être pas !  :heink:



Hors ligne Hildor

  • DROITS - Journalistes
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *
  • Messages: 6046
  •   
    • flickr
Réponse #78 le: 17 June 2007 à 20:47
 :(  Encore un projet, où il va falloir se défendre.

On descend déjà à la 10ième positions, et ce n'est malheureusement pas fini, 22ième en RAC  :sweat:



Hors ligne Yanndoudou

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 1005
Réponse #79 le: 17 June 2007 à 22:13
Et pourquoi que mes points ne sont pas dans les stats de Jump sur ce projet. En plus il n'y a pas mon nom dans les participants de l'Alliance sur Lattice.



Hors ligne Markken

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 1186
  •   
Réponse #80 le: 17 June 2007 à 22:23
Citation de: Yanndoudou
Et pourquoi que mes points ne sont pas dans les stats de Jump sur ce projet. En plus il n'y a pas mon nom dans les participants de l'Alliance sur Lattice.


Encore un coup fourré de l'Ouest ça  :lol: , tout pour ne pas être trop largué...



Hors ligne Yanndoudou

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 1005
Réponse #81 le: 17 June 2007 à 22:25
 :lol:  Je m'en doutais, les Rascals :cry:



Hors ligne Markken

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 1186
  •   
Réponse #82 le: 17 June 2007 à 22:35
Sans dec, on va pas en faire des calimeros, mais Lattice n'est pas encore dans boincstats, c'est peut etre pour celà ?



Hors ligne Hildor

  • DROITS - Journalistes
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *
  • Messages: 6046
  •   
    • flickr
Réponse #83 le: 17 June 2007 à 23:01



Hors ligne [AF>Libristes] Dudumomo

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 6104
  •   
    • Find your home in Saigon
    • E-mail
Réponse #84 le: 18 June 2007 à 04:39
c'est vrai qu'on est a la traine sur ce nouveau projet...mais je n'ai jamais eu d'unité sous linux ^^

News & Tutorial on how to host your server: http://freedif.org


Hors ligne Markken

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 1186
  •   
Réponse #85 le: 18 June 2007 à 08:38
Citation de: Hildor
Euh ! Tu es sure  :lol:

http://fr.boincstats.com/stats/team_stats.php?pr=lattice&st=0


Euh, j'avais pas vu...



Hors ligne Yanndoudou

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 1005
Réponse #86 le: 18 June 2007 à 19:43
Ca y est, j'y suis. C'est peut-être parce que c'était ma première journée avec des points. :??:
C'est ma première Lattice party, yeh, c'est ma première Lattice party ... :bounce:



Hors ligne tibidao

  • Membre d'honneur
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *
  • Messages: 2933
  •   
    • Le forum de l'Équipe de la science
Réponse #87 le: 18 June 2007 à 23:06
Question, est-ce qu'il est possible ou sera possible de choisir les projets, selon l'intérêt qu'on leur porte ? un peu comme sur WCG

L'Équipe De La Science recrute !
Venez faire un tour sur notre forum : http://www.boincedls.org/forum/
Vous pouvez aussi rejoindre notre groupe facebook : Équipe De La Science - AF - BOINC


Hors ligne Heyoka

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 4064
  •   
Réponse #88 le: 18 June 2007 à 23:16
Citation de: tibidao
Question, est-ce qu'il est possible ou sera possible de choisir les projets, selon l'intérêt qu'on leur porte ? un peu comme sur WCG


Ce n'est pas marqué sur leur site mais je pense que sera surement possible.
Un peu comme sur PrimeGrid, ou il y a une option Run test Application pour Twin Prime Search.

Donc si il y a une option, ça sera surement ici : http://boinc.umiacs.umd.edu/prefs.php?subset=project

Pour l'instant il y a rien parce qu'il n'y a pas trop le choix , il n'y a que HMMPfam qui tourne


Hors ligne kyuzo

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 1086
  •   
Réponse #89 le: 18 June 2007 à 23:29
Je viens de lire l'article sur le site...HMMER, c'est comme pour le projet Simap ça, ce ne serait pas comme calculer deux fois la même chose, ou j'ai rien compris ?



Hors ligne Heyoka

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 4064
  •   
Réponse #90 le: 18 June 2007 à 23:42
Citation de: kyuzo
Je viens de lire l'article sur le site...HMMER, c'est comme pour le projet Simap ça, ce ne serait pas comme calculer deux fois la même chose, ou j'ai rien compris ?


J'ais posé la question sur le forum du projet : http://boinc.umiacs.umd.edu/forum_forum.php?id=1


Hors ligne kyuzo

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 1086
  •   
Réponse #91 le: 19 June 2007 à 15:34
voila, il y a eu une réponse :

Citer

Qualitatively, we believe that these apps are quite similar and that they compute much the same thing. We are currently talking with the SIMAP folks to see whether we can use their results to avoid computing Pfam assignments for known bacterial protein sequences from public databases. We are also interested in their app, to see what we can learn from their experience, and perhaps take advantage of their effort in developing a native BOINC app for this compute (see below).

The differences, as I see them, and as we know at the moment:

* SIMAP hmmer is a true BOINC app, with checkpointing, progress, and a variety of modifications to the hmmpfam code to improve I/O performance.

* Lattice HMMPfam is a wrapped BOINC app, with (almost) no changes to the stock hmmpfam code.

* SIMAP hmmer is being used to compute Pfam assignments for all protein sequences from public protein sequence databases, for SIMAP, a protein informatics resource.

* Lattice HMMPfam is being used to compute Pfam assignments for all bacterial protein sequences from public protein sequence databases, plus an aggressive inclusive set of Glimmer3 predictions on bacterial genomes. [ This is the source of the current batch of workunits, BTW ]. I'd be happy to explain why the additional Glimmer3 predictions are useful if you like.

* The two projects use slightly different options to the underlying hmmpfam application. We don't yet know if this is significant or not.

* The SIMAP BOINC project seems very targeted to its two BOINC applications. Lattice's (my observation, see Mike and Adam for the official line :-) goal seems to be to support many different apps with a bioinformatics focus. HMMPfam is the first data-heavy application for Lattice, and as such is not only computing useful things for me :-), but also helping the Lattice project to improve its general infrastructure to support these types of bioinformatics applications.

Hope this helps,

nathan


Mais comme je suis une merde en anglais, je sais pas trop ce qu'il a écrit, donc si quelqu'un peut brievement nous expliquer, ce serait pas mal ^^



Hors ligne pas93

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 8816
Réponse #92 le: 19 June 2007 à 17:50
Ok quelqu'un pourrait traduire ?



Hors ligne Thrr-Gilag

  • Membre d'honneur
  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *
  • Messages: 2629
  •   
Réponse #93 le: 20 June 2007 à 10:48
Qualitativement, nous croyons que ces applications sont à peu près similaires et qu'elles calculent à peu près la même chose. Nous sommes actuellement en discussion avec l'équipe de SIMAP pour voir comment nous pourrions utiliser leurs résultats pour éviter de calculer les séquences Pfam (Pfam est une grande collection de séquences d'alignement et de modèle de Markov caché couvrant de nombreuses familles de protéines communes) correspondant aux séquences connues de protéines bactériennes issues des bases de données publiques. Nous nous intéressons aussi à leur application, pour voir ce que nous pouvons tirer de leur expérience, et peut-être tirer avantage de leurs efforts à avoir développer une application BOINC native pour ces calcul (voir plus bas).

Les différences entre eux et nous telles que je les vois et d'après nos connaissances actuelles :

* SIMAP hmmer est une véritable application BOINC, avec des points de reprise des calculs, un pourcentage de progression des calculs et un certain nombre de modifications du code pour améliorer les performances d'entrée/sortie.

* Lattice HMMPfam est une application encapsulée pour la faire fonctionner avec BOINC, avec pratiquement aucun changement au code hmmpfam.
 
* SIMAP hmmer est utilisé pour calculer des séquences Pfam pour toutes les séquences de protéines disponibles disponibles dans les bases de données de séquences de protéines.
 
* Lattice HMMPfam est utilisé pour calculer les séquences Pfam pour toutes les séquences protéiniques des bactéries issues des bases de données publiques de séquences de protéines, ainsi qu'un lot de prédictions issues de Glimmer3 de génome bactérien. [ C'est la source actuelle du lot de WU à traiter]. Si vous le désirez, je serai enchanté de vous expliquer pourquoi l'ajout des prédictions de Glimmer3 est utile.

* Les 2 projets utilisent des paramètres légèrement différents vis à vis de l'application hmmpfam sous-jacente. Nous ne savons pas si ces légères différences seront significatives ou non.

* Le projet SIMAP semble très orienté vers ses 2 applications. Le but de Lattice (d'après ce que j'en sais, voir Mike et Adam pour la ligne de conduite officielle :-) semble plus être d'assister de nombreuses différentes applications se centrant sur la bioinformatique. HMMPfam est la première application de données lourdes pour Lattice, et en tant que tel, ne calcule pas seulement des choses utiles pour moi :-), mais aussi pour aider le projet Lattice à améliorer son infrastructure générale à supporter ces types d'applications bioinformatiques.
 
En espérant avoir aidé,
 
nathan



---------------------------

Bref, en gros, pour le projet HMMPfam, ils font pareil que SIMAP (à 3 poils de cul près) à part l'ajout de quelques données issues d'un modèle de prédiction de séquences à partir du génome bactérien. Cette application semble donc plus être de quoi tester l'infrastructure de Lattice.

Enfin, la seule démarcation réelle entre SIMAP et Lattice est que Lattice a pour but d'aider d'autres chercheurs en intégrant leurs application à BOINC. Lattice est donc une forme de WCG proposant en plus la gestion du portage de l'application sur BOINC.



Hors ligne pas93

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 8816
Réponse #94 le: 20 June 2007 à 14:46
Ha Ok merci.



Hors ligne frederic

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 2367
Réponse #95 le: 20 June 2007 à 19:51
:hello: Le lien de l'équipe n'est pas bon sur ce projet



Hors ligne Heyoka

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 4064
  •   
Réponse #96 le: 20 June 2007 à 21:04
Citation de: frederic
:hello: Le lien de l'équipe n'est pas bon sur ce projet


QUel lien ?


Hors ligne [AF>Libristes] Dudumomo

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 6104
  •   
    • Find your home in Saigon
    • E-mail
Réponse #97 le: 21 June 2007 à 03:15
[spoiler]Pas de travail mais ouverture des comptes: foncez!
 
L'AF: http://boinc.umiacs.umd.edu/team_display.php?teamid=45[/spoiler]

Il doit parler de celui ci.
On tombe sur la page de présentation avec comme lien du web site :    http://forum.boinc-fr.net

News & Tutorial on how to host your server: http://freedif.org


Hors ligne pas93

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 8816
Réponse #98 le: 21 June 2007 à 23:39
Bon ben le Week end de projet de Equipe De La Science est sur ce projet. J'espère que l'on va faire bouger les stats quand même.



Hors ligne jump400

  • Boinc'eur devant l'éternel
  • *****
  • Messages: 1365
Réponse #99 le: 21 June 2007 à 23:52
Citation de: dudumomo
[spoiler]Pas de travail mais ouverture des comptes: foncez!
 
L'AF: http://boinc.umiacs.umd.edu/team_display.php?teamid=45[/spoiler]

Il doit parler de celui ci.
On tombe sur la page de présentation avec comme lien du web site :    http://forum.boinc-fr.net

Si ce lien est bon ... si on est pas déjà connecté sur le projet ou pas déjà inscrit à l'AF (pour tester aller dans "your account" et faire "log out"  ensuite en cliquant sur le lien, il y a bien "join") .
Sinon pour créer un compte directement rattaché à l'AF, il y a ce lien :
http://boinc.umiacs.umd.edu/create_account_form.php?teamid=45