Oui, les applications VM ont du mal à être suspendue. Déjà, quand tu suspend une VM qui ne fait rien d'autre qu'être allumée, il faut plusieurs (dizaines de) secondes. Alors quand une VM est lancée dans un calcul, il faut d'abord arrêter le calcul, ce qui n'est pas forcément immédiat, ensuite l'enregistrer puis suspendre la VM. Tout cela peut effectivement prendre plusieurs minutes.
Si tu éteins trop vite Windows, ta VM risque de ne pas être arrêtée correctement, elle va être corrompue, être supprimée par Boinc et rester en erreur dans Virtualbox. Pour éviter ça, la solution est d'arrêter Boinc, de vérifier dans le gestionnaire des tâches que tous les processus Virtualbox sont arrêtés, et ensuite seulement d'éteindre le PC.