CASP 8

[julienh]

à tous,

J'espère que je ne me trompe pas de section mais c'est aujourd'hui le début du CASP 8 (Critical Assessment of techniques for protein Structure Prediction - concours international des meilleurs programmes de prédiction de repliement des protéines) :
http://www.predictioncenter.org/casp8/index.cgi

Les spécialistes du sujet pourront étoffer... car je viens de le découvrir via Poem :
May 5, 2008 - CASP8 starting
CASP8 is approaching and POEM@HOME is participating. The first targets are expected to be released tomorrow. Once the first CASP related workunits are out, the normal workunit count will be decreased to put more importance to the CASP related once.

[laurent02]

Personnellement, j'ai rien compris à ce truc... alors je vais me coucher !  :sleep:
Damain ça ira peut être mieux !

[Heyoka]

Personnellement, j'ai rien compris à ce truc... alors je vais me coucher !  :sleep:
Damain ça ira peut être mieux !

C'est une sorte de concours ou les différentes équipes de recherche  dans le domaine de la prédiction de la structure des protéines s'affrontent pour savoir quels sont les méthodes les plus efficaces
C'est un curseur pour savoir si la recherche qui est effectuée est efficace ou non
Il me semble que Rosetta y participe aussi cette année

[julienh]

Merci ! C'est clair et net !
On continue à cruncher quoi  

[xter757288]

C'est un curseur pour savoir si la recherche qui est effectuée est efficace ou non

C'est également:
- un moyen pour les jeunes sientifiques de se faire connaitre
- confronter les méthodes, et conserver les meilleures
- un lieu de rencontre pour la profession
En bref une vrai opportunité de faire avancer les choses.  Il me semble que le CASP est organisé tous les 2 ans

[Heyoka]

Merci xter.
Quelqu'un aurait t'il réussi à trouver le nombre de participants au CASP8.
J'ai réussi à trouver qu'il y avait un peu plus de 250 participants pour le CASP7, mais j'arrive pas à trouver pour le CASP8

[xter757288]

de rien trés bon article sur boinc-af.org...

[rom_185]

de rien trés bon article sur boinc-af.org...

+1

Mais :

Le vainqueur du CASP7 a été l'équipe de Dr David Baker (université de Washington) grâce au serveur Robetta et au projet Rosetta@home

C'est une coquillette ou il s'appel vraiment comme ça ?

[xter757288]

je crois que c'est le vrai nom

la preuve: http://robetta.bakerlab.org/

[rom_185]

Ok, merci   .

[laurent02]

Sur POEM, les wu chargées en ce moment concernent-elles le concours CASP 8 ? Il y a une façon de les reconnaitre ?

[Heyoka]

D'après un message du 7 mai

data_161 correspondent à la cible T0387 du concours : http://predictioncenter.org/casp8/target.cgi?id=1
data_162 à la cible T0389 : http://predictioncenter.org/casp8/target.cgi?id=3

[laurent02]

moi j'ai des data 148, 156, 160... Elles sont pas concernées par CASP ?

[Heyoka]

Je sais pas, il faudrait demander sur ce topic :
http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=192

Sinon, Fold It vient de distribuer 3 cibles du CAPS8 : http://fold.it/portal/view/adobe_list_puzzles

[xter757288]

Communication de David Baker:
il y a beaucoup e travail à effectuer.  Baker souhaite tester différentes techniques sur les différentes cibles du CASP7 (dont les résultats sont suffisamment connus pour garder les meileures idées).
Ce travail devrait etre effectué lundi et mardi. Ensuite la semaine prochaine les meilleures techniques déterminées seront appliquées au CASP8
Pour le CASP8, il y a énormément de travail à effectuer, travail qui serait impossible sans nous.

perso: je sais plus ou donner de la tete netre WCG, rosetta, poem  

CASP8 is ramping up with a handful of targets released last week, and many more expected this week. The reason you haven't seen many CASP8 work units as we are making a final benchmarking of all the new structure prediction protocols we have developed over the past two years in the new miniRosetta code framework. The testing is on CASP7 targets--we want to determine which of our new methods are best before going all out on the CASP8 targets (yes, we would like to have completed the benchmarking before casp8 started, but there has been so much to do!). the testing should be complete monday and tuesday, and based on these results we will be sending out primarly casp8 work units next week using the approaches the tests currently running show are most successful.

I can't emphasize enough how critical all of your contributions are to our efforts to improve protein structure prediction methods! we have had many ideas on potential improvements which we have implemented, but the only way to know whether we are actually getting closer to the truth is to do rigorous testing (the casp7 targets for which we now know the structures are a perfect test set), and this would quite simply be impossible without your contributions! -- David Baker

[fr@ntz]

Ma fille vient de recevoir 3 UT Poem qui commencent par CASP

perso: je sais plus ou donner de la tete netre WCG, rosetta, poem    

Oublie tout ça !
Actuellement c'est Protein (sauf si tu as du linux 64)  

[xter757288]

cool elles arrivent.
En parlant de CASP, j'ai lu a quelque part (je ne sais plus ou) que les résultats étaient donnés en décembre.