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Tanpaku - [Projet Terminé]
Heyoka:
Source : http://www.boinc-af.org/ :)
Insriptions au projet
Projet lancé le 2 août 2005
« TANPAKU » vise à prévoir des structures de protéines à l'aide du calcul partagé
Le projet « TANPAKU » tire son origine du mot en langue japonaise tanpaku-shitsu, signifiant protéine.
Au sujet de « TANPAKU »
« TANPAKU » est un projet qui s'attaque au problème « de la prévision de la structure de protéine » en employant la méthode « de l'informatique répartie ». Ce projet est développé en collaboration avec le laboratoire Yamato. (département des Science biologique et des technologies) et le laboratoire Takeda. (département des sciences de l'information) de l'université scientifique de Tokyo. Le projet a fini un essai préliminaire dans notre université et il est ouvert pour les volontaires publics.
Qu'est ce que la prévision de structure de protéine ?
Les protéines jouent les principaux rôles dans notre vie
Les protéines sont partie prenante de notre vie. Par exemple, l'amylase digère l'amidon pour produire de l'énergie, l'hémoglobine transporte l'oxygène à travers le corps et l'insuline régule la quantité de sucre absorbée par le sang.
Protéine, acide aminé et ADN
Une protéine est composée à la base par l'assemblement de 20 sortes d'acides aminés différents. Les protéines sont des polymères ( non-branched ?) construits par la liaison de centaines d'acides aminés, où les chaines de peptide sont formées d'un groupe carboxyl d'un acide aminé lié à un groupe aminé libre venant d'un autre acide aminé après l'élimination d'une molécule d'eau. L'ordre de ces acides aminés ou séquence détermine les propriétés de la protéine.
D'une part, la séquence ADN (Acide désoxyribonucléique) d'un gène fournit des informations sur la séquence d'acide aminé de la protéine qu'elle code. Par conséquent, le gène est un modèle pour reconstituer une protéine et ainsi le génome humain, l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce, est un modèle de notre corps dans sa globalité. Comme l'information génomique nous fournit beaucoup d'indices pour résoudre les secrets de la vie, des centaines de projets de séquençage du génome ont été exécutés à travers le monde pour de nombreuses espèces. Aujourd'hui, le génome humain a été déchiffré !
La relation entre la structure des protéines et leurs fonctions
Connaitre l'information génomique , équivaut t-il à comprendre la vie dans son ensemble?
Structure de protéine. Malheureusement, bien que nous sachions qu'un gène correspond à une protéine, il est encore difficile d'en déduire sa fonction dans l'ordre des acides aminés.
La protéine se plie dans son unique structure tridimensionnelle correspondant à sa séquence d'acide aminé et à sa fonction dans notre corps. En d'autres termes, il y a un rapport profond entre la structure d'une protéine et sa fonction. Par conséquent, si nous pouvons prévoir la structure d'une protéine à partir de son enchainement d'acides aminés, cette information structurelle fournira des informations très utiles pour déduire sa fonction en tant que protéine.
Cependant, nous ne disposons pas de la méthode qui puisse prévoire la structure repliée d'une protéine à partir de sa seule séquence d'acides aminés.
Prévision de structure de protéine par la simulation sur ordinateur
Il y a un intérêt certain pour la prévision des structures de protéine par simulation sur ordinateur. Bien que la puissance informatique ait considérablement augmenté, il est encore difficile de disposer d'assez de conformations (représentations statiques des molécules) dans un temps raisonnable pour aboutir au repliement d'une structure même avec les ordinateurs dernier cri.
Au vu de cette situation, les chercheurs ont proposé diverses méthodes pour surmonter cette difficulté. Dans notre laboratoire, une méthode, appelée « dynamique brownienne » qui est basée sur la simulation du mouvement brownien, a été développée, et qui a jusqu'ici donné quelques résultats satisfaisants. Cette méthode de dynamique brownienne nous permettrait de mettre au point sur le long terme une méthode de simulation qui aurait besoin d'un temps d'utilisation informatique moindre si on la compare avec les méthodes conventionnelles de simulation.
Cependant, pour réaliser notre objectif final qui est de prévoir une structure de protéine à partir de sa séquence d'acide aminé, une plus grande puissance de calcul informatique est exigée. Afin de réaliser cette condition, nous améliorons l'algorithme informatique et nous prêtons également attention à simuler la dynamique brownienne sur une ressource informatique plus puissante.
Ainsi, nous lançons le projet « TANPAKU » sur l'informatique répartie.
Qu'est ce que l'informatique répartie ?
L'informatique répartie est un système de calcul qui résoud un vaste ou difficile problème exigant une puissance informatique considérable, ceci est possible en donnant de petites parties du problème à un grand nombre d'ordinateurs à travers un réseau. Le projet le plus célèbre de l'informatique répartie est « SETI@home » (SETI a pour but la recherche de l'intelligence extraterrestre) lancé à Berkeley, Université de Californie, en mai 1999, dans lequel des données entrantes du radio télescope sont analysées pour rechercher l'évidence possible de la transmission radio de l'intelligence extraterrestre.
BOINC
« TANPAKU » emploie « BOINC » (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) qui est une plateforme de partage des ressources informatiques grâce à l'emploi de l'informatique répartie. En participant à BOINC vous participez à beaucoup plus qu'un simple projet d'informatique répartie, il vous est possible d'indiquer le pourcentage de votre puissance de calcul que vous souhaitez consacrer à chaque projet. Aujourd'hui de nombreux projets d'informatique répartie dont SETI@home sont disponibles sur la plateforme de BOINC.
popolito:
J'ai juste une question concernant les personnes qui utilisent TANPAKU : est-ce que l'application contient des checkpoints ?
C'est quand même un point à prendre en compte :)
cristilo:
TANPAKU utilisent des WU courtes (de l'ordre de 45 mm). J'ai pas eu le temps de me rendre compte s'il y avait des checkpoints.
popolito:
Ouais, les wus sont courtes, mais lorsque j'éteins le pc, j'ai pas envie de perdre 1h de calcul :)
Heyoka:
Je pense qu'il va falloir mettre Tanpaku dans les projets non recommandés, ça fait presque 6 mois qu'on a aucune nouvelle sur leur site internet.
Le dernier message était en japonais, il y a 121 jours : http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/forum_thread.php?id=75#1827
Et le dernier message en anglais, c'était il y a 180 jours :
http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/forum_thread.php?id=90#781
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