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[WCG] Human Proteome Folding - Phase 2 (Lancé le 23 Juin 2006)
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Heyoka:
Source : http://www.boinc-af.org/ :)
Une bonne part de ce nouveau projet qui me tiens à coeur tiens dans sa composante communication, comme c'est la communauté qui participe à mon travail il est tout à fait normal que la plupart d'entre vous aient envie de savoir ce que nous faisons… c'est à dire d'être tenu au courant de l'avancé de la recherche, mais je pense que je peux faire un peu plus pour expliquer la partie en cours de mon travail avant que le projet soit terminé à 100%
Comme le lancement de la HPF2 est encore récent, vous pouvez me poser des questions sur le contenu de la description du projet qui vous semble un peu trop technique où sur le jargon employé.
En outre vous pouvez me demander d'appronfondir certaines parties pour lesquelles nous ne sommes pas entré dans les détails
Je peux travailler avec les IBMrs ou sur mon propre site Web pour vous donner ces descriptions, détails et justifications additionnels mais j'ai besoin d'interactions avec vous tous pour m'aider à évaluer le niveau de détail désiré.
Les suggestions sont à donner sur ce fil de discussion
Heyoka:
Source : http://www.boinc-af.org/ :)
La phase 2 d'Human Proteome Folding (HPF2) continue où la première phase a cessé. Les deux objectifs principaux du projet sont :
1) Obtenir des structures ayant une meilleure résolution pour certaines protéines humaines spécifiques ainsi que les protéines de certains microbes pathogènes
2) Explorer encore plus en avant jusqu'aux limites de la prévision la structure des protéines en continuant à développer le logiciel de prédiction Rosetta.
Pour répondre à certaines questions spécifiques que vous pourriez vous poser au sujet de la HPF2 , veuillez vous reporter à la FAQ de la phase 2 de Human Proteome Folding
Heyoka:
World Community Grid - plus d'infos
BONJOUR, DU CENTRE DE NYU POUR LA GÉNOMIQUE FONCTIONNELLE COMPARATIVE !
ok, je suis très ému
La HPF2 vient d'être lancée. L'effervescence est à son comble en ce qui me concerne ainsi que pour les membres du laboratoire. Nous avons travaillé pendant un moment avec IBM et nous avons été très émus quand ils nous ont dit que nous pourrions mettre ce projet sur la grille de calcul.
La HPF2 est différente de la HPF1, mais d'une manière qu'il est difficile d'expliquer à ceux qui en connaissent très peu en matière de protéomique. HPF2 est une version disposant d'une meilleure résolution que HPF1. Dans HPF1 nous avons modelé la protéine au niveau de sa forme globale (chaque partie de la molécule a été représentée par quelques atomes). Dans HPF2 nous essayons de modeler tous les atomes de la protéine et d'employer une fonction de Rosetta qui analyse deux fois le nombre d'atomes modelés dans HPF1. Ceci signifie que nous allons devoir allouer plus de temps de calcul par protéine et pour arriver à cela nous devons réduire notre champ de recherche pour HPF2.
Si vous êtes nouveau sur HPF, jetez un coup d'oeil à la FAQ HPF2 et HPF1. Il y a beaucoup d'information dans la description de la HPF2 qui renvoient à la HPF1 ainsi si vous êtes intéressés vous pouvez vous diriger pour commencer vers la FAQ de la HPF1
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plus de détails :
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La phase II de HPF :
La phase 2 de HPF va approndir (en utilisant Rosetta dans un mode qui apporte un plus grand détail atomique) les structures obtenues grace à la première phase du projet Human Proteome Folding (HPF phase1). Le projet se concentrera sur les protéines humaines sécrétées (protéines dans le sang et dans l'espace entre les cellules). Ces protéines peuvent être importantes pour la transmission des signaux entre les cellules et sont souvent les clés principales d'un diagnostic. Ces protéines sont aussi devenues utiles comme médicament (une fois synthétisé et donné par des médecins aux gens ayant un manque de protéines). Le projet se concentrera également sur les clés sécrétée par les protéines pathogènes. Ce projet assemblé et mis au point grâce aux efforts de l'ISB de Seattle aura pour but de donner un soutien à la médecine prédictive, préventive et personnalisée (avec dans l'idée que ces protéines sécrétées seront les éléments principaux de cette médecine du futur).
Ce projet continue où la phase 1 du projet Human Proteome Folding s'est arreté. Avec le projet Human proteome Folding notre but était d'obtenir la fonction propre de chaque protéine analysé. Avec la deuxième phase notre but est d'augmenter la résolution d'un sous-ensemble choisi de protéines humaines. Une meilleure résolution est importante pour un certain nombre d'applications incluant mais non limitées au criblage virtuel des cibles médicamenteuse avec des procédures d'amarrage et de conception de protéine. La deuxième phase du projet servira également à améliorer notre connaissance de la physique des structures de protéine et à avancer dans la situation actuelle de prévision de structure de protéine (nous aider à développer plus loin notre programme, Rosetta).
Les deux objectifs principaux sont :
1) Obtenir des structures ayant une meilleure résolution pour certaines protéines humaines spécifiques ainsi que les protéines de microbe pathogène
2) Explorer encore plus en avant jusqu'aux limites de la prévision de la structure des protéines en continuant à développer le logiciel de prédiction Rosetta.
Ainsi, le projet se fixe deux objectif principaux, biologique et biophysique.
La phase 2 du projet Human Proteome Folding Project emploiera la puissance de calcul de millions d'ordinateurs dans le but de prévoir la forme de protéines humaines pour lesquelles les chercheurs en savent actuellement très peu. Avec cette forme détaillée les scientifiques espèrent en savoir plus sur la fonction de ces protéines, car la forme des protéines est en soi connexe à la façon dont ils fonctionnent dans notre corps. Cette base de données de structures de protéine et leurs fonctions supposée donnera aux scientifiques les moyens de comprendre comment les maladies agissent sur le travail de ces protéines. Les protéines sont les molécules les plus importantes de toutes celles qui constituent les organismes vivant. Votre corps entier implique où est fait de protéines. La structure de protéine est la clé pour comprendre les fonctions des différentes classe de biomolécule. Ainsi nous espérons que notre travail sur HPF 1 et HPF 2 contribuera à améliorer la base de connaissance publique mise à la disposition de la communauté scientifique dans les domaines de la biologie et de la biomédice.
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