Publication QMC

[Heyoka]

Toward the Exact Solution of the Electronic Schrödinger Equation for Noncovalent Molecular Interactions: Worldwide Distributed Quantum Monte Carlo Calculations
Quantum Monte Carlo (QMC) calculations on the stacked (st) and Watson/Crick (wc) bound adenine/thymine (A/T) and cytosine/guanine (C/G) DNA base pair complexes were made possible with the first large scale distributed computing project in ab initio quantum chemistry, Quantum Monte Carlo at Home (QMC@HOME). The results for the interaction energies (wc-A/T = 15.7 kcal/mol, wc-C/G = 30.2 kcal/mol, st-A/T = 13.1 kcal/mol, st-C/G = 19.6 kcal/mol) are in very good agreement with the best known coupled-cluster based estimates. The accuracy of these values is further supported by calculations on the S22 benchmark set of noncovalently bound systems, for which we obtain a small mean absolute deviation of 0.68 kcal/mol. Our results support previous claims that the stacking energies are of comparable magnitude to the interactions of the commonly discussed hydrogen-bonded motif. Furthermore, we show that QMC can serve as an advantageous alternative to conventional wave function methods for large noncovalently bound systems. We also investigated in detail all technical parameters of the QMC simulations and recommend a careful optimization procedure of the Jastrow correlation factors in order to obtain numerically stable and reliable results.

Hello,

here a short summary of the state of affairs at QMC@HOME:

* QUANTENCHEMIE
It's finally done - our first results are published:
http://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/jpcafh/asap/abs/jp077592t.html
Unfortunately, downloading the article is not free of charge
in the first year of publication (as it is sadly the norm
for scientific publications in our field of interest).
I will try to find out, whether we can do something about this
- here a little excerpt (more details will follow on the homepage):

"Acknowledgment. This work was supported by the Deutsche
Forschungsgemeinschaft in the framework of the SFB 424. The
authors thank J. Budde, M. Heinrich, C. Diedrich and C. Mück-
Lichtenfeld for technical assistance and more than 18000
volunteers worldwide for supporting QMC@HOME, especially
K. Marks and D. Sutton."

* QUANTENCHEMIE 2:
So everything works well with the smaller systems
and after several problems with the larger systems
(tripeptide conformers, alkane folding, stacking)
I seem to have found a solution for these problems
(the 'improved' units have names like
*exp-4L, *-ecp2/3 and *exp-4l-ecp2/3).

* TECHNICS:
At some time during January the server will be upgraded
with a RAID storage system. We will have to go offline for
about one day for this upgrade, a News posting will announce the date.

* TECHNICS 2:
Via the official BOINC mailing list our credits where adjudged as too high,
so we will start to lower them during the next weeks.
Complaints from users with older systems drove our credit value to this region;
we are sorry that our project will not award comparable credit
to these machines any longer.

* PROJECT STATE:
After the server upgrade and a final preRC1 application release
we will start into the production phase with the new improved units
and corrected credit values.

* PROJECT STATE 2:
More and more volunteers support QMC@HOME,
by now with around 35 TFlop/s computing power.
To fully use this valuable resource we plan to
expand our project with a new project part
concerning other problems of Quantum Chemistry.
An official announcement on our homepage will follow
till the end of January (of course no calculations
will start before this and of course our scientific
focus will remain on basic Quantum Chemistry!).

Kind regards and thank you very much for you support in 2007!
Martin

[xipehuz]

Je prends la première partie

[xipehuz]

Voici ma proposition de traduction

Vers l'Exacte Solution de l'Equation Electronique de Schrödinger pour les Intéractions Moléculaires Non-covalentes: Calculs Monte Carlo Quantiques Distribués Mondialement
Les calculs Monte Carlo Quantiques (QMC) sur les complexes de paires de bases adenine/thymine (A/T) et cytosine/guanine (C/G) empilés (st) et en conformation de Watson/Crick (wc) ont été rendus possible grâce au premier projet à grande échelle de calcul distribué en chimie quantique ab initio, Quantum Monte Carlo at Home (QMC@HOME).
Les résultats pour les énergies d'intéraction (wc-A/T = 15.7 kcal/mol, wc-C/G = 30.2 kcal/mol, st-A/T = 13.1 kcal/mol, st-C/G = 19.6 kcal/mol) sont tout à fait comparables aux meilleures estimations basées sur les groupes couplés (coupled-cluster).
La précision de ces valeurs est corroborée par des calculs sur le "benchmark" S22 de l'ensemble des systèmes liés non-covalents, pour lesquels nous obtenons une petite déviation absolue moyenne de 0.68 kcal/mol. Nos résultats sont en accord avec de précédentes recherches montrant que les énergies d'empilement sont d'une échelle comparable aux intéractions du motif de liaison hydrogène communément discuté. De plus, nous avons montré que QMC peut être une intéressante alternative aux méthodes de fonction d'onde traditionnelles pour les grands systèmes liés non-covalents. Nous avons aussi étudié en détail tous les paramètres techniques des simulations QMC et recommandons une procédure d'optimisation prudente des facteurs de correlation Jastrow de manière à obtenir des résultats numériquement stables et fiables.

Pour la suite, je verrai si j'ai le temps dans la semaine

[Heyoka]

Merci xipehux, quand j'ai vu le texte pour la première fois je me suis dit qu'on arrivera jamais à le traduire en quelque chose de compréhensible, mais là tu es vraiment arrivé à quelque chose qui permet de comprendre de quoi ça parle

Voici un court résumé de l'avancé des recherches sur QMC@home :

Chimique Quantique :

C'est maintenant une réalité, les premiers résultats viennent d'être publiés :
http://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/jpcafh/asap/abs/jp077592t.html

Vers la Résolution de l'Equation de Schrödinger Electronique pour les Interactions Moléculaires Non-covalentes: Calculs Monte Carlo Quantique à l'Aide du Calcul Distribué.

Martin Korth, Arne Lüchow, et Stefan Grimme

Institut de Chimie organique, Université de Münster, Corrensstrasse 40, D-48149 Münster, Allemagne et Institut de Chimie-Physique, Ecole supérieure polytechnique de Rhénanie-Westphalie,D-52056 Aix-la-Chapelle, Allemagne.

"Les calculs Monte Carlo Quantiques (QMC) sur les complexes de paires de bases adénine/thymine (A/T) et cytosine/guanine (C/G) empilées (st) et en conformation de Watson/Crick (wc) ont été rendus possible grâce au premier projet à grande échelle de calcul distribué en chimie quantique ab initio, Quantum Monte Carlo at Home (QMC@HOME).  
Les résultats pour les énergies d'interaction (wc-A/T = 15.7 kcal/mol, wc-C/G = 30.2 kcal/mol, st-A/T = 13.1 kcal/mol, st-C/G = 19.6 kcal/mol) sont tout à fait comparables aux meilleures estimations basées sur la théorie du cluster couplé.  
La précision de ces valeurs est corroborée par des calculs sur le "benchmark" (repère) S22 constitué par l'ensemble des systèmes liés non-covalents, pour lesquels nous obtenons une petite déviation absolue moyenne de 0.68 kcal/mol. Nos résultats sont en accord avec de précédentes recherches montrant que les énergies d'empilement ont une échelle comparable aux interactions sur le thème des liaisons hydrogène communément discuté. De plus, nous avons montré que QMC peut être une intéressante alternative aux méthodes de fonction d'onde traditionnelles pour les grands systèmes liés non-covalents. Nous avons aussi étudié en détail tous les paramètres techniques des simulations QMC et recommandons une procédure d'optimisation prudente des facteurs de corrélation Jastrow de manière à obtenir des résultats numériquement stables et fiables."

Malheureusement, la consultation de l'article dans sa totalité n'est pas gratuite durant la première année de sa publication (comme c'est tristement l'usage dans ce domaine de recherche). J'essayerai de voir si je peux faire quelque chose, vous trouverez ci dessous un court extrait (plus de détails vont suivre sur la page d'accueil)

"Remerciement : ce travail est soutenu par la Deutsche Forschungsgemeinschaft (Association allemande pour la recherche ou DFG) dans le cadre du SFB 424 (unité de recherche spéciale 424). Les auteurs remercient J. Budde, M. Heinrich, C. Diedrich and C. Mück-Lichtenfeld pour leur assistrance technique ainsi que les plus de 18.000 volontaires à travers le monde pour leur soutien au projet, et tout spécialement  K. Marks  D. Sutton.

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Chimie quantique 2
Les plus petits systèmes fonctionnement correctement, et après plusieurs problèmes avec les plus grands systèmes (conformères tripeptide, repliement d'alcane, empilement), je pense avoir trouvé une solution à ce problème (les unités améliorées ont des noms se terminant par *exp-4L, *-ecp2/3 et *exp-4l-ecp2/3)

Détail technique
Le serveur du projet a été remplacé le 6 février dernier par un nouveau système de stockage RAID. Le projet a été hors ligne durant quelques heures, le temps d'effectuer ce changement.

Détails techniques 2
Les points distribués par le projet ont été jugé trop élevés sur la mailing list BOINC officielle, nous allons donc commencer à les réduire au cours des prochaines semaines. Les plaintes des utilisateurs contre l'ancien système nous avait conduit à fixer les points à ce niveau; nous sommes désolé que le projet ne puisse pas continuer à attribuer le même nombre de points.

Statut du projet :
Lorsque le nouveau serveur sera en place et que l'application preRC1 finale aura été distribuée, le projet entrera en phase "de production" avec les nouvelles unités améliorées et un système d'attribution revu.

Statut du projet 2 :
De plus en plus de volontaires soutiennent QMC@home, la puissance de calcul du projet est actuellement de 35 TFlop/s. Pour utiliser pleinement cette précieuse ressource, nous projetons d'étendre notre projet avec une nouvelle partie qui s'intéressera à d'autres problèmes de chimie quantique. Une annonce officielle sera publiée en page d'accueil du site dans les semaines à venir (bien entendu, aucun calcul ne commencera avant cette annonce.

Cordialement et merci de votre soutien durant l'année 2007
Martin (développeur du projet QMC@home)

[xipehuz]

Merci Heyoka pour la publication. Heureux que nous arrivions à trouver un sens à tous ce charabia, j'avoue que plus d'une fois je me suis vraiment demandé ce que j'étais entrain d'écrire   .

J'ai relu ta traduction et te proposes quelques légers ajouts ou modifications que tu pourras utiliser si tu les trouves utiles (ci-dessous en MAJUSCULES GRAS) :

 Détails techniques 2
Les points distribués par le projet ont été jugéS trop élevés sur PAR LES CONTRIBUTEURS DE la mailing list BOINC officielle, nous allons donc commencer à les réduire au cours des prochaines semaines. Les plaintes des utilisateurs contre l'ancien système D'ORDINATEURS PLUS ANCIENS nous avait conduit à fixer les points à ce niveau LA; nous sommes désolé que le projet ne puisse pas continuer à attribuer le même nombre de points A CES MACHINES.
 
Statut du projet :
Lorsque le nouveau serveur sera en place et que l'application preRC1 finale aura été distribuée, le projet entrera en phase "de production" avec les nouvelles unités améliorées et un système d'attribution DES CREDITS revu.
 
Statut du projet 2 :
De plus en plus de volontaires soutiennent QMC@home ET la puissance de calcul du projet est actuellement de 35 TFlop/s. Pour utiliser pleinement cette précieuse ressource, nous projetons d'étendre notre projet avec une nouvelle partie qui s'intéressera à d'autres problèmes de chimie quantique. Une annonce officielle sera publiée en page d'accueil du site dans les semaines à venir (bien entendu, aucun calcul ne commencera avant cette annonce ET NOUS CONTINUERONS À NOUS CONSACRER PRINCIPALEMENT A LA CHIMIE QUANTIQUE DE BASE).