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rom_185:

--- Citer ---December 15, 2007 - Holiday Newsletter
Holiday Newsletter
 
Hello Hydrogen@Home Volunteers,
 
It is the month of December. A time for family and friends. I cherish the time I've spent with you developing this site over the course of this year. In my wildest dream I never thought I would get this far when I first read about BOINC in February. Much of this progress is credited to the support I get from project volunteers and the BOINC community at large. Many people come and go, but there is always a level of continuity that makes this development possible.
 
Further I would like to thank some individuals. Prime Lemure's positive attitude and tireless focus helped illuminate the challenges in trying to implement AutoDock without a wrapper. Eric Myer's dedication to helping youngsters like me learn the fundamentals. Ageless' funnels useful information the relevant people and helping me network through the BOINC community. Dotch dedicated a great deal of time to compiling AutoDock on other platforms and investigating how we can better port these Python Packages. Yoyo's ability to put me on the right path when I stray from the Yellow Brick Road. Thank Nicolas Alveraz for being glued to BOINC Projects and telling me what I should know. Kathryn Mark's meticulous combing through the project, pointing out issues is a great asset. Zombie has dedicated a great deal of Computational power for our testing. Thanks to Jim for those pseudo random workunit generators. Most of all thanks to David Anderson.
 
What we have today are some landmark achievements.
 
1) BOINC Integration of a powerful molecular docking simulation with genetic algorithms that help make approximations on lowest energy of interactions between two molecules
 
2) Custom Workunit Generators that allow users to create their own molecular docking experiment
 
3) The ability to view results through a Java Molecular viewer
 
 
Future Landmarks
 
1) Send results in an email to the user
 
2) Create a Re-Captcha for Account creation
 
3) Integrate a Quantum Monte Carlo simulation Upstream of molecular docking. Thus we can preform molecular docking on hypothetical reaction intermediates.
 
4) Reach the funding Goals for Year 2008
 
5) Achieve Institutional Sponsorship
 
 
So there is still more work to be done. Possibly the deal breaker on this project is whether Monte Carlo simulations integrated with Docking can provide a reasonable method to predict catalytic interactions. Another direction, however, using Rosetta it may be possible to engineer efficient enzymes.
 
Best of luck to you all during the Holidays!
 
Kind Regards,
 
Jack
 
P.S. If you live near Washington, DC you may be interested in joining Washington, DC BOINC & Distributed Computing. Our group will meet, discuss and promote open source distributed computing, primarily BOINC. Our first meeting is a casual dinner at Clyde's of Gallery Place on January 23rd 2008. I hope to see you there!
 
P.P.S. I also want to thank several people at Scripps Institute. First off, thank you Sargis for helping me get python packages functional through Pyinstaller. Thanks Ruth for identifying an issue with my docking results which made it impossible for running further analysis. And finally thank you Dr. Morris for the work you have done developing AutoDock.
--- Fin de citation ---


EDIT : Comme personne ne la prend, je m'en occupe :jap:.

rom_185:

--- Citer ---Bonjour volontaires d'hydrogène@Home,
 
C'est le mois de décembre. Un temps pour la famille et les amis. J'apprécie le temps que j'ai passé avec vous et le développement de ce site au cours de cette année. Même dans mes rêves les plus fous jamais je n'aurais cru en arriver là la première fois que j'ai prit conscience de l'existence de BOINC en février. Une grande partie de ces progrès est dû à l'appui que j'obtiens de bénévoles du projet et à la communauté  BOINC dans son ensemble. Beaucoup de gens vont et viennent, mais il ya toujours un niveau de continuité qui rend possible cette évolution.
 
En outre, je tiens à remercier certaines personnes.
Prime (c'est son nom ?) Lemure's : son attitude positive et sa concentration sans relâche contribue à éclairer les enjeux en tentant de mettre en %u0153uvre un wrapper sans utiliser AutoDock.
Eric Myer's : son dévouement à aider les jeunes comme moi en leurs apprennent les bases.
Ageless' : rassemblant des renseignements utiles aux personnes et m'aide à travers le réseau de la communauté BOINC.
Dotch : il à consacré beaucoup de temps à compiler AutoDock sur d'autres plateformes et à étudier comment nous pouvions améliorer le port de ces paquets en python.
Yoyo : merci de sa capacité à me remettre sur le droit chemin quand je m'écartent de la route de briques jaunes [NDLR : référence au magicien d'Oz].
Merci Nicolas Alveraz pour s'être accolé à des projets BOINC et de me dire ce que je devrais savoir.  
Kathryn Mark's : peignage minutieux dans le cadre du projet, en soulignant les questions est un grand atout.
Zombie a consacré une grande partie de sa puissance de calcul pour nos tests. Merci à Jim pour les générateurs pseudo-aléatoire d'unités. Surtout grâce à David Anderson.

--- Fin de citation ---

rom_185:

--- Citer ---Les réalisations que nous avons faites à ce jour sont :
 
1) Intégration dans BOINC d'une simulation d'amarrage moléculaire puissante avec les algorithmes génétiques qui aident à faire des approximations sur la plus basse énergie des interactions entre deux molécules.
 
2) générateurs sur commande de Workunit qui permettent à des utilisateurs de créer leur propre expérience moléculaire d'amarrage.
 
3) La possibilité de consulter les résultats par le biais d'un visualiseur moléculaire Java.
 
 
A venir :
 
1) Envoyer les résultats dans un e-mail à l'utilisateur.
 
2) Intégration d'un Captcha [NDLR : test simple permettant de différencier les humains des ordinateurs] +pour la création d'un nouveau compte.
 
3) Intégration d'une simulation Quantum Monte Carlo en amont de Docking (amarrage moléculaire). Ainsi nous pourons préformer l'amarrage moléculaire sur les intermédiaires hypothétiques de réaction..
 
4) Atteindre ces buts fixé avant la fin de l'année 2008.
 
5) Assurer une sponsorisation institutionnelle.
 
 
Ainsi, il ya encore beaucoup de travail à faire. Eventuellement, le facteur de rupture de ce projet est de savoir si les simulations de Monte Carlo avec Docking intégré peut fournir une méthode raisonnable pour prévoir les interactions d'un catalyseur. Une autre direction, toutefois, en utilisant Rosetta il peut être possible de trouver des enzymes efficace.
 
Bonne chance à vous tous pendant les Fêtes!
 
Cordialement,
 
Jack
 
PS Si vous habitez près de Washington, DC, vous serez peut-être intéressés de vous joindre au Washington, DC BOINC & Distributed Computing. Notre groupe se rencontre, discute et essaye de promouvoir le calcul distribuée open source, principalement BOINC. Notre première rencontre est un petit dîner au Clyde's of Gallery Place le 23 janvier 2008. J'espère vous y voir !
 
PPS Je tiens également à remercier plusieurs personnes de la Scripps Institute. Tout d'abord, je vous remercie Sargis de m'avoir aidé à obtenir des paquets python fonctionnel grâce Pyinstaller. Merci Ruth pour l'identification d'un problème avec mes résultats Docking qui ont rendu impossible l'exécution d'une analyse plus approfondie. Et enfin, Dr. Morris, je vous remercie pour le travail que vous avez accompli en développement AutoDock.
--- Fin de citation ---


Ouf... fni  :jap: !
Une âme charitable pourrait me corriger  :ange: ?

Heyoka:
Yellow Brick Road, c'est une référence au magicien d'Oz :
http://en.wikipedia.org/wiki/Yellow_Brick_Road

Après je sais pas si c'est le chemin ou la route de briques jaunes

modesti:
C'est la route de briques jaunes - je l'ai justement regardé hier :)

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