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Auteur Sujet: Rosetta  (Lu 3618 fois)

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Hors ligne Heyoka

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le: 04 July 2007 à 19:18
J'ais du mal à traduire cette actualité :

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177&nowrap=true#43138

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A lot of things have happened since I last posted!

For example, with your help, we now have a number of brand new designed enzymes that speed up the chemical reactions they were designed to catalyze by more than 50000 fold! This is a particularly exciting time because with the feedback from the experimental characterization of the designs computed with rosetta we are learning more and more about how to design new enzymes, and with this new knowledge we are constantly improving over our previous best designs. For example, for one of the reactions, the enzymes we had generated up until recently only worked once and then stopped working, but new designs we tested in the last couple of days just keep going. This is definitely a property we want to have in the enzymes we are hoping to design for carbon dioxide fixation and renewable fuel applications.



Hors ligne TaxxorbaK

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Réponse #1 le: 04 July 2007 à 19:35
Beaucoup de choses sont arrivées depuis mon dernier message!

Par exemple, grâce à votre aide, nous avons un élaboré un tas d'enzymes flambants neufs permettant d'accélérer les réactions chimiques. Ils ont été conçus pour catalyser plus de 50000 fois plus vite! C'est un moment particulièrement excitant car avec les retours sur les représentations expérimentales des modèles d'enzymes calculés sur Rosetta, nous en apprenons de plus en plus sur la conception de nouveaux enzymes, et avec ces nouvelles connaissances, nous améliorons constamment nos précédentes "meilleure modélisation".
Par exemple, pour l'une de ces réactions, les enzymes que nous avions générés jusqu'à maintenant fonctionnaient une seule et unique fois, mais sur les nouvelles modélisations testées ces derniers jours, ils continuent leur action. C'est clairement une propriété que nous souhaitons avoir sur les enzymes que nous concevons concernant la fixation du dioxyde de carbone et les applications sur les carburants renouvelables.

J'avoue que mon Anglais est rouillé et que je m'emmêle un peu ^^ (ça, ça fait pas partie de la traduction)

Avec un mix de sbmtl et moi, on doit pouvoir faire un truc.



Hors ligne sbmtl

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Réponse #2 le: 04 July 2007 à 20:34
Je vais faire une tentative:

Il s'est passé bien des choses depuis mon dernier message (ou ma dernière intervention):

Par exemple, grâce à votre aide, nous avons maintenant de nouvelles enzymes permettant d'accélérer les réactions chimiques.  Elles sont conçues pour accélérer la réaction de plus de 50000 fois ((ou) ... enzymes permettant une réaction chimique plus de 50000 fois plus rapide). C'est un moment particulièrement excitant, car, avec les compte-rendus de caractérisation expérimentale des modèles calculés à l'aide de Rosetta, nous en apprenons de plus en plus sur la conception de nouvelles enzymes.  Avec ces nouvelles connaissances, nous pouvons continuellement améliorer les anciennes modélisations les plus performantes.

Par exemple, pour une de ces réactions, les enzymes conçues jusqu'à maintenant fonctionnaient une fois et cessait d'être fonctionnelles.  Avec les modélisations des dernier jours, ces dernières continuent de fonctionner.  C'est une propriété recherchée dans les enzymes que nous espérons concevoir pour la fixation du dioxyde de carbone et des applications concernant les carburants renouvelable.

Il y a probablement un peu d'amélioration à faire, je vous laisse la place.

Stéphane


Hors ligne Heyoka

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Réponse #3 le: 04 July 2007 à 23:05
:jap:  merci

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Elles sont conçues afin d'être catalysées par plus de 50000 repliements (?)


Je pense que fold veux dire "fois", dans le sens three-fold

Elles sont conçues afin d'être catalysées 50000 fois plus rapidement.
Ou pour être plus compréhensible :
Elles sont conçues afin d'augmenter de plus de 50 000 la vitesse de ces réactions

Donc ça voudrait dire qu'ils ont conçu une enzyme qui capture 50 000 fois plus de CO2 pour réaliser la photosynthèse  :ouch:


Hors ligne sbmtl

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Réponse #4 le: 04 July 2007 à 23:20
Ça a du sens, ça doit être de l'anglais britannique, donc j'édite le message plus haut.


Hors ligne TaxxorbaK

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Réponse #5 le: 04 July 2007 à 23:36
Citation de: Heyoka
:jap:  merci

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Elles sont conçues afin d'être catalysées par plus de 50000 repliements (?)


Je pense que fold veux dire "fois", dans le sens three-fold

Elles sont conçues afin d'être catalysées 50000 fois plus rapidement.
Ou pour être plus compréhensible :
Elles sont conçues afin d'augmenter de plus de 50 000 la vitesse de ces réactions

Donc ça voudrait dire qu'ils ont conçu une enzyme qui capture 50 000 fois plus de CO2 pour réaliser la photosynthèse  :ouch:


Oui, j'ai eu aussi du mal là dessus!
Parce que 50000 fois plus rapide...
si seulement ça pouvait être vrai aussi pour les processeurs  :love:



Hors ligne Heyoka

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Réponse #6 le: 04 July 2007 à 23:39
Citation de: sbmtl
Ça a du sens, ça doit être de l'anglais britannique, donc j'édite le message plus haut.


Pourtant David Baker est américain.
Il travaille à Seattle mais c'est vrai qu'on sait pas où il est né par contre :o


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Réponse #7 le: 04 July 2007 à 23:49
Citation de: Heyoka
Pourtant David Baker est américain.
Il travaille à Seattle mais c'est vrai qu'on sait pas où il est né par contre :o


Et il est surement boulanger (Baker, toussa...)
 [:marc]

Et j'ai corrigé quelques fautes sur l'article de Rosetta...  :jap:



Hors ligne Thrr-Gilag

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Réponse #8 le: 06 July 2007 à 10:06
Citation de: Heyoka
:jap:  merci

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Elles sont conçues afin d'être catalysées par plus de 50000 repliements (?)

Je pense que fold veux dire "fois", dans le sens three-fold

Elles sont conçues afin d'être catalysées 50000 fois plus rapidement.
Ou pour être plus compréhensible :
Elles sont conçues afin d'augmenter de plus de 50 000 la vitesse de ces réactions

Donc ça voudrait dire qu'ils ont conçu une enzyme qui capture 50 000 fois plus de CO2 pour réaliser la photosynthèse  :ouch:

Pas exactement.
Ca permet d'accélérer de 50 000 fois la réaction que catalyse l'enzyme.

Maintenant la  fixation du CO2 ne met certainement pas en jeu qu'une seule réaction. Ca permet donc d'accélérer une étape de la réaction, mais ne veut pas dire que le processus ira 50 000 fois plus vite, vu qu'il peut être limité par n'importe quelle autre réaction moins rapide.

Enfin, en aucun cas l'enzyme capture 50 000 fois plus de CO2, mais la réaction va 50 000 fois plus vite. Le facteur 50 000 porte sur la cinétique (vitesse) de réaction, pas sur la quantité de CO2 fixé par molécule.


PS : D'ailleur, il faut voir aussi dans quel contexte se situe cette accélération. Si on part d'une réaction extremement lente cinétiquement, une augmentation de 10^5 n'est pas nécessairement si grandiose que ça. Passer d'une capture de 10^-10 à 10^-5 kg/h de CO2 par exemple est certe une très grande avancée, mais il faut quand même relativiser le résultat obtenu. Donc sans les résultats auxquels ils se réfèrent, on peut en déduire que tout ça est un net progrès, mais pas nécessairement un évènement sensationnel (les joies de la science ^^)



Hors ligne TaxxorbaK

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Réponse #9 le: 06 July 2007 à 12:21
Mais quel rabat-joie !  
Voilà, maintenant, t'as cassé l'ambiance de fête :lol:



Hors ligne Thrr-Gilag

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Réponse #10 le: 06 July 2007 à 13:12
Bah tu sais... comme on dit, Chimiste, Fumiste :p