L'objectif de DNA@Home est de découvrir ce qui régule les gènes de l'ADN. Avez-vous remarqué que les cellules de la peau sont différentes d'une des cellules musculaires, qui sont différentes d'une des cellules osseuses, même si toutes les cellules de votre corps a chaque gène dans votre génome? C'est parce que tous les gènes sont "sur" tout le temps. Selon le type de cellules et de ce que la cellule essaie de faire à un moment donné, seul un sous-ensemble de ces gènes est utilisé, et le reste est fermé. ADN @ home utilise des algorithmes statistiques pour déverrouiller la clé de cette régulation différentielle, en utilisant votre bénévolat ordinateurs.
Le principal moyen par lequel les gènes sont régulés est au stade de la "transcription", où une molécule appelée polymérase lit long de l'ADN à partir du début du gène à la fin de la création d'un gène de l'ARN messager. D'autres molécules, appelées facteurs de transcription, se lient à l'ADN vers le début du gène et peuvent aider à recruter de la polymérase ou ils peuvent obtenir de la manière de, ou inhibent la polymérase. C'est la présence ou l'absence de la liaison de ces facteurs de transcription qui déterminent si un gène est "on" ou "off", mais, pour la plupart, les scientifiques ne savent pas quels sont les facteurs de transcription est responsable de la régulation des gènes.
Les facteurs de transcription ont «doigts» qui préfèrent une certaine somme, peu soigné dans le modèle de nucléotides "lettres" d'une séquence d'ADN, mais dans de nombreux cas nous ne savons pas ce que ces modèles sont. Notre logiciel de recherche de courtes séquences de nucléotides qui apparaissent plus ou moins les mêmes débuts près de gènes multiples et qui semblent aussi plus ou moins la même dans les emplacements correspondants dans les génomes d'espèces apparentées. Comme les séquences d'ADN sont énormes, allant de millions de milliards de nucléotides, et ces séquences sont courtes et seulement environ conservée d'un site à l'autre, c'est un vrai problème aiguille dans une botte de foin-et exige beaucoup de puissance de calcul. Nous espérons que votre ordinateur peut vous aider.
Nos plans actuels portent sur la lutte contre le génome de Mycobacterium tuberculosis à bien comprendre comment la tuberculose accomplit ce qu'il fait - afin que d'autres peuvent utiliser cette information pour arrêter cette maladie qui tue des millions chaque année. Nous prévoyons également de lutter contre Yersinia pestis, la cause de la peste bubonique.
DNA@Home est basé au
Rensselaer Polytechnic Institute.
DNA@Home est actuellement géré par:
Travis Desell, Associé de recherche postdoctoral en sciences informatiques
Chen Lei, assistante de recherche d'études supérieures en informatique
Magdon Malik-Ismail, Professeur agrégé d'informatique
Lee Newberg, professeur agrégé d'informatique, État de New York, Centre de recherche scientifique Wadsworth
Boleslaw Szymanski, Professeur Claire et Roland Schmitt distingué de l'informatique
Url pour s'attacher :
http://volunteer.cs.und.edu/dna/L'Alliance Francophone :
http://volunteer.cs.und.edu/dna/team_display.php?teamid=20
Post de Modesti Juillet 2010 :
Après avoir relu les objectifs de DNA@home et ceux de RNA World, je crois qu'il y a une légère différence.
DNA@home cherche à comprendre le fonctionnement du Mycobacterium tuberculosis (déclencheur de la tuberculose) et par la suite du Yersinia pestis (déclencheur de la peste bubonique) à fond, avec tout ce que le génome peut leur révéler. (Enfin, c'est ce que j'ai cru comprendre à partir du dernier § de leur présentation.)
Post de Modesti Mai 2011 concernant une éventuelle application GPU :
Pas sûr. D'abord, il faut que l'appli CPU fasse correctement ce qu'on lui demande. Ensuite, Travis a dit que l'appli n'était pas très "parallélisable" et que par conséquent il n'y aurait pas beaucoup de gain de temps. De plus, il semblerait que les GPU n'aiment pas les "longs doubles" et il ne sait pas encore comment traiter le problème des différences de précision.
AMHA, c'est pas demain la veille qu'on verra du GPU ic
Infos du 18/04/2012 :
Salut tout le monde,
Les dernières semaines ont été mouvementées ! J'étais à New York pour une présentation au Centre de recherche T.J. Watson d'IBM. Maintenant que je suis de retour, j'ai quelques informations supplémentaires pour tous.
Tout d'abord, j'ai fait un portail sur la page d'accueil de ce serveur de calcul volontaire avec des liens vers les autres projets que nous ferons tourner ici :
http://volunteer.cs.und.edu/index.htmlNotamment, SubsetSum@Home et Wildlife@home. Nous commençons à avoir des vidéos pour Wildlife@home qui devraient s'avérer vraiment intéressantes, cela vaudrait le coup de jeter un coup d’œil à ce projet. Je commencerai aussi à envoyer des UT pour SubsetSum@Hom d'ici la fin de la semaine (car nous avons une date limite pour une conférence et aimerions avoir le projet prêt et en fonctionnement d'ici là). Une fois que SubsetSum@Home sera prêt et enverrai des UT, je mettrai à jour l'application client ici (pour remédier au problème des points de sauvegarde) et enverrai quelques UT supplémentaires.
D'ici là, j'espère que les vidéos que nous mettrons sur Wildlife@home vous maintiendront intéressés et que les UT sur SubsetSum@Home garderont vos ordinateurs occupés.
